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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4f2i | ||||||
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タイトル | Crystal structure of glutaredoxin-like NrdH from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
![]() | Glutaredoxin NrdH, putative | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / THIOREDOXIN FOLD / NRDH / GLUTAREDOXIN / REDOX PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Phulera, S. / Mande, S.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Crystal Structure of Mycobacterium tuberculosis NrdH at 0.87 A Suggests a Possible Mode of Its Activity. 著者: Phulera, S. / Mande, S.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 45.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 31.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9125.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: H37RV / 遺伝子: MT3139, nrdH, Rv3053c, TBSG_00920 / プラスミド: PET21A / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.68 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 22% PEG 3350, 0.15M ammonium nitrate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年3月22日 / 詳細: Bruker multilayer | |||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54179 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.67→35.34 Å / Num. all: 8023 / Num. obs: 8023 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 18.1 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1R7H 解像度: 1.67→26.23 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 17.52 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.584 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.67→26.23 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
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