PDB-4eu8: Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase (AarCH6-S71A) in complex with CoA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eu8

タイトル

Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase (AarCH6-S71A) in complex with CoA

要素

Succinyl-CoA:acetate coenzyme A transferase

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

succinyl-CoA:acetate CoA-transferase / acetate catabolic process / acetyl-CoA hydrolase activity / acetate CoA-transferase activity / succinyl-CoA catabolic process / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Acetobacter aceti (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.809 Å

データ登録者

Mullins, E.A. / Kappock, T.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of Acetobacter aceti Succinyl-Coenzyme A (CoA):Acetate CoA-Transferase Reveal Specificity Determinants and Illustrate the Mechanism Used by Class I CoA-Transferases.
著者: Mullins, E.A. / Kappock, T.J.

履歴

登録	2012年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月7日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4eu8.cif.gz	220.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4eu8.ent.gz	173.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4eu8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4eu8_validation.pdf.gz	981.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4eu8_full_validation.pdf.gz	991.6 KB	表示
XML形式データ	4eu8_validation.xml.gz	43.7 KB	表示
CIF形式データ	4eu8_validation.cif.gz	64.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/4eu8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/4eu8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4eu3C 4eu4C 4eu5C 4eu6C 4eu7C 4eu9C 4euaC 4eubC 4eucC 4eudC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4eud-d 4euc-d 4eu4-d 5e5h-d 4eu9-d 3c25-d 5eqc-d 2i00-1 6g1f-3 4eu3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Succinyl-CoA:acetate coenzyme A transferase

B: Succinyl-CoA:acetate coenzyme A transferase

ヘテロ分子

114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.276, 109.667, 120.067
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Succinyl-CoA:acetate coenzyme A transferase 分子量: 56030.289 Da / 分子数: 2 / 変異: S71A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acetobacter aceti (バクテリア) / 株: 1023 / 遺伝子: aarC / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) 参照: UniProt: B3EY95, succinyl-CoA:acetate CoA-transferase
#2: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A 分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 689 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.76 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 0.9 M sodium citrate, 0.1 M imidazole, 25 mM 2-mercaptoethanol, and 2 mM CoA, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月23日

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.809→50 Å / Num. all: 81762 / Num. obs: 81672 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.9 % / R_merge(I) obs: 0.083 / R_sym value: 0.083 / Χ²: 1.371 / Net I/σ(I): 40.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	R_sym value	Χ²	% possible all
1.81-1.84	11.7	0.482	5.9	4005	0.482	0.786	100
1.84-1.87	11.6	0.409	7	4037	0.409	0.798	100
1.87-1.91	11.7	0.343	8.4	4032	0.343	0.84	100
1.91-1.95	11.8	0.309	9.6	4030	0.309	0.907	100
1.95-1.99	11.8	0.252	11.5	4053	0.252	0.869	100
1.99-2.04	11.8	0.211	13.7	4024	0.211	0.898	99.9
2.04-2.09	11.8	0.194	15.6	4038	0.194	0.984	99.9
2.09-2.15	11.8	0.158	18.9	4078	0.158	0.974	100
2.15-2.21	11.9	0.139	21.7	4010	0.139	1.012	100
2.21-2.28	11.9	0.133	23.5	4053	0.133	1.129	100
2.28-2.36	11.9	0.116	26.3	4059	0.116	1.098	100
2.36-2.46	12	0.101	30.7	4064	0.101	1.142	100
2.46-2.57	12.1	0.093	34	4092	0.093	1.225	100
2.57-2.7	12.2	0.084	38.4	4099	0.084	1.284	100
2.7-2.87	12.2	0.077	44	4078	0.077	1.464	100
2.87-3.09	12.2	0.075	51.1	4084	0.075	1.91	100
3.09-3.41	11.8	0.069	62.4	4129	0.069	2.669	100
3.41-3.9	11.5	0.061	73	4144	0.061	3.078	100
3.9-4.91	11.9	0.045	82.9	4191	0.045	2.486	100
4.91-50	11.3	0.035	77	4372	0.035	1.748	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.809→34.69 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / SU ML: 0.2 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.96 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2256	4077	5 %	RANDOM
R_work	0.1804	-	-	-
obs	0.1826	81593	99.76 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.413 Å² / k_sol: 0.405 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 76.36 Å² / B_iso mean: 20.8142 Å² / B_iso min: 5.17 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.2692 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.5243 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.7934 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.809→34.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7682	0	100	689	8471

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7976
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.111	10822
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	1193
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1433
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.08	3070

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.8085-1.8298	0.2955	128	0.2404	2464	2592	2592	94
1.8298-1.8521	0.2802	139	0.2322	2647	2786	2786	100
1.8521-1.8755	0.2917	140	0.221	2656	2796	2796	100
1.8755-1.9002	0.2988	137	0.216	2627	2764	2764	100
1.9002-1.9263	0.2831	140	0.206	2645	2785	2785	100
1.9263-1.9538	0.2501	140	0.2011	2658	2798	2798	100
1.9538-1.9829	0.266	140	0.1936	2653	2793	2793	100
1.9829-2.0139	0.2746	139	0.1952	2641	2780	2780	100
2.0139-2.0469	0.2471	139	0.2011	2662	2801	2801	100
2.0469-2.0822	0.2744	139	0.1975	2632	2771	2771	100
2.0822-2.1201	0.2537	140	0.1913	2662	2802	2802	100
2.1201-2.1608	0.227	139	0.1809	2647	2786	2786	100
2.1608-2.2049	0.2606	139	0.19	2654	2793	2793	100
2.2049-2.2529	0.2503	142	0.195	2693	2835	2835	100
2.2529-2.3053	0.2646	140	0.1858	2642	2782	2782	100
2.3053-2.3629	0.2394	139	0.1923	2655	2794	2794	100
2.3629-2.4268	0.2253	142	0.1775	2687	2829	2829	100
2.4268-2.4982	0.2112	141	0.177	2688	2829	2829	100
2.4982-2.5788	0.2166	140	0.1724	2659	2799	2799	100
2.5788-2.6709	0.2238	141	0.1825	2693	2834	2834	100
2.6709-2.7778	0.2277	140	0.1872	2659	2799	2799	100
2.7778-2.9042	0.224	142	0.1806	2684	2826	2826	100
2.9042-3.0572	0.2565	143	0.1899	2721	2864	2864	100
3.0572-3.2486	0.2156	141	0.186	2672	2813	2813	100
3.2486-3.4992	0.1899	141	0.1695	2698	2839	2839	100
3.4992-3.851	0.2081	143	0.1606	2718	2861	2861	100
3.851-4.4073	0.1887	145	0.15	2747	2892	2892	100
4.4073-5.549	0.1938	146	0.1547	2764	2910	2910	100
5.549-34.696	0.1777	152	0.1771	2888	3040	3040	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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