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- PDB-4f02: Crystal structure of the PABP-binding site of eIF4G in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f02
タイトルCrystal structure of the PABP-binding site of eIF4G in complex with RRM1-2 of PABP and poly(A)
要素
  • Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 1
  • Polyadenylate-binding protein 1
  • RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
キーワードTranslation/RNA / Translation initiation / mRNA / eukaryotic initiation factors (eIFs) / Paip1 and Paip2 / Translation-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of eukaryotic translation initiation factor 4F complex assembly / positive regulation of mRNA cap binding / mCRD-mediated mRNA stability complex / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / macromolecule biosynthetic process / positive regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / translation activator activity / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / regulation of cellular response to stress / CRD-mediated mRNA stabilization ...positive regulation of eukaryotic translation initiation factor 4F complex assembly / positive regulation of mRNA cap binding / mCRD-mediated mRNA stability complex / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / macromolecule biosynthetic process / positive regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / translation activator activity / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / regulation of cellular response to stress / CRD-mediated mRNA stabilization / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / cap-dependent translational initiation / eukaryotic initiation factor 4E binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / translation factor activity, RNA binding / Deadenylation of mRNA / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / positive regulation of cytoplasmic translation / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / poly(A) binding / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / mRNA stabilization / poly(U) RNA binding / positive regulation of protein localization to cell periphery / regulation of translational initiation / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / cell leading edge / mTORC1-mediated signalling / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / behavioral fear response / regulation of presynapse assembly / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / cellular response to nutrient levels / positive regulation of viral genome replication / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / energy homeostasis / translation initiation factor binding / positive regulation of neuron differentiation / positive regulation of protein metabolic process / catalytic step 2 spliceosome / translation initiation factor activity / negative regulation of autophagy / mRNA 3'-UTR binding / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / translational initiation / lung development / neuron differentiation / mRNA splicing, via spliceosome / ISG15 antiviral mechanism / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cytoplasmic stress granule / lamellipodium / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of cell growth / response to ethanol / postsynapse / molecular adaptor activity / ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / focal adhesion / mRNA binding / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Initiation factor 4G / : / PABP, RNA recognition motif 2 / Polyadenylate binding protein, human types 1, 2, 3, 4 / Poly(A)-binding protein C-terminal (PABC) domain profile. / C-terminal domain of Poly(A)-binding protein. Present also in Drosophila hyperplastics discs protein. / Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein / PABC (PABP) domain / Poly-adenylate binding protein, unique domain / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon ...Initiation factor 4G / : / PABP, RNA recognition motif 2 / Polyadenylate binding protein, human types 1, 2, 3, 4 / Poly(A)-binding protein C-terminal (PABC) domain profile. / C-terminal domain of Poly(A)-binding protein. Present also in Drosophila hyperplastics discs protein. / Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein / PABC (PABP) domain / Poly-adenylate binding protein, unique domain / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / MIF4G domain / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Armadillo-type fold / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Polyadenylate-binding protein 1 / Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Safaee, N. / Kozlov, G. / Gehring, K.B.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2012
タイトル: Interdomain Allostery Promotes Assembly of the Poly(A) mRNA Complex with PABP and eIF4G.
著者: Safaee, N. / Kozlov, G. / Noronha, A.M. / Xie, J. / Wilds, C.J. / Gehring, K.
履歴
登録2012年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyadenylate-binding protein 1
B: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
C: Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 1
D: Polyadenylate-binding protein 1
E: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
F: Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8726
ポリマ－60,8726
非ポリマー00
水3,531196
1
A: Polyadenylate-binding protein 1
B: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
C: Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4363
ポリマ－30,4363
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11260 Å2
2
D: Polyadenylate-binding protein 1
E: RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
F: Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4363
ポリマ－30,4363
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1160 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11270 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)130.191, 130.191, 86.872
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 Polyadenylate-binding protein 1 / PABP-1 / Poly(A)-binding protein 1


分子量: 23833.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PABPC1, PAB1, PABP1, PABPC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11940
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 3576.306 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Oligo-rA11
#3: タンパク質・ペプチド Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 1 / eIF-4-gamma 1 / eIF-4G 1 / eIF-4G1 / p220


分子量: 3026.406 Da / 分子数: 2 / Fragment: unp residues 178-203 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q04637
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.32 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.03 M Tris, 1.3 M (NH4)2SO4, 5% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月29日
詳細: DCM with cryo-cooled 1st crystal sagittally bent 2nd crystal followed by vertically focusing mirror.
放射モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→36.11 Å / Num. all: 47356 / Num. obs: 47356 / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxDCデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→36.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 6.931 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23016 2532 5.1 %RANDOM
Rwork0.20413 ---
all0.22 50142 --
obs0.20541 47356 97.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.392 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→36.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3058 393 0 196 3647
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0223550
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1232.1034857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3415389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.64323.245151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.19615573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9031532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2538
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212555
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.861.51932
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.51823100
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.71931618
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2044.51755
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.997→2.049 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.22 -
Rwork0.229 3272
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8324-0.9517-0.90821.89330.3082.7907-0.03950.0213-0.07140.0177-0.00930.1142-0.0810.08260.04880.0433-0.01170.01790.0255-0.00790.0084-12.37845.8913.805
21.3551-0.5880.13282.7538-0.96921.3773-0.1236-0.1626-0.34730.1405-0.00990.12070.1141-0.01640.13350.1056-0.00260.07820.12130.04850.1107-4.60332.21127.061
35.24480.1057-0.75062.6927-3.605410.0905-0.2263-0.0273-0.9187-0.3867-0.12640.10651.28430.21940.35260.24660.04180.13070.10970.05970.242-0.33823.3120.668
43.64420.4104-0.9077-0.47220.97131.74720.0151-0.10740.0917-0.0526-0.03590.0189-0.09310.08160.02070.07780.0130.03980.07520.00710.0214-0.9842.50614.399
55.2771.75033.836814.4728-3.9485.96570.0160.11260.57680.818-0.24610.8632-0.48280.02940.23010.3155-0.01030.20910.27220.14950.3487-13.82721.94138.941
616.9562-4.27715.38051.1127-6.554237.90870.7577-0.22620.1620.3558-0.2251-0.16280.7781-0.1232-0.53270.8405-0.13670.07450.41140.35520.4529-7.98215.57945.327
710.6456-12.581418.33539.94831.558734.3657-0.8710.04380.72690.29520.6983-1.7687-1.77970.74140.17270.6863-0.14130.41250.52780.04770.39-9.30726.77545.035
80.99060.5937-0.20271.5693-0.13572.2794-0.04240.0524-0.0515-0.0842-0.0079-0.0595-0.0806-0.03240.05040.06440.00870.02980.04860.00580.010114.96849.168-2.656
92.2051-0.42310.18282.94391.13841.81560.14120.1802-0.3089-0.1245-0.12120.02760.1830.0875-0.020.16220.04060.02090.1502-0.04550.0529.68431.494-14.299
103.50780.09010.0196-0.1090.24043.2140.0040.119-0.34940.0545-0.04860.00740.4877-0.07640.04460.1447-0.01840.04150.1238-0.03070.04735.5634.94-4.049
1124.28838.1285-0.272633.35123.68216.49670.3570.457-0.3954-0.4826-0.0535-1.23940.21060.2786-0.30340.36460.18090.07820.2988-0.09420.131219.57122.996-26.262
12-0.8738-2.7666-8.91437.6526-0.551431.0056-0.0861.2806-0.6668-2.84330.9404-1.01570.2595-0.5348-0.85440.57960.08970.15521.3016-0.65910.545116.13418.675-31.984
1315.9874-39.4189-9.747588.8164-20.812317.5731-0.64550.09121.0174-1.68881.41360.80780.8464-0.4976-0.76810.85080.08860.15251.03990.05550.159614.7829.427-32.867
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 55
2X-RAY DIFFRACTION2A56 - 184
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 4
4X-RAY DIFFRACTION4B5 - 8
5X-RAY DIFFRACTION5C179 - 183
6X-RAY DIFFRACTION6C184 - 191
7X-RAY DIFFRACTION7C192 - 198
8X-RAY DIFFRACTION8D11 - 65
9X-RAY DIFFRACTION9D66 - 183
10X-RAY DIFFRACTION10E2 - 8
11X-RAY DIFFRACTION11F179 - 184
12X-RAY DIFFRACTION12F185 - 193
13X-RAY DIFFRACTION13F194 - 198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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