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- PDB-4eyc: Crystal structure of the cathelin-like domain of human cathelicid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eyc
タイトルCrystal structure of the cathelin-like domain of human cathelicidin LL-37 (hCLD)
要素Cathelicidin antimicrobial peptide
キーワードUNKNOWN FUNCTION / cathelin-like domain / pro-domain of human cathelicidin LL-37 / cystatin-like fold / antimicrobial peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis / killing by host of symbiont cells / specific granule / cellular response to peptidoglycan / neutrophil activation / cellular response to interleukin-6 / Antimicrobial peptides / cellular response to interleukin-1 / innate immune response in mucosa / cell projection ...cytolysis / killing by host of symbiont cells / specific granule / cellular response to peptidoglycan / neutrophil activation / cellular response to interleukin-6 / Antimicrobial peptides / cellular response to interleukin-1 / innate immune response in mucosa / cell projection / lipopolysaccharide binding / specific granule lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / positive regulation of angiogenesis / antibacterial humoral response / tertiary granule lumen / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / amyloid fibril formation / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cathelicidin, antimicrobial peptide, C-terminal / LPS binding domain of CAP18 (C terminal) / Cathelicidins signature 1. / Cathelicidin, conserved site / Cathelicidins signature 2. / Cathelicidin-like / Cathelicidin / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Cystatin superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, ...Cathelicidin, antimicrobial peptide, C-terminal / LPS binding domain of CAP18 (C terminal) / Cathelicidins signature 1. / Cathelicidin, conserved site / Cathelicidins signature 2. / Cathelicidin-like / Cathelicidin / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Cystatin superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cathelicidin antimicrobial peptide
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Pazgier, M. / Pozharski, E. / Toth, E. / Lu, W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Structural and Functional Analysis of the Pro-Domain of Human Cathelicidin, LL-37.
著者: Pazgier, M. / Ericksen, B. / Ling, M. / Toth, E. / Shi, J. / Li, X. / Galliher-Beckley, A. / Lan, L. / Zou, G. / Zhan, C. / Yuan, W. / Pozharski, E. / Lu, W.
履歴
登録2012年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月20日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cathelicidin antimicrobial peptide
B: Cathelicidin antimicrobial peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9412
ポリマ－23,9412
非ポリマー00
水2,396133
1
A: Cathelicidin antimicrobial peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9701
ポリマ－11,9701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cathelicidin antimicrobial peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9701
ポリマ－11,9701
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.146, 57.987, 39.546
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Cathelicidin antimicrobial peptide / 18 kDa cationic antimicrobial protein / CAP-18 / hCAP-18 / Antibacterial protein FALL-39 / FALL-39 ...18 kDa cationic antimicrobial protein / CAP-18 / hCAP-18 / Antibacterial protein FALL-39 / FALL-39 peptide antibiotic / Antibacterial protein LL-37


分子量: 11970.497 Da / 分子数: 2
断片: pro-domain of human cathelicidin LL-37, UNP residues 31-133
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAMP, CAP18, FALL39, HSD26 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P49913
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 m SODIUM HEPES, 0.2 m SODIUM CITRATE, 20% ISOPROPANOL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 16840 / Num. obs: 16740 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.93→2 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.372 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Rsym value: 0.301 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PFP

1pfp


解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.181 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2424 815 5 %RANDOM
Rwork0.1912 ---
obs0.1938 16266 95.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 83.7 Å2 / Biso mean: 39.0598 Å2 / Biso min: 22.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.77 Å20 Å20 Å2
2--2.09 Å20 Å2
3----1.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1572 0 0 133 1705
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.021655
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0671.9912234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2125208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.20824.54577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.59215307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5861515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2251
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211246
LS精密化 シェル解像度: 1.903→1.952 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 37 -
Rwork0.228 767 -
all-804 -
obs--69.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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