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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4exa | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the PA4992, the putative aldo-keto reductase from Pseudomona aeruginosa | ||||||
![]() | Putative uncharacterized protein | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / 8(a/b) barrel / aldo-keto reductase / NADP-binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sandalova, T. / Schnell, R. / Schneider, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The AEROPATH project targeting Pseudomonas aeruginosa: crystallographic studies for assessment of potential targets in early-stage drug discovery. 著者: Moynie, L. / Schnell, R. / McMahon, S.A. / Sandalova, T. / Boulkerou, W.A. / Schmidberger, J.W. / Alphey, M. / Cukier, C. / Duthie, F. / Kopec, J. / Liu, H. / Jacewicz, A. / Hunter, W.N. / ...著者: Moynie, L. / Schnell, R. / McMahon, S.A. / Sandalova, T. / Boulkerou, W.A. / Schmidberger, J.W. / Alphey, M. / Cukier, C. / Duthie, F. / Kopec, J. / Liu, H. / Jacewicz, A. / Hunter, W.N. / Naismith, J.H. / Schneider, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 299.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 241.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2xu8C ![]() 4avfC ![]() 4avrC ![]() 4avyC ![]() 4b79C ![]() 4b7cC ![]() 4b7xC ![]() 4b9aC ![]() 4b9eC ![]() 4es6C ![]() 4etrC ![]() 4exbC ![]() 1ynpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31628.807 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: PAO1 / 遺伝子: PA4992 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NAP / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.45 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 10mM NADP+ 25.5% of polyacrylic acid 0.1M Hepes, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月17日 |
放射 | モノクロメーター: Silicon 1 1 1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.873 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→94.11 Å / Num. obs: 41558 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rsym value: 0.129 / Net I/σ(I): 8.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.493 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. measured obs: 24625 / % possible all: 98.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1YNP 解像度: 2.8→94.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.899 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / SU B: 15.498 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.432 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.901 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→94.11 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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