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万見
- PDB-6n3g: Crystal structure of histone lysine methyltransferase SmyD2 in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n3g
タイトルCrystal structure of histone lysine methyltransferase SmyD2 in complex with polyethylene glycol
要素N-lysine methyltransferase SMYD2
キーワードTRANSFERASE / Methyltransferase / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lysine N-methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / peptidyl-lysine monomethylation / peptidyl-lysine dimethylation / histone H3K4 trimethyltransferase activity / histone H3K36 methyltransferase activity / protein-lysine N-methyltransferase activity / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone H3 methyltransferase activity / RNA polymerase II complex binding ...lysine N-methyltransferase activity / [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / peptidyl-lysine monomethylation / peptidyl-lysine dimethylation / histone H3K4 trimethyltransferase activity / histone H3K36 methyltransferase activity / protein-lysine N-methyltransferase activity / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone H3 methyltransferase activity / RNA polymerase II complex binding / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / regulation of signal transduction by p53 class mediator / Regulation of TP53 Activity through Methylation / PKMTs methylate histone lysines / p53 binding / heart development / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
SMYD2, SET domain / : / MYND finger / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type profile. / Beta-clip-like / SET domain / Tetratricopeptide repeat domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain ...SMYD2, SET domain / : / MYND finger / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type profile. / Beta-clip-like / SET domain / Tetratricopeptide repeat domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Beta Complex / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / NICKEL (II) ION / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / N-lysine methyltransferase SMYD2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Perry, E. / Spellmon, N. / Brunzelle, J. / Yang, Z.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of histone lysine methyltransferase SmyD2 in complex with polyethylene glycol
著者: Perry, E. / Yang, Z.
履歴
登録2018年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-lysine methyltransferase SMYD2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,30713
ポリマ－49,8321
非ポリマー1,47512
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: scanning transmission electron microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area20460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.840, 151.840, 53.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 N-lysine methyltransferase SMYD2 / HSKM-B / Histone methyltransferase SMYD2 / Lysine N-methyltransferase 3C / SET and MYND domain- ...HSKM-B / Histone methyltransferase SMYD2 / Lysine N-methyltransferase 3C / SET and MYND domain-containing protein 2


分子量: 49832.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMYD2, KMT3C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NRG4, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, histone-lysine N-methyltransferase

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非ポリマー , 6種, 91分子

#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400


分子量: 546.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H50O13 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物
ChemComp-EOH / ETHANOL


分子量: 46.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.14 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, Ethanol, Water, 1 M Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月12日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→107.367 Å / Num. obs: 14389 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 14.2 % / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.43→2.718 Å / Num. unique obs: 718 / CC1/2: 0.559 / Rpim(I) all: 0.538 / % possible all: 72.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1-2575精密化
XDSVERSION Jun 1, 2017 BUILT=20170923データ削減
Aimless0.6.2データスケーリング
PHENIX1.11.1-2575位相決定
autoPROC1.0.5 (20171219)データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5KJK

5kjk


解像度: 2.43→75.92 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2224 753 5.24 %
Rwork0.1747 --
obs0.1772 14382 61.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 121.26 Å2 / Biso mean: 37.8088 Å2 / Biso min: 13.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.43→75.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3462 0 83 79 3624
Biso mean--39.43 34.82 -
残基数----430
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113625
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3134868
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075513
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012623
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.4252209
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4302-2.61780.373240.30943203447
2.6178-2.88130.2816670.27941111117825
2.8813-3.29820.28621770.24263224340173
3.2982-4.15540.23852480.170144244672100
4.1554-75.9570.17282370.140945504787100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9662-0.27370.93730.6147-0.28062.3062-0.00650.0702-0.014-0.0157-0.00170.33940.2741-0.1836-0.05350.21290.0316-0.10080.1701-0.0270.2681157.581750.1216-6.384
21.07710.29060.17270.93410.06091.9642-0.0839-0.15040.07870.04380.1473-0.00590.21450.1942-0.02620.18920.0987-0.0370.1486-0.03850.1622170.554249.71640.2415
36.6266-0.46841.84372.2629-0.72782.7672-0.0183-0.14390.19070.16420.0923-0.1539-0.15420.39820.12090.1416-0.0146-0.11030.2181-0.1440.2988180.837761.32890.4948
42.36140.2440.8182.22930.08824.2684-0.18630.08050.709-0.1434-0.0285-0.4015-0.90350.78840.18520.4296-0.06820.01270.314-0.01230.5807192.235861.2582-13.5541
51.35140.30190.24691.68941.07052.49930.01530.41610.2859-0.21050.052-0.1616-0.10030.76420.0090.18350.1029-0.00190.45860.06740.2394187.73649.3019-19.4788
65.0571-1.0209-2.21860.42550.0412.4003-0.35480.0365-0.6967-0.0309-0.0010.13910.95530.04980.27760.46990.11330.00660.2382-0.07280.2218180.792631.5925-10.9431
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 168 )A4 - 168
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 169 through 246 )A169 - 246
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 247 through 269 )A247 - 269
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 270 through 310 )A270 - 310
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 311 through 378 )A311 - 378
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 379 through 433 )A379 - 433

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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