PDB-4esh: The crystal structure of thymidylate kinase from Pseudomonas aeru...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4esh

タイトル

The crystal structure of thymidylate kinase from Pseudomonas aeruginosa PAO1 in complex with deoxythymidine.

要素

Thymidylate kinase

キーワード

TRANSFERASE / thymidylate kinase / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors (MTBI)

機能・相同性

機能・相同性情報

dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Tan, K. / Joachimiak, G. / Jedrzejczak, R. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors (MTBI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of thymidylate kinase from Pseudomonas aeruginosa PAO1 in complex with deoxythymidine.
著者: Tan, K. / Joachimiak, G. / Jedrzejczak, R. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2012年4月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4esh.cif.gz	98.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4esh.ent.gz	75.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4esh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4esh_validation.pdf.gz	445.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4esh_full_validation.pdf.gz	448.1 KB	表示
XML形式データ	4esh_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	4esh_validation.cif.gz	14.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/4esh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/4esh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4e5uS 4edh S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ya3-1 2dca-d 6aw6-d 5hcv-2 1swg-3 1z5p-d 3bch-d 1im8-2 4w7f-d 1h2f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC105732

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thymidylate kinase

ヘテロ分子

23.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Thymidylate kinase

ヘテロ分子

A: Thymidylate kinase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
47.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.352, 55.352, 114.767
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

詳細

It is predicted to be monomeric.

#1: タンパク質	Thymidylate kinase / dTMP kinase 分子量: 23408.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA2962, Pseudomonas aeruginosa, tmk / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q9HZN8, dTMP kinase
#2: 化合物	ChemComp-THM / THYMIDINE / DEOXYTHYMIDINE / 2'-DEOXYTHYMIDINE / チミジンタイプ: DNA OH 5 prime terminus / 分子量: 242.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₂O₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.27 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.8M Lithium Chloride, 0.1M Tris:HCl, 32% (w/v) PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月2日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→37 Å / Num. all: 15472 / Num. obs: 15472 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 38.4
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.687 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 766 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4E5U

4e5u

解像度: 1.95→36.789 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2257	773	5.01 %	Random
R_work	0.1816	-	-	-
all	0.1838	15434	-	-
obs	0.1838	15434	99.5 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 48.038 Å² / k_sol: 0.328 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.672 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.672 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.3441 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→36.789 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1604	0	17	78	1699

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1697
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.996	2309
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.958	659
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	259
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	313

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.948-2.07	0.2865	134	0.218	2389	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.2298	0.2117	123	0.199	2407	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2298-2.4542	0.2841	136	0.1859	2422	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4542-2.8092	0.2637	117	0.2011	2445	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8092-3.5388	0.2288	147	0.18	2447	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5388-36.7954	0.1935	116	0.1689	2551	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.4159	-0.4012	-1.2456	7.4778	0.4321	0.5173	-0.0121	-0.8743	0.4494	-0.0077	0.5264	-0.5282	-0.197	1.0869	-0.42	0.2209	0.0072	-0.0471	0.3777	-0.0226	0.2811	-26.4467	22.5059	19.0026
2	8.5114	2.2055	1.0606	1.8722	3.1612	9.132	-0.1533	0.3979	1.1028	-0.7444	0.1231	-0.3976	-1.6695	0.421	0.0776	0.6007	-0.0625	-0.0063	0.3067	0.0586	0.51	-18.7279	32.0297	19.1703
3	1.1433	1.1048	0.5195	5.7771	2.2184	2.4709	0.0079	0.0766	0.0207	-0.0664	0.0886	-0.3488	-0.0294	0.2855	-0.157	0.1915	-0.0309	0.0181	0.2793	0.0292	0.2508	-16.6789	9.269	17.5123
4	1.2022	-0.0226	0.3246	2.6477	0.7121	2.3675	-0.0119	-0.065	0.0056	-0.0871	0.0366	0.0467	-0.1356	0.0109	-0.0196	0.211	0.0103	0.0111	0.2682	0.0182	0.2414	-28.6733	11.8142	17.2922
5	2.2702	-2.3964	2.2941	7.4062	-3.796	5.203	-0.074	0.7338	0.6289	0.235	-0.6117	-1.2176	-0.6421	1.5726	0.6446	0.5173	-0.0563	0.0931	0.7412	0.0701	0.531	-15.5919	12.7566	0.6995
6	4.1226	-3.9113	-4.8719	4.054	3.6472	8.4099	-0.1922	0.6895	-0.3238	-0.3672	-0.3744	0.2285	-0.3543	-0.4621	0.5358	0.3321	-0.0276	-0.0264	0.2809	0.0107	0.2869	-29.5482	15.5184	1.4902
7	8.1362	5.0088	-2.2259	4.92	-3.1323	4.9341	-0.2866	0.3032	1.6479	-0.9594	0.4012	0.5397	-0.7405	-0.3893	-0.081	0.6023	0.0335	-0.0205	0.4245	-0.0174	0.3613	-31.1655	26.916	8.3506
8	6.3786	0.6814	-1.1665	7.3964	-1.3274	4.9837	-0.1623	0.6185	0.7199	-1.2557	0.2198	1.4462	-1.5442	-1.1045	0.0768	0.7915	0.0378	-0.2987	0.429	0.0127	0.9287	-27.8121	34.8562	16.4009

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq -1:15)	A	-1 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 16:30)	A	16 - 30
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 31:62)	A	31 - 62
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 63:136)	A	63 - 136
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 137:159)	A	137 - 159
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 160:176)	A	160 - 176
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 177:189)	A	177 - 189
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 190:209)	A	190 - 209

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