PDB-4exa: Crystal structure of the PA4992, the putative aldo-keto reductase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4exa

タイトル

Crystal structure of the PA4992, the putative aldo-keto reductase from Pseudomona aeruginosa

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / 8(a/b) barrel / aldo-keto reductase / NADP-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Sandalova, T. / Schnell, R. / Schneider, G.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: The AEROPATH project targeting Pseudomonas aeruginosa: crystallographic studies for assessment of potential targets in early-stage drug discovery.
著者: Moynie, L. / Schnell, R. / McMahon, S.A. / Sandalova, T. / Boulkerou, W.A. / Schmidberger, J.W. / Alphey, M. / Cukier, C. / Duthie, F. / Kopec, J. / Liu, H. / Jacewicz, A. / Hunter, W.N. / ...

履歴

登録	2012年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月16日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2019年3月20日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell Item: _reflns_shell.number_measured_obs / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4exa.cif.gz	299.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4exa.ent.gz	241.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4exa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/4exa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/4exa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xu8C 4avfC 4avrC 4avyC 4b79C 4b7cC 4b7xC 4b9aC 4b9eC 4es6C 4etrC 4exbC 1ynpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4exb-2 4exb-3 6g3v-d 4exb-1 2ier-d 4qaf-d 1va5-d 6xzy-d 6w0x-d 6xzs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

B: Putative uncharacterized protein

C: Putative uncharacterized protein

D: Putative uncharacterized protein

E: Putative uncharacterized protein

F: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

195 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative uncharacterized protein

B: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Putative uncharacterized protein

F: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: Putative uncharacterized protein

E: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.170, 120.277, 151.113
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	4 - 30
2	1	1	1	B	4 - 30
3	1	1	1	C	4 - 30
4	1	1	1	D	4 - 30
5	1	1	1	E	4 - 30
6	1	1	1	F	4 - 30
1	1	2	1	A	43 - 219
2	1	2	1	B	43 - 219
3	1	2	1	C	43 - 219
4	1	2	1	D	43 - 219
5	1	2	1	E	43 - 219
6	1	2	1	F	43 - 219
1	1	3	1	A	227 - 268
2	1	3	1	B	227 - 268
3	1	3	1	C	227 - 268
4	1	3	1	D	227 - 268
5	1	3	1	E	227 - 268
6	1	3	1	F	227 - 268

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein 分子量: 31628.807 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: PA4992 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9HUH3
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 10mM NADP+ 25.5% of polyacrylic acid 0.1M Hepes, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月17日
放射	モノクロメーター: Silicon 1 1 1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→94.11 Å / Num. obs: 41558 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.129 / R_sym value: 0.129 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.493 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. measured obs: 24625 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YNP

1ynp

解像度: 2.8→94.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.899 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.859 / SU B: 15.498 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.432 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27237	2102	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22723	-	-	-
obs	0.22949	39433	96.63 %	-
all	-	39433	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.901 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.11 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→94.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11626	0	216	116	11958

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	12023
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	8127
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.345	1.999	16305
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.942	3	19735
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.54	5	1505
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.373	23.165	534
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.773	15	1997
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.898	15	120
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	1866
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	13295
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2373
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.575	1.5	7525
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.089	1.5	3121
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.107	2	11980
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.428	3	4498
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.637	4.5	4325
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	332	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	2	B	332	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	3	C	332	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	4	D	332	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	5	E	332	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	6	F	332	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	1	A	332	TIGHT THERMAL	0.08	0.5
1	2	B	332	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
1	3	C	332	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
1	4	D	332	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
1	5	E	332	TIGHT THERMAL	0.09	0.5
1	6	F	332	TIGHT THERMAL	0.08	0.5
2	1	A	2233	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
2	2	B	2233	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	3	C	2233	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	4	D	2233	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	5	E	2233	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	6	F	2233	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	1	A	2233	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
2	2	B	2233	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
2	3	C	2233	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
2	4	D	2233	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
2	5	E	2233	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
2	6	F	2233	TIGHT THERMAL	0.08	0.5
3	1	A	504	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
3	2	B	504	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
3	3	C	504	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
3	4	D	504	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
3	5	E	504	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
3	6	F	504	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
3	1	A	504	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
3	2	B	504	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
3	3	C	504	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
3	4	D	504	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
3	5	E	504	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
3	6	F	504	TIGHT THERMAL	0.06	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	146	-
R_work	0.335	2945	-
obs	-	-	98.03 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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