[English] 日本語
Yorodumi- PDB-4exa: Crystal structure of the PA4992, the putative aldo-keto reductase... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4exa | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the PA4992, the putative aldo-keto reductase from Pseudomona aeruginosa | ||||||
Components | Putative uncharacterized protein | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / 8(a/b) barrel / aldo-keto reductase / NADP-binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Sandalova, T. / Schnell, R. / Schneider, G. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2013 Title: The AEROPATH project targeting Pseudomonas aeruginosa: crystallographic studies for assessment of potential targets in early-stage drug discovery. Authors: Moynie, L. / Schnell, R. / McMahon, S.A. / Sandalova, T. / Boulkerou, W.A. / Schmidberger, J.W. / Alphey, M. / Cukier, C. / Duthie, F. / Kopec, J. / Liu, H. / Jacewicz, A. / Hunter, W.N. / ...Authors: Moynie, L. / Schnell, R. / McMahon, S.A. / Sandalova, T. / Boulkerou, W.A. / Schmidberger, J.W. / Alphey, M. / Cukier, C. / Duthie, F. / Kopec, J. / Liu, H. / Jacewicz, A. / Hunter, W.N. / Naismith, J.H. / Schneider, G. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4exa.cif.gz | 299.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4exa.ent.gz | 241.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4exa.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4exa_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4exa_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | |
Data in XML | 4exa_validation.xml.gz | 56.8 KB | Display | |
Data in CIF | 4exa_validation.cif.gz | 74.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/4exa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/4exa | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2xu8C 4avfC 4avrC 4avyC 4b79C 4b7cC 4b7xC 4b9aC 4b9eC 4es6C 4etrC 4exbC 1ynpS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
|
-Components
#1: Protein | Mass: 31628.807 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) / Strain: PAO1 / Gene: PA4992 / Plasmid: pNIC28-Bsa4 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: Q9HUH3 #2: Chemical | ChemComp-NAP / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.45 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.4 Details: 10mM NADP+ 25.5% of polyacrylic acid 0.1M Hepes, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-2 / Wavelength: 0.873 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 17, 2009 |
Radiation | Monochromator: Silicon 1 1 1 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.873 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→94.11 Å / Num. obs: 41558 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rsym value: 0.129 / Net I/σ(I): 8.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.95 Å / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.493 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. measured obs: 24625 / % possible all: 98.2 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1YNP Resolution: 2.8→94.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.899 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / SU B: 15.498 / SU ML: 0.31 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.432 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.901 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→94.11 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|