[English] 日本語
Yorodumi- PDB-4eu3: Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase (AarCH6) in complex with cit... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4eu3 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase (AarCH6) in complex with citrate (subunit B) or unliganded (subunit A) | ||||||
Components | Succinyl-CoA:acetate coenzyme A transferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information succinyl-CoA:acetate CoA-transferase / acetate catabolic process / acetyl-CoA hydrolase activity / acetate CoA-transferase activity / succinyl-CoA catabolic process / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / transferase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Acetobacter aceti (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.58 Å | ||||||
Authors | Mullins, E.A. / Kappock, T.J. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2012 Title: Crystal Structures of Acetobacter aceti Succinyl-Coenzyme A (CoA):Acetate CoA-Transferase Reveal Specificity Determinants and Illustrate the Mechanism Used by Class I CoA-Transferases. Authors: Mullins, E.A. / Kappock, T.J. #1: Journal: J.Bacteriol. / Year: 2008 Title: A specialized citric acid cycle requiring succinyl-coenzyme A (CoA):acetate CoA-transferase (AarC) confers acetic acid resistance on the acidophile Acetobacter aceti Authors: Mullins, E.A. / Francois, J.A. / Kappock, T.J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4eu3.cif.gz | 233.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4eu3.ent.gz | 183.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4eu3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4eu3_validation.pdf.gz | 455.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4eu3_full_validation.pdf.gz | 459.6 KB | Display | |
Data in XML | 4eu3_validation.xml.gz | 48 KB | Display | |
Data in CIF | 4eu3_validation.cif.gz | 75.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/4eu3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/4eu3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4eu4C 4eu5C 4eu6C 4eu7C 4eu8C 4eu9C 4euaC 4eubC 4eucC 4eudC C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 56046.289 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acetobacter aceti (bacteria) / Strain: 1023 / Gene: aarC / Plasmid: pET23a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): C41(DE3) References: UniProt: B3EY95, succinyl-CoA:acetate CoA-transferase #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | ChemComp-CIT / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.99 Å3/Da / Density % sol: 38.19 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.2 Details: 0.9 M sodium citrate, 0.1 M imidazole, and 25 mM 2-mercaptoethanol, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 15, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.58→50 Å / Num. all: 121024 / Num. obs: 121024 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Χ2: 0.851 / Net I/σ(I): 21.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.58→40.234 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / SU ML: 0.43 / σ(F): 0 / Phase error: 17.14 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.72 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.801 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 76.15 Å2 / Biso mean: 14.3122 Å2 / Biso min: 3.66 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.58→40.234 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
|