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- PDB-4f15: Molecular basis of infectivity of 2009 pandemic H1N1 influenza A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f15
タイトルMolecular basis of infectivity of 2009 pandemic H1N1 influenza A viruses
要素
  • Fab fragment, heavy chain
  • Fab fragment, light chain
  • Hemagglutinin
キーワードIMMUNE SYSTEM / influenza virus / haemagglutinin / conformation / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2540 / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Helix non-globular ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2540 / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Helix non-globular / Special / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Kim, K.H. / Cho, K.J. / Lee, J.H. / Park, Y.H. / Khan, T.G. / Lee, J.Y. / Kang, S.H. / Alam, I.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Molecular basis of infectivity of 2009 pandemic H1N1 influenza A viruses
著者: Kim, K.H. / Cho, K.J. / Lee, J.H. / Park, Y.H. / Khan, T.G. / Lee, J.Y. / Kang, S.H. / Alam, I. / Hong, K.W. / Kim, S.H. / Unzai, S. / Park, S.Y. / Kim, C.J. / Lee, J.Y. / Khan, C. / Oh, H.B. / Chung, M.S.
履歴
登録2012年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Fab fragment, heavy chain
C: Fab fragment, light chain
D: Hemagglutinin
E: Fab fragment, heavy chain
F: Fab fragment, light chain
G: Hemagglutinin
H: Fab fragment, heavy chain
I: Fab fragment, light chain
J: Hemagglutinin
K: Fab fragment, heavy chain
L: Fab fragment, light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)421,06112
ポリマ－421,06112
非ポリマー00
水2,072115
1
A: Hemagglutinin
B: Fab fragment, heavy chain
C: Fab fragment, light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,2653
ポリマ－105,2653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Hemagglutinin
E: Fab fragment, heavy chain
F: Fab fragment, light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,2653
ポリマ－105,2653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Hemagglutinin
H: Fab fragment, heavy chain
I: Fab fragment, light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,2653
ポリマ－105,2653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: Hemagglutinin
K: Fab fragment, heavy chain
L: Fab fragment, light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,2653
ポリマ－105,2653
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.698, 90.127, 238.179
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.050, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 58167.086 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 18-520 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Korea/01/2009(H1N1) / 遺伝子: HA / プラスミド: pAcGP67A / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: C5MQE6
#2: 抗体
Fab fragment, heavy chain


分子量: 23233.916 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体
Fab fragment, light chain


分子量: 23864.318 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350, 200mM potassium iodide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.492
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 121633 / % possible obs: 81.4 %
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 71.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.81→49.681 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7386 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 32.24 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2895 3510 5.25 %
Rwork0.2329 --
obs0.2351 66880 87.51 %
all-76425 -
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 18.136 Å2 / ksol: 0.284 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 101.91 Å2 / Biso mean: 32.7383 Å2 / Biso min: 0 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9428 Å20 Å21.2654 Å2
2--13.1629 Å20 Å2
3----13.5792 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→49.681 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19785 0 0 115 19900
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00920268
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.67227472
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1133026
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083520
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.4987204
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8098-2.85820.30521410.24652714285572
2.8582-2.91020.31181640.23932961312577
2.9102-2.96610.33881620.24362850301276
2.9661-3.02670.27431510.24372917306877
3.0267-3.09240.30311630.24032926308976
3.0924-3.16430.2951640.23562959312378
3.1643-3.24340.2951410.23592991313278
3.2434-3.33110.30771650.23122973313878
3.3311-3.4290.26351590.2332976313579
3.429-3.53960.32421850.23143087327280
3.5396-3.66610.26821580.2173117327583
3.6661-3.81270.26171500.2193204335485
3.8127-3.98610.26731710.22343271344285
3.9861-4.1960.29331770.21053270344786
4.196-4.45850.29521620.2023425358789
4.4585-4.80210.24751790.19963432361190
4.8021-5.28420.25931850.21383489367490
5.2842-6.04620.2971860.25383540372693
6.0462-7.60750.32292020.29963631383394
7.6075-37.96090.33232160.25543752396894

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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