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- PDB-4f2d: Crystal Structure of Escherichia coli L-arabinose Isomerase (ECAI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f2d
タイトルCrystal Structure of Escherichia coli L-arabinose Isomerase (ECAI) complexed with Ribitol
要素L-arabinose isomeraseL-アラビノースイソメラーゼ
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-1 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / Sugar Binding (砂糖)
機能・相同性
機能・相同性情報


L-アラビノースイソメラーゼ / L-arabinose isomerase activity / L-arabinose catabolic process to xylulose 5-phosphate / arabinose catabolic process / manganese ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #10940 / L-アラビノースイソメラーゼ / L-arabinose isomerase, C-terminal / L-arabinose isomerase, N-terminal domain superfamily / L-アラビノースイソメラーゼ / L-arabinose isomerase C-terminal domain / L-fucose/L-arabinose isomerase, C-terminal / L-fucose isomerase, N-terminal/central domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸 / : / D-ribitol / L-アラビノースイソメラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Manjasetty, B.A. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / Chance, M.R. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of Escherichia coli L-arabinose Isomerase (ECAI) complexed with Ribitol
著者: Manjasetty, B.A. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / Chance, M.R.
履歴
登録2012年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-arabinose isomerase
B: L-arabinose isomerase
C: L-arabinose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,58210
ポリマ－170,9013
非ポリマー6817
水3,981221
1
A: L-arabinose isomerase
B: L-arabinose isomerase
C: L-arabinose isomerase
ヘテロ分子

A: L-arabinose isomerase
B: L-arabinose isomerase
C: L-arabinose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)343,16520
ポリマ－341,8026
非ポリマー1,36314
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area42190 Å2
ΔGint-235 kcal/mol
Surface area94910 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15190 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area53360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.472, 116.472, 214.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-780-

HOH

詳細The biological assembly is a hexamer generated from the trimer in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 L-arabinose isomerase / L-アラビノースイソメラーゼ


分子量: 56966.992 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: araA, b0062, JW0061, UTI89_C0067 / プラスミド: PET T7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P08202, L-アラビノースイソメラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-RB0 / D-ribitol / リビト-ル / リビトール


分子量: 152.146 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H12O5
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸 / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 3350, TRISODIUM CITRATE DIHYDRATE, Ribitol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X29A11.1
シンクロトロンNSLS X3A20.979
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2006年7月18日MIRRORS
MAR CCD 165 mm2CCDMIRRORS
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SI111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SI111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11
20.9791
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 85584 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 52 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 22.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0116精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AJT

2ajt


解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 21.053 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25505 3746 5 %RANDOM
Rwork0.21184 ---
obs0.21401 70507 98.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.847 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.37 Å20.68 Å20 Å2
2--1.37 Å20 Å2
3----2.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11522 0 37 221 11780
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0211847
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.027718
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0771.94516096
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.218318794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.18751491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.34924.378555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.9151714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2331559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21773
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02113420
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022459
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.025319565
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free42.407559
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.585519457
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 225 -
Rwork0.308 4068 -
obs--83.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6913-0.0254-0.01010.223-0.25671.4406-0.05790.09520.008-0.1740.01130.0646-0.0120.25440.04660.4644-0.1032-0.03780.08310.03710.247961.8034.5322.95
20.2411-0.07990.22960.4397-0.31961.6565-0.01190.0239-0.1157-0.04090.09710.17920.4535-0.2244-0.08520.4903-0.0952-0.01590.05960.03820.370739.116-23.32534.661
30.26470.24120.13081.0041-0.53961.54050.03780.134-0.1707-0.2447-0.2547-0.13010.51151.00440.21680.53090.40160.08450.68530.12160.227985.849-23.30934.341
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 174
2X-RAY DIFFRACTION1A175 - 354
3X-RAY DIFFRACTION1A355 - 498
4X-RAY DIFFRACTION2B1 - 174
5X-RAY DIFFRACTION2B175 - 354
6X-RAY DIFFRACTION2B355 - 498
7X-RAY DIFFRACTION3C1 - 174
8X-RAY DIFFRACTION3C175 - 354
9X-RAY DIFFRACTION3C355 - 498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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