PDB-4f3f: Crystal Structure of Msln7-64 MORAb-009 FAB complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f3f

タイトル

Crystal Structure of Msln7-64 MORAb-009 FAB complex

要素

MORAb-009 Fab heavy chain
MORAb-009 Fab light chain
Mesothelin

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody Fab / Recognize mesothelin / mesothelin

機能・相同性

機能・相同性情報

Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / side of membrane / cell-matrix adhesion / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / Golgi apparatus / cell surface / extracellular region ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Xia, D. / Pastan, I. / Ma, J. / Tang, W.K. / Esser, L.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Recognition of mesothelin by the therapeutic antibody MORAb-009: structural and mechanistic insights.
著者: Ma, J. / Tang, W.K. / Esser, L. / Pastan, I. / Xia, D.

履歴

登録	2012年5月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年7月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月5日	Group: Source and taxonomy
改定 1.2	2014年3月26日	Group: Database references
改定 2.0	2019年12月25日	Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f3f.cif.gz	280.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f3f.ent.gz	232.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f3f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4f3f_validation.pdf.gz	447.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4f3f_full_validation.pdf.gz	453.7 KB	表示
XML形式データ	4f3f_validation.xml.gz	20.7 KB	表示
CIF形式データ	4f3f_validation.cif.gz	28.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/4f3f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/4f3f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4f33SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vtw-d 4dtg-d 3pnw-4 6was-2 3qwo-2 3pnw-3 6s3d-2 4n9g-3 6z7z-1 4n9g-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MORAb-009 Fab light chain

B: MORAb-009 Fab heavy chain

C: Mesothelin

55.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	146.163, 146.163, 80.874
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

#1: 抗体	MORAb-009 Fab light chain 分子量: 23243.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	MORAb-009 Fab heavy chain 分子量: 24422.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質	Mesothelin / CAK1 antigen / Pre-pro-megakaryocyte-potentiating factor / Megakaryocyte-potentiating factor / MPF ...CAK1 antigen / Pre-pro-megakaryocyte-potentiating factor / Megakaryocyte-potentiating factor / MPF / Mesothelin / cleaved form 分子量: 8053.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSLN, MPF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13421
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.52 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1 M Trisodium citrate pH 5.6, 17% Polyethylene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月8日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.61→50 Å / Num. all: 29927 / Num. obs: 29264 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 2.61→2.7 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / Num. unique all: 2373 / R_sym value: 0.101 / % possible all: 80

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_965)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4F33, Difference Fourier revealed MSLN7-64

4f33

解像度: 2.65→34.076 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 0.66 / 位相誤差: 22.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.222	1448	5.1 %	Random
R_work	0.1771	-	-	-
all	0.1794	28414	-	-
obs	0.1794	28414	98.89 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.2 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 21.96 Å² / k_sol: 0.317 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	25.2257 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	25.2257 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.1986 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→34.076 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3727	0	0	122	3849

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	3820
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.584	5178
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.623	1383
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	578
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	657

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-2.7447	0.3313	119	0.3013	2449	X-RAY DIFFRACTION	90
2.7447-2.8545	0.3326	136	0.2588	2681	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8545-2.9844	0.2755	144	0.2361	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9844-3.1416	0.2673	149	0.2107	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1416-3.3383	0.2584	151	0.2042	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3383-3.5958	0.2219	139	0.1871	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5958-3.9572	0.2271	164	0.1694	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9572-4.5286	0.196	151	0.1405	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5286-5.7013	0.1846	145	0.1413	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7013-34.0786	0.1874	150	0.1628	2806	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3904	-1.2971	0.9243	4.4417	-0.5555	4.4378	0.0243	-0.1407	-0.3123	-0.0956	0.2017	-0.0861	0.4702	0.1431	-0.169	0.1992	-0.0247	-0.0378	0.2364	-0.0289	0.2507	73.772	20.966	5.196
2	1.6304	0.2965	-0.0453	2.3481	-0.7982	1.6159	-0.229	0.1051	-0.287	-0.3958	0.5735	0.958	0.0333	-0.7231	0.0417	0.3752	-0.1544	-0.0822	0.458	0.1469	0.747	51.3466	-7.056	1.8226
3	1.3974	-0.3554	-0.6965	1.89	-0.3018	5.2711	0.2207	-0.0416	-0.2063	-0.2084	0.1736	0.5354	0.5302	-1.37	-0.3026	0.2832	-0.0896	-0.0804	0.5638	0.2452	0.4205	51.0185	27.5978	-9.3711
4	2.4686	-0.5449	0.6044	5.0002	0.7311	2.8042	0.0848	-0.0674	-0.2186	-0.365	0.1974	0.2465	-0.0596	-0.1389	-0.2527	0.1831	-0.0597	-0.008	0.2822	0.0491	0.2138	62.3756	33.2353	-8.5619
5	1.9859	1.0751	1.0765	2.5314	-0.027	2.7077	0.0722	0.108	-0.1004	-0.3612	0.3771	0.1696	0.1842	-0.1954	-0.3961	0.2499	-0.0537	-0.0342	0.306	0.0812	0.2572	60.4384	29.5347	-6.7116
6	1.3081	1.6419	-0.07	2.207	-0.0242	0.0552	-0.1158	-0.1569	-0.4195	-0.5022	0.5291	0.7364	0.3044	-0.5013	0.0345	0.4063	-0.1915	-0.236	0.7098	0.2903	0.8084	45.6271	13.2375	-9.9665
7	3.5231	0.3376	0.4453	3.4739	0.7927	6.9407	-0.3138	-0.4736	-0.0226	0.2437	0.6344	1.2892	-0.4016	-1.1555	-0.2944	0.5162	0.1097	-0.0112	0.674	0.2872	0.9367	42.2463	5.4785	3.5503
8	5.2187	-2.4129	5.6428	7.2116	-5.6176	8.3855	0.3097	1.1915	-0.3771	-1.1065	-0.1593	-0.4578	0.739	2.0508	-0.0149	0.4449	0.0068	0.0631	0.5442	-0.0569	0.3384	86.2406	40.8932	-6.5999
9	4.9443	-1.0787	-0.0507	4.8376	-0.9821	7.1455	-0.219	0.2672	-0.3294	-0.727	0.3148	0.1153	0.9071	0.2142	-0.1904	0.3067	-0.1091	0.0266	0.2509	-0.0096	0.1945	76.059	38.5316	-6.9756
10	3.6808	-0.0494	1.4806	0.3242	0.9732	3.7574	0.0211	0.0161	0.948	-0.1621	-0.1454	0.1429	-0.5878	0.4842	0.2292	0.3201	-0.1526	-0.0413	0.3529	0.0231	0.3195	78.2167	47.476	-7.3569
11	6.7375	1.8941	-1.7978	6.4256	-1.1619	4.4932	0.3142	-0.9601	1.0902	1.132	-0.1685	-0.0089	-0.8737	0.14	-0.0758	0.5564	0.0236	-0.0293	0.2461	-0.0617	0.3388	74.9961	51.7166	-1.0931

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 101 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 102 through 212 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 2 through 25 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 26 through 76 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 77 through 109 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 110 through 130 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 131 through 220 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 6 through 17 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 18 through 24 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 25 through 50 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 51 through 64 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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