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- PDB-4etj: Crystal Structure of E6H variant of de novo designed serine hydro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4etj
タイトルCrystal Structure of E6H variant of de novo designed serine hydrolase OSH55, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR185
要素Serine hydrolase
キーワードDE NOVO PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / PHOSPHORYL-HEXAETHYLENE GLYCOL
機能・相同性情報
生物種artificial gene (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.203 Å
データ登録者Kuzin, A. / Su, M. / Seetharaman, J. / Kornhaber, K. / Kornhaber, G. / Rajagopalan, S. / Baker, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. ...Kuzin, A. / Su, M. / Seetharaman, J. / Kornhaber, K. / Kornhaber, G. / Rajagopalan, S. / Baker, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Design of activated serine-containing catalytic triads with atomic-level accuracy.
著者: Rajagopalan, S. / Wang, C. / Yu, K. / Kuzin, A.P. / Richter, F. / Lew, S. / Miklos, A.E. / Matthews, M.L. / Seetharaman, J. / Su, M. / Hunt, J.F. / Cravatt, B.F. / Baker, D.
履歴
登録2012年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月16日Group: Database references
改定 1.22014年5月14日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8355
ポリマ－17,6841
非ポリマー1,1514
水66737
1
A: Serine hydrolase
ヘテロ分子

A: Serine hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,67010
ポリマ－35,3692
非ポリマー2,3018
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area4310 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area15060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.930, 65.930, 89.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

CL

詳細monomer,17.05 kD,95.7%, dimer,34.77 kD,4.68%

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Serine hydrolase


分子量: 17684.277 Da / 分子数: 1 / 変異: E6H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) artificial gene (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 41分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PE5 / 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL / 2-(2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / オクタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 398.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O9 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PE6 / PHOSPHORYL-HEXAETHYLENE GLYCOL


分子量: 362.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H27O10P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.15 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5), Reservoir solution: 0.1M MgCl2, 0.1M Bis-Tris, 80% PEG400, microbatch under oil, temperature 293KK

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97925 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月21日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 19058 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.9 % / Biso Wilson estimate: 36.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 57.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIXdev_988精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: 3V45

3v45


解像度: 2.203→36.958 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2257 502 4.79 %
Rwork0.183 --
obs0.1849 10470 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.029 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4218 Å20 Å2-0 Å2
2--1.4218 Å2-0 Å2
3----2.8436 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.203→36.958 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1214 0 46 37 1297
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081273
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0851704
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.508485
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07196
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005217
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2027-2.42430.25951200.19522426X-RAY DIFFRACTION100
2.4243-2.7750.2221340.19432437X-RAY DIFFRACTION100
2.775-3.49580.24931260.17532472X-RAY DIFFRACTION100
3.4958-36.96360.20651220.18132633X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.6904 Å / Origin y: 13.5459 Å / Origin z: 14.1463 Å
111213212223313233
T0.1942 Å20.005 Å20.01 Å2-0.294 Å20.0623 Å2--0.2653 Å2
L2.4074 °21.0594 °20.0247 °2-3.1653 °20.4689 °2--4.5167 °2
S-0.0585 Å °0.0363 Å °0.189 Å °-0.1093 Å °0.0609 Å °0.0638 Å °-0.0745 Å °0.3546 Å °-0.0012 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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