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万見
- PDB-4ezs: Crystal structure of the substrate binding domain of E.coli DnaK ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ezs
タイトルCrystal structure of the substrate binding domain of E.coli DnaK in complex with metchnikowin (residues 20 to 26)
要素
  • Chaperone protein DnaK
  • Metchnikowin
キーワードCHAPERONE/PEPTIDE BINDING PROTEIN / chaperone / peptide binding / CHAPERONE-PEPTIDE BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


stress response to copper ion / sigma factor antagonist activity / antifungal humoral response / : / protein unfolding / cellular response to unfolded protein / defense response to fungus / inclusion body / heat shock protein binding / protein folding chaperone ...stress response to copper ion / sigma factor antagonist activity / antifungal humoral response / : / protein unfolding / cellular response to unfolded protein / defense response to fungus / inclusion body / heat shock protein binding / protein folding chaperone / response to bacterium / ATP-dependent protein folding chaperone / defense response / ADP binding / response to wounding / antibacterial humoral response / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / response to heat / protein refolding / protein-containing complex assembly / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / DNA replication / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / extracellular region / zinc ion binding / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Metchnikowin / Metchnikowin family / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #10 / Chaperone DnaK / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site ...Metchnikowin / Metchnikowin family / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #10 / Chaperone DnaK / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / ATPase, nucleotide binding domain / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chaperone protein DnaK / Metchnikowin
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / PDB ENTRY 1DKZ / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zahn, M. / Straeter, N.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural studies of DnaK in complex with proline rich antimicrobial peptides reveal two different peptide binding modes
著者: Zahn, M. / Straeter, N.
履歴
登録2012年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone protein DnaK
B: Metchnikowin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8803
ポリマ－24,7842
非ポリマー961
水1,53185
1
A: Chaperone protein DnaK
B: Metchnikowin
ヘテロ分子

A: Chaperone protein DnaK
B: Metchnikowin
ヘテロ分子

A: Chaperone protein DnaK
B: Metchnikowin
ヘテロ分子

A: Chaperone protein DnaK
B: Metchnikowin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,52012
ポリマ－99,1368
非ポリマー3844
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-x+1,-y+2,z1
crystal symmetry operation3_657-x+1,y,-z+21
crystal symmetry operation4_577x,-y+2,-z+21
Buried area18570 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area36910 Å2
手法PISA
2
A: Chaperone protein DnaK
B: Metchnikowin
ヘテロ分子

A: Chaperone protein DnaK
B: Metchnikowin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7606
ポリマ－49,5684
非ポリマー1922
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_657-x+1,y,-z+21
Buried area6920 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area20820 Å2
手法PISA
3
A: Chaperone protein DnaK
B: Metchnikowin
ヘテロ分子

A: Chaperone protein DnaK
B: Metchnikowin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7606
ポリマ－49,5684
非ポリマー1922
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_577x,-y+2,-z+21
Buried area4540 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area23200 Å2
手法PISA
4
A: Chaperone protein DnaK
B: Metchnikowin
ヘテロ分子

A: Chaperone protein DnaK
B: Metchnikowin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7606
ポリマ－49,5684
非ポリマー1922
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
Buried area4380 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area23360 Å2
手法PISA
5


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area12550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.437, 116.905, 36.994
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-701-

SO4

-
要素

#1: タンパク質 Chaperone protein DnaK / HSP70 / Heat shock 70 kDa protein / Heat shock protein 70


分子量: 23820.777 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 389-607 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0014, dnaK, groP, grpF, JW0013, seg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6Y8
#2: タンパク質・ペプチド Metchnikowin


分子量: 963.111 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 46-52 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in Drosophila melanogaster. C-terminus is amidated.
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q24395
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.29 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 3.2 M ammonium sulfate 0.1 M tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月4日
放射モノクロメーター: Si - 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 16552 / % possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.041
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.344 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
REFMACwith PDBID 1DKZ精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMACwith PDBID 1DKZ位相決定
精密化構造決定の手法: PDB ENTRY 1DKZ / 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 8.522 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25639 839 5.1 %RANDOM
Rwork0.19851 ---
obs0.20132 15682 99.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.882 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3 Å20 Å20 Å2
2---1.15 Å20 Å2
3---2.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1717 0 5 85 1807
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0191756
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.971.9742372
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.565229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.44726.37580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.89115335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.648159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 45 -
Rwork0.245 1034 -
obs--95.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.129518.04859.909352.793734.280325.7309-0.38860.1045-0.4429-1.60930.3562-0.5775-1.25350.29320.03240.21670.0347-0.09340.0972-0.0180.341965.213119.206241.2621
21.42190.3088-0.18132.05-0.54450.91840.1235-0.05610.1338-0.0609-0.09520.0467-0.0120.0227-0.02830.06620.01910.00430.0683-0.02520.019160.040494.925731.7288
33.43321.0663-0.2725.0184-0.58550.17020.1186-0.01910.6323-0.0518-0.1926-0.19580.01560.09490.0740.11370.02310.0350.12810.0410.232562.2444102.422529.0235
41.02741.6976-0.015911.817-1.89571.398-0.01870.05550.12970.07580.00420.14860.15850.01810.01450.04740.0034-0.02040.0642-0.00290.045941.899781.860629.1728
52.1303-1.32490.75823.213-0.50552.47830.08210.1822-0.0144-0.07250.03760.14920.3391-0.1435-0.11960.1041-0.0493-0.03620.11660.00440.028335.566875.568827.8513
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A389 - 394
2X-RAY DIFFRACTION2A395 - 484
3X-RAY DIFFRACTION3A485 - 523
4X-RAY DIFFRACTION4A524 - 558
5X-RAY DIFFRACTION5A559 - 606

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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