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- PDB-3c25: Crystal Structure of NotI Restriction Endonuclease Bound to Cogna... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c25
タイトルCrystal Structure of NotI Restriction Endonuclease Bound to Cognate DNA
要素
  • DNA (5'-D(*DCP*DGP*DGP*DAP*DGP*DGP*DCP*DGP*DCP*DGP*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DCP*DG)-3')
  • DNA (5'-D(*DCP*DGP*DGP*DCP*DGP*DGP*DCP*DGP*DCP*DGP*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DGP*DCP*DCP*DTP*DCP*DCP*DG)-3')
  • NotI restriction endonuclease
キーワードhydrolase/DNA / Protein-DNA complex / Restriction enzyme fold / PD-(D/E)-XK / Restriction endonuclease / rare-cutting / Fe-Cys4 motif / iron-sulfur protein / hydrolase-DNA COMPLEX
機能・相同性endonuclease activity / metal ion binding / identical protein binding / : / DNA / DNA (> 10) / NotI restriction endonuclease
機能・相同性情報
生物種Nocardia otitidiscaviarum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lambert, A.R. / Sussman, D. / Shen, B. / Stoddard, B.L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Structures of the Rare-Cutting Restriction Endonuclease NotI Reveal a Unique Metal Binding Fold Involved in DNA Binding.
著者: Lambert, A.R. / Sussman, D. / Shen, B. / Maunus, R. / Nix, J. / Samuelson, J. / Xu, S.Y. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2008年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2008年2月12日ID: 3BVR
改定 1.02008年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DGP*DAP*DGP*DGP*DCP*DGP*DCP*DGP*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DCP*DG)-3')
D: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DGP*DCP*DGP*DGP*DCP*DGP*DCP*DGP*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DGP*DCP*DCP*DTP*DCP*DCP*DG)-3')
A: NotI restriction endonuclease
B: NotI restriction endonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,72910
ポリマ－98,4574
非ポリマー2726
水3,027168
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.890, 81.712, 73.583
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.510, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 12 - 364 / Label seq-ID: 12 - 364

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AC
2BD

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DCP*DGP*DGP*DAP*DGP*DGP*DCP*DGP*DCP*DGP*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DCP*DG)-3')


分子量: 6781.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic DNA construct containing cognate recognition sequence of NotI
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DCP*DGP*DGP*DCP*DGP*DGP*DCP*DGP*DCP*DGP*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DGP*DCP*DCP*DTP*DCP*DCP*DG)-3')


分子量: 6732.292 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic DNA construct containing cognate recognition sequence of NotI

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#3: タンパク質 NotI restriction endonuclease


分子量: 42471.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nocardia otitidiscaviarum (バクテリア)
遺伝子: notIR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2I6W2

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非ポリマー , 3種, 174分子

#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.72 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 2.0 M Ammonium Sulfate, 100 mM MES, 20 mM NaCl, 10 mM CaCl2, pH 6.5
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Ammonium Sulfate11
2MES11
3NaCl11
4CaCl211
5Ammonium Sulfate12
6MES12
7NaCl12
8CaCl212

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.5 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 29547 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Χ2: 0.932 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.5950.27724570.668182.2
2.59-2.695.90.24628840.698195.5
2.69-2.826.90.1930110.726199.6
2.82-2.967.30.13630140.8341100
2.96-3.157.40.129920.9781100
3.15-3.397.40.07330101.0531100
3.39-3.737.30.06230221.0311100
3.73-4.277.20.04930161.0731100
4.27-5.387.20.03730500.9271100
5.38-507.30.04730911.126199.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 25.676 / SU ML: 0.292 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.071 / ESU R Free: 0.343 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1483 5.1 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.226 29363 97.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.001 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.59 Å20 Å2-1.63 Å2
2--2.04 Å20 Å2
3----0.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5438 896 6 168 6508
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0226598
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0942.1239164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.035705
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.11823.061245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.41415830
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0671540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21012
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.024804
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1720.22918
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.24368
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0080.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0710.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0110.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1481.53609
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.26125661
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.35633755
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.5824.53503
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2668 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.340.5
MEDIUM THERMAL0.122
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 86 -
Rwork0.303 1691 -
all-1777 -
obs--80.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.30480.25891.79024.0368-0.09093.7351-0.0592-0.0710.0533-0.4246-0.16620.7884-0.3914-0.92690.2254-0.31050.2084-0.0601-0.1483-0.1004-0.2494-31.48520.5284-20.2985
23.45270.62041.71163.84250.84754.3403-0.03460.5971-0.1147-0.15110.0404-1.4514-0.50270.9188-0.0058-0.3216-0.12660.0728-0.21870.07440.1386-0.32132.2965-16.1902
34.95270.1111.4755.82730.80646.01750.15370.2657-0.4749-0.2714-0.0092-0.32420.0547-0.0937-0.1444-0.47110.01680.0643-0.3687-0.0036-0.2835-15.5221-6.5224-18.0674
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AC12 - 36312 - 363
2X-RAY DIFFRACTION2BD12 - 36312 - 363
3X-RAY DIFFRACTION3CA1 - 221 - 22
4X-RAY DIFFRACTION3DB1 - 221 - 22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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