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- PDB-5eqc: Structure of the ornithine aminotransferase from Toxoplasma gondi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eqc
タイトルStructure of the ornithine aminotransferase from Toxoplasma gondii crystallized in presence of oxidized glutathione reveals partial occupancy of PLP at the protein active site
要素Ornithine aminotransferase, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / PLP / gabaculine / parasite / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


L-arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / L-arginine catabolic process to L-glutamate / L-proline biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ornithine aminotransferase / : / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) ...Ornithine aminotransferase / : / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / BETA-MERCAPTOETHANOL / alpha-D-glucopyranose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Ornithine aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Minasov, G. / Flores, K. / Le, H.V. / Silverman, R.B. / McLeod, R.L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the ornithine aminotransferase from Toxoplasma gondii crystallized in presence of oxidized glutathione reveals partial occupancy of PLP at the protein active site
著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Flores, K. / Le, H.V. / Silverman, R.B. / McLeod, R.L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2015年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年5月1日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn / struct_conn_type
Item: _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
B: Ornithine aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,01816
ポリマ－96,7882
非ポリマー2,22914
水7,891438
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16300 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area28000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.406, 109.406, 109.883
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ornithine aminotransferase, mitochondrial


分子量: 48394.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
株: ME49 / 遺伝子: TGME49_269110 / プラスミド: pMCSG28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/pMagic / 参照: UniProt: S8EY38, ornithine aminotransferase

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糖 , 2種, 5分子

#2: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖
ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 447分子

#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#7: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Na Thiocyanate, 20% PEG3350, 0.5 mM oxidized glutathione

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月13日
放射モノクロメーター: beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 65316 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
BLU-MAXデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NOG

4nog


解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 7.508 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.181 3219 4.9 %RANDOM
Rwork0.145 ---
obs0.146 62063 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.09 Å20 Å20 Å2
2---1.09 Å20 Å2
3---2.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6579 0 140 438 7157
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0196917
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026672
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9151.9899355
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.067315363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2245863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.21423.399306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.75151175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8721562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.21046
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217761
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021537
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2352.2253434
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2342.2243433
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9883.3274303
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9883.3284304
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.292.683483
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.292.683483
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.513.885053
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.09919.0917968
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.09919.0947968
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 203 -
Rwork0.178 4575 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.76160.2482-0.02030.4937-0.0580.4038-0.00820.09210.00420.00450.0320.05370.05060.0171-0.02390.07320.00740.00050.08990.0250.1624134.2032119.552-19.8222
20.77420.1341-0.21430.394-0.2930.58560.0446-0.13640.01410.195-0.0934-0.0887-0.08230.17570.04880.1477-0.0117-0.04140.08030.02660.1181147.0683121.98427.7425
32.97381.17450.54031.60020.88931.8301-0.0322-0.2419-0.1120.3549-0.07160.10490.135-0.02550.10380.23130.005-0.00590.05140.05230.0963138.7411112.980217.2906
40.87640.10380.32780.8103-0.25590.31170.0179-0.04620.08720.2535-0.00970.0319-0.0882-0.0227-0.00820.1679-0.00740.01350.0596-0.01730.1492137.5995126.62096.0634
50.3238-0.0274-0.13262.3402-0.40070.56630.0146-0.01280.01570.02050.0370.1680.0673-0.0033-0.05170.06780.00510.0230.07520.02110.1647123.4008104.3124-4.5569
60.88620.3759-0.38451.0669-0.39431.4615-0.04460.11020.29490.19810.013-0.0012-0.22210.06820.03160.1503-0.0311-0.01890.03420.02440.2326141.6832146.2672-4.6359
70.38120.01840.10320.378-0.17350.70880.00140.0461-0.04860.0346-0.061-0.08670.04670.20540.05950.03810.0105-0.00580.15040.0450.1778157.0598120.084-8.8486
81.5069-0.1282-0.84375.00310.10281.7154-0.0954-0.0562-0.0210.20630.02-0.2614-0.01040.55840.07540.019-0.0185-0.02570.29830.05870.1814171.2502126.9433-13.1025
90.62760.3906-0.04560.6671-0.36040.4922-0.01890.03480.0219-0.004-0.0078-0.08340.05110.16130.02670.05740.00670.01460.17060.03490.1638155.9281122.8953-16.433
101.2545-0.1152-0.25652.02540.86531.58340.0356-0.01060.37650.04230.0404-0.2866-0.11610.3104-0.0760.0539-0.0827-0.00890.14350.0270.256163.4944149.9197-12.0794
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A17 - 102
2X-RAY DIFFRACTION2A103 - 209
3X-RAY DIFFRACTION3A210 - 248
4X-RAY DIFFRACTION4A249 - 334
5X-RAY DIFFRACTION5A335 - 441
6X-RAY DIFFRACTION6B18 - 87
7X-RAY DIFFRACTION7B88 - 219
8X-RAY DIFFRACTION8B220 - 248
9X-RAY DIFFRACTION9B249 - 333
10X-RAY DIFFRACTION10B334 - 441

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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