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- PDB-4eq5: DNA ligase from the archaeon Thermococcus sibiricus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eq5
タイトルDNA ligase from the archaeon Thermococcus sibiricus
要素DNA ligase
キーワードLIGASE / DNA-binding domain / Adenylation domain / ATP-dependent thermostable DNA ligase / archaeon Thermococcus sibiricus
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA ligase (ATP or NAD+) / DNA ligase (ATP) activity / DNA biosynthetic process / DNA recombination / DNA replication / cell division / DNA repair / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA ligase, ATP-dependent, bacterial/archaeal / DNA ligase i, domain 1 / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal domain / : / DNA ligase, ATP-dependent / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal domain superfamily / DNA ligase N terminus / DNA ligase/mRNA capping enzyme / ATP-dependent DNA ligase signature 2. ...DNA ligase, ATP-dependent, bacterial/archaeal / DNA ligase i, domain 1 / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal domain / : / DNA ligase, ATP-dependent / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal / DNA ligase, ATP-dependent, N-terminal domain superfamily / DNA ligase N terminus / DNA ligase/mRNA capping enzyme / ATP-dependent DNA ligase signature 2. / ATP-dependent DNA ligase AMP-binding site. / DNA ligase, ATP-dependent, C-terminal / ATP dependent DNA ligase C terminal region / DNA ligase, ATP-dependent, conserved site / ATP-dependent DNA ligase family profile. / DNA ligase, ATP-dependent, central / ATP dependent DNA ligase domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / DNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus sibiricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Petrova, T. / Bezsudnova, E.Y. / Dorokhov, B.D. / Slutskaya, E.S. / Polyakov, K.M. / Dorovatovskiy, P.V. / Ravin, N.V. / Skryabin, K.G. / Kovalchuk, M.V. / Popov, V.O.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: Expression, purification, crystallization and preliminary crystallographic analysis of a thermostable DNA ligase from the archaeon Thermococcus sibiricus.
著者: Petrova, T.E. / Bezsudnova, E.Y. / Dorokhov, B.D. / Slutskaya, E.S. / Polyakov, K.M. / Dorovatovskiy, P.V. / Ravin, N.V. / Skryabin, K.G. / Kovalchuk, M.V. / Popov, V.O.
履歴
登録2012年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1632
ポリマ－64,8161
非ポリマー3471
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.590, 87.540, 126.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA ligase / Polydeoxyribonucleotide synthase [ATP]


分子量: 64815.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus sibiricus (古細菌) / 株: MM 739
遺伝子: lig, Thermostable ATP-dependent DNA ligase gene Tsib_0885, TSIB_0885
プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DLT1270/pRARE-2 / 参照: UniProt: C6A2U9, DNA ligase (ATP)
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.77 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.085 M HEPES, 8.5% 2-propanol (v/v), 17% (w/v) PEG 4000, 15% (v/v) glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: KURCHATOV SNC / ビームライン: K4.4 / 波長: 0.985 Å
検出器タイプ: RAYONIX SX-165mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月1日
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.985 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 25359 / Num. obs: 18232 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.05 / Biso Wilson estimate: 67.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル
解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.69-2.850.97191.7
2.85-3.051.59199.6
3.05-3.293.16199.7
3.29-3.65.79199.6
3.6-4.0210.33198.9
4.02-4.6218.87198
4.62-5.6321.97198.5
5.63-7.8225.78198.4
7.82-3052.67191.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
BALBES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2CFM

2cfm


解像度: 2.85→29.295 Å / SU ML: 1.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.96 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Relatively low number of observations did not allow to perform refinement of B-factors for each atom. One B-factor was refined for each residue
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3575 797 5.12 %Random
Rwork0.2733 ---
obs0.2772 15576 98.95 %-
all-49848 --
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 65.716 Å2 / ksol: 0.276 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-31.4777 Å2-0 Å2-0 Å2
2---18.7236 Å2-0 Å2
3----12.7541 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→29.295 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3859 0 23 2 3884
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013949
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.55347
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.7181439
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.093614
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007687
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8501-3.02850.45241290.39572424X-RAY DIFFRACTION100
3.0285-3.2620.37621440.34372419X-RAY DIFFRACTION100
3.262-3.58980.38751340.3042445X-RAY DIFFRACTION99
3.5898-4.1080.35311480.27842414X-RAY DIFFRACTION98
4.108-5.1710.38531300.24372454X-RAY DIFFRACTION98
5.171-29.29650.291120.24132623X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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