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万見
- PDB-4e3r: PLP-bound aminotransferase mutant crystal structure from Vibrio f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e3r
タイトルPLP-bound aminotransferase mutant crystal structure from Vibrio fluvialis
要素Pyruvate transaminase
キーワードTRANSFERASE / aminotransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-aminobutyric acid metabolic process / adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase activity / biotin biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...: / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyruvate transaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio fluvialis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Midelfort, K.S. / Kumar, R. / Han, S. / Karmilowicz, M.J. / McConnell, K. / Gehlhaar, D.K. / Mistry, A. / Chang, J.S. / Anderson, M. / Vilalobos, A. ...Midelfort, K.S. / Kumar, R. / Han, S. / Karmilowicz, M.J. / McConnell, K. / Gehlhaar, D.K. / Mistry, A. / Chang, J.S. / Anderson, M. / Vilalobos, A. / Minshull, J. / Govindarajan, S. / Wong, J.W.
引用ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2013
タイトル: Redesigning and characterizing the substrate specificity and activity of Vibrio fluvialis aminotransferase for the synthesis of imagabalin.
著者: Midelfort, K.S. / Kumar, R. / Han, S. / Karmilowicz, M.J. / McConnell, K. / Gehlhaar, D.K. / Mistry, A. / Chang, J.S. / Anderson, M. / Villalobos, A. / Minshull, J. / Govindarajan, S. / Wong, J.W.
履歴
登録2012年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate transaminase
B: Pyruvate transaminase
C: Pyruvate transaminase
D: Pyruvate transaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,17311
ポリマ－209,7934
非ポリマー3807
水26,9681497
1
A: Pyruvate transaminase
B: Pyruvate transaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,1356
ポリマ－104,8972
非ポリマー2384
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9830 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area29750 Å2
手法PISA
2
C: Pyruvate transaminase
D: Pyruvate transaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,0395
ポリマ－104,8972
非ポリマー1423
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9820 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area29740 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.980, 161.940, 179.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Pyruvate transaminase / aminotransferase


分子量: 52448.324 Da / 分子数: 4 / 変異: F19W, W57F, F85A, R88K, V153A, K163F, I259V, R415F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio fluvialis (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2XBU9
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.54 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG8000, 0.2M Lithium Sulfate, 0.1M bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年12月20日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 143088 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 25.63 Å2
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / % possible all: 83.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.9.3精密化
autoPROCデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→29.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9611 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9522 / SU R Cruickshank DPI: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1896 7175 5.01 %RANDOM
Rwork0.1568 ---
all0.1584 143087 --
obs0.1584 143087 98.72 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1489 Å20 Å20 Å2
2--3.8233 Å20 Å2
3----1.6744 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.187 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14102 0 19 1497 15618
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0114494HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0119666HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4838SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes324HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2134HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it14494HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.46
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.22
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1826SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact18503SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2245 469 5.11 %
Rwork0.1867 8703 -
all0.1887 9172 -
obs--98.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.26780.0617-0.02960.77460.00910.4912-0.0099-0.0003-0.0332-0.09790.0054-0.01780.0959-0.01250.0045-0.11480.0014-0.0016-0.1242-0.0025-0.1477-1.2743-35.556569.278
20.1809-0.09690.05680.7262-0.060.5869-0.0135-0.01330.0894-0.0721-0.0025-0.067-0.11520.01460.016-0.063-0.00510.0003-0.0692-0.0069-0.05620.0467-5.017970.4446
30.2550.00110.0370.73360.01590.67140.01260.01560.0670.0465-0.0076-0.005-0.1021-0.0019-0.005-0.06220.00590.0225-0.0760.0302-0.0650.2796-2.905921.6176
40.29120.0307-0.06860.6423-0.10180.7188-0.01230.0321-0.0425-0.0155-0.0303-0.06670.18260.03510.0426-0.11150.02040.0193-0.16460.0183-0.16511.4953-33.433319.9694
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|2 - A|451 }A2 - 451
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|2 - B|453 }B2 - 453
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|2 - C|451 }C2 - 451
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|2 - D|451 }D2 - 451

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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