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万見
- PDB-4f0x: Crystal structure of human Malonyl-CoA Decarboxylase (Peroxisomal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f0x
タイトルCrystal structure of human Malonyl-CoA Decarboxylase (Peroxisomal Isoform)
要素Malonyl-CoA decarboxylase, mitochondrial
キーワードLYASE / Enzyme / Peroxisome
機能・相同性
機能・相同性情報


malonyl-CoA decarboxylase / malonyl-CoA decarboxylase activity / malonyl-CoA catabolic process / regulation of fatty acid beta-oxidation / Beta-oxidation of very long chain fatty acids / acyl-CoA metabolic process / acetyl-CoA biosynthetic process / positive regulation of fatty acid oxidation / fatty acid oxidation / peroxisomal matrix ...malonyl-CoA decarboxylase / malonyl-CoA decarboxylase activity / malonyl-CoA catabolic process / regulation of fatty acid beta-oxidation / Beta-oxidation of very long chain fatty acids / acyl-CoA metabolic process / acetyl-CoA biosynthetic process / positive regulation of fatty acid oxidation / fatty acid oxidation / peroxisomal matrix / regulation of glucose metabolic process / response to nutrient / response to ischemia / Peroxisomal protein import / fatty acid biosynthetic process / peroxisome / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Malonyl-CoA decarboxylase, oligemerization domain / Malonyl-CoA decarboxylase, catalytic domain / Malonyl-CoA decarboxylase, C-terminal / Malonyl-CoA decarboxylase, N-terminal / Malonyl-CoA decarboxylase, N-terminal domain superfamily / Malonyl-CoA decarboxylase / Malonyl-CoA decarboxylase, C-terminal catalytic domain superfamily / Malonyl-CoA decarboxylase C-terminal domain / Malonyl-CoA decarboxylase N-terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 ...Malonyl-CoA decarboxylase, oligemerization domain / Malonyl-CoA decarboxylase, catalytic domain / Malonyl-CoA decarboxylase, C-terminal / Malonyl-CoA decarboxylase, N-terminal / Malonyl-CoA decarboxylase, N-terminal domain superfamily / Malonyl-CoA decarboxylase / Malonyl-CoA decarboxylase, C-terminal catalytic domain superfamily / Malonyl-CoA decarboxylase C-terminal domain / Malonyl-CoA decarboxylase N-terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Aminopeptidase / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0OR / Malonyl-CoA decarboxylase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Aparicio, D. / Perez, R. / Fita, I.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural Asymmetry and Disulfide Bridges among Subunits Modulate the Activity of Human Malonyl-CoA Decarboxylase.
著者: Aparicio, D. / Perez-Luque, R. / Carpena, X. / Diaz, M. / Ferrer, J.C. / Loewen, P.C. / Fita, I.
履歴
登録2012年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月27日Group: Database references
改定 1.22013年5月15日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malonyl-CoA decarboxylase, mitochondrial
B: Malonyl-CoA decarboxylase, mitochondrial
C: Malonyl-CoA decarboxylase, mitochondrial
D: Malonyl-CoA decarboxylase, mitochondrial
E: Malonyl-CoA decarboxylase, mitochondrial
F: Malonyl-CoA decarboxylase, mitochondrial
G: Malonyl-CoA decarboxylase, mitochondrial
H: Malonyl-CoA decarboxylase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)411,76612
ポリマ－410,2538
非ポリマー1,5134
水00
1
A: Malonyl-CoA decarboxylase, mitochondrial
B: Malonyl-CoA decarboxylase, mitochondrial
C: Malonyl-CoA decarboxylase, mitochondrial
D: Malonyl-CoA decarboxylase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,8836
ポリマ－205,1274
非ポリマー7562
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10010 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area80870 Å2
手法PISA
2
E: Malonyl-CoA decarboxylase, mitochondrial
F: Malonyl-CoA decarboxylase, mitochondrial
G: Malonyl-CoA decarboxylase, mitochondrial
H: Malonyl-CoA decarboxylase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,8836
ポリマ－205,1274
非ポリマー7562
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10090 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area80190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.420, 103.310, 134.240
Angle α, β, γ (deg.)95.32, 90.22, 94.46
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Malonyl-CoA decarboxylase, mitochondrial / MCD


分子量: 51281.684 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCYLM, MLYCD / プラスミド: pET-DEST-42-112 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O95822, malonyl-CoA decarboxylase
#2: 化合物
ChemComp-0OR / N~3~-[(2R)-2-hydroxy-4-{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}-3,3-dimethylbutanoyl]-beta-alaninamide


分子量: 378.210 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20N2O10P2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 16% PEG 2000 MME 0.1M AcNa 10mM CitNa, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.29→66.82 Å / Num. all: 63973 / Num. obs: 63973 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 66.61 Å2 / Rsym value: 0.165 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 3.29→3.47 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.46 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXS位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.29→66.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8135 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7755 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2667 3242 5.07 %RANDOM
Rwork0.2445 ---
obs0.2456 63973 98.25 %-
all-63973 --
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.3686 Å21.5932 Å21.0591 Å2
2---7.3498 Å20.4856 Å2
3---1.9812 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.29→66.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28015 0 92 0 28107
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00928876HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2139120HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d10070SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes654HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes4209HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it28876HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.67
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.87
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3593SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact31672SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.29→3.38 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3144 204 4.9 %
Rwork0.2647 3960 -
all0.2672 4164 -
obs--98.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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