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- PDB-4esr: Molecular and Structural Characterization of the SH3 Domain of AH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4esr
タイトルMolecular and Structural Characterization of the SH3 Domain of AHI-1 in Regulation of Cellular Resistance of BCR-ABL+ Chronic Myeloid Leukemia Cells to Tyrosine Kinase Inhibitors
要素Jouberin
キーワードPROTEIN BINDING / AHI-1 / AHI1 / AHI-1 SH3 domain / SH3 domain / Dynamin-2 / Chronic myeloid leukemia
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of polarized epithelial cell differentiation / cloaca development / pronephric nephron tubule morphogenesis / MKS complex / specification of axis polarity / otic vesicle development / photoreceptor cell outer segment organization / regulation of behavior / motile cilium assembly / retina layer formation ...positive regulation of polarized epithelial cell differentiation / cloaca development / pronephric nephron tubule morphogenesis / MKS complex / specification of axis polarity / otic vesicle development / photoreceptor cell outer segment organization / regulation of behavior / motile cilium assembly / retina layer formation / hindbrain development / morphogenesis of a polarized epithelium / non-motile cilium / heart looping / positive regulation of receptor internalization / cilium assembly / vesicle-mediated transport / centriole / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / central nervous system development / adherens junction / cell-cell junction / intracellular protein localization / cilium / ciliary basal body / centrosome / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Jouberin, SH3 domain / : / SH3 Domains / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / WD domain, G-beta repeat ...Jouberin, SH3 domain / : / SH3 Domains / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / WD domain, G-beta repeat / Roll / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Jouberin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Van Petegem, X.F. / Liu, P.X. / Lobo, P. / Jiang, X.
引用ジャーナル: Proteomics / 年: 2012
タイトル: Molecular and structural characterization of the SH3 domain of AHI-1 in regulation of cellular resistance of BCR-ABL(+) chronic myeloid leukemia cells to tyrosine kinase inhibitors.
著者: Liu, X. / Chen, M. / Lobo, P. / An, J. / Grace Cheng, S.W. / Moradian, A. / Morin, G.B. / Van Petegem, F. / Jiang, X.
履歴
登録2012年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Jouberin
B: Jouberin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2285
ポリマ－15,9092
非ポリマー3183
水2,990166
1
A: Jouberin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9551
ポリマ－7,9551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Jouberin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2734
ポリマ－7,9551
非ポリマー3183
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.142, 68.142, 98.489
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1297-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Jouberin / Abelson helper integration site 1 protein homolog / AHI-1


分子量: 7954.657 Da / 分子数: 2 / 断片: Ahi-1 SH3 domain (unp residues 1048-1116) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AHI1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N157
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3
詳細: 0.2M ammonium sulphate, 10mM sodium bromide, 0.1M sodium acetate and 7% PEG200 MME, pH 3.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月10日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→50 Å / Num. all: 35758 / Num. obs: 34864 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.53-1.5613.30.208191.8
1.56-1.5814.90.187196.8
1.58-1.6214.90.163197
1.62-1.6514.90.142197.4
1.65-1.6814.90.124197.5
1.68-1.7214.90.104197.4
1.72-1.7714.90.093197.6
1.77-1.8114.90.085197.8
1.81-1.8714.80.075198
1.87-1.9314.80.071197.9
1.93-214.70.067198.3
2-2.0814.30.062198.5
2.08-2.1714.40.059198.5
2.17-2.2914.50.053198.5
2.29-2.4314.50.048198.9
2.43-2.6214.30.049199
2.62-2.8813.90.049199.3
2.88-3.313.80.045199
3.3-4.1513.30.045197.8
4.15-5011.90.045193.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.53→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 1.023 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.044 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.13907 1733 5 %RANDOM
Rwork0.12432 ---
obs0.12503 33024 97.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.679 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.84 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.84 Å20 Å2
3----1.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1044 0 21 166 1231
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0221182
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.02777
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0961.9431619
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.29531890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6335147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.33224.60363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.34615168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.94155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1490.2166
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0211363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02254
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0831.5698
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.041.5278
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.39321133
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.1673484
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.7934.5482
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.66231959
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.531→1.57 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.116 110 -
Rwork0.101 2295 -
obs--93.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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