PDB-4eq4: Crystal structure of seleno-methionine derivatized GH3.12

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eq4

タイトル

Crystal structure of seleno-methionine derivatized GH3.12

要素

4-substituted benzoates-glutamate ligase GH3.12

キーワード

LIGASE / firefly luciferase family / acyl adenylase / amino acid conjugation

機能・相同性

機能・相同性情報

N-(4-aminobenzoyl)-L-glutamate synthetase activity / N-benzoyl-L-glutamate synthetase activity / N-vanillate-L-glutamate synthetase activity / N-(4-hydroxybenzoyl)-L-glutamate synthetase activity / positive regulation of plant-type hypersensitive response / benzoate metabolic process / salicylic acid mediated signaling pathway / regulation of systemic acquired resistance / detection of fungus / plant-type hypersensitive response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.074 Å

データ登録者

Zubieta, C. / Nanao, M. / Jez, J. / Westfall, C. / Kapp, U.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Structural basis for prereceptor modulation of plant hormones by GH3 proteins.
著者: Westfall, C.S. / Zubieta, C. / Herrmann, J. / Kapp, U. / Nanao, M.H. / Jez, J.M.

履歴

登録	2012年4月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年7月25日	Group: Database references
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4eq4.cif.gz	444 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4eq4.ent.gz	360.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4eq4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/4eq4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/4eq4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4eplC 4epmC 4eqlC 4ewvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5kod-4 4l39-2 5kod-2 4b2g-2 5kod-1 4ewv-2 5cgt-d 4epl-d 4mq5-d 5kod-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (1) #17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (1)
#17 - 2001年5月
シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 4-substituted benzoates-glutamate ligase GH3.12

B: 4-substituted benzoates-glutamate ligase GH3.12

ヘテロ分子

134 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-substituted benzoates-glutamate ligase GH3.12

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
67 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 4-substituted benzoates-glutamate ligase GH3.12

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
67 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.865, 66.302, 100.451
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.63, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	4-substituted benzoates-glutamate ligase GH3.12 / Auxin-responsive GH3-like protein 12 / AtGH3-12 / Protein GH3-LIKE DEFENSE GENE 1 / Protein ...Auxin-responsive GH3-like protein 12 / AtGH3-12 / Protein GH3-LIKE DEFENSE GENE 1 / Protein GRETCHEN HAGEN 3.12 / Protein HOPW1-1-INTERACTING 3 / Protein avrPPHB SUSCEPTIBLE 3 分子量: 66559.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: GH3.12, GDG1, PBS3, WIN3, At5g13320, T22N19.5, T31B5.140 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9LYU4, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物	ChemComp-SAL / 2-HYDROXYBENZOIC ACID / SALICYLIC ACID / サリチル酸分子量: 138.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₃
#3: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 663 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.05 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.25M ammonium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月25日 / 詳細: bent collimating mirror and toroid
放射	モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→60 Å / Num. obs: 134804 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1.9 / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 4.1 % / R_sym value: 0.252 / Net I/σ(I): 6.7
反射シェル	解像度: 2.08→2.2 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.816 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
SHARP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.074→56.965 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 25.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2524	6824	5.06 %
R_work	0.2141	-	-
obs	0.2161	69262	99.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 31.27 Å² / k_sol: 0.335 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.1657 Å²	0 Å²	6.7176 Å²
2-	-	-3.2452 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.0795 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.074→56.965 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8391	0	66	663	9120

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	8711
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.347	11847
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.378	3201
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.091	1341
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1519

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0745-2.098	0.3775	169	0.3121	3540	X-RAY DIFFRACTION	84
2.098-2.1227	0.3541	211	0.2812	4378	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1227-2.1486	0.3059	218	0.2857	4279	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1486-2.1758	0.3271	259	0.2856	4192	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1758-2.2044	0.3001	205	0.2664	4447	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2044-2.2346	0.3289	215	0.2614	4192	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2346-2.2666	0.3337	202	0.2594	4327	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2666-2.3004	0.2871	302	0.2506	4229	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3004-2.3364	0.2748	213	0.253	4334	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3364-2.3747	0.3252	255	0.2445	4271	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3747-2.4156	0.3081	203	0.2443	4256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4156-2.4595	0.3151	238	0.2308	4333	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4595-2.5068	0.3055	222	0.2374	4323	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5068-2.558	0.2467	192	0.225	4321	X-RAY DIFFRACTION	100
2.558-2.6136	0.2919	199	0.2286	4344	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6136-2.6744	0.2847	263	0.2256	4264	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6744-2.7413	0.2665	230	0.2237	4279	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7413-2.8154	0.2323	259	0.2131	4226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8154-2.8983	0.2712	227	0.2127	4269	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8983-2.9918	0.2562	195	0.212	4348	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9918-3.0987	0.2437	236	0.2048	4294	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0987-3.2228	0.2527	230	0.2021	4297	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2228-3.3695	0.2314	200	0.1905	4337	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3695-3.5471	0.2238	237	0.1887	4243	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5471-3.7693	0.2018	256	0.1799	4279	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7693-4.0602	0.1928	252	0.1697	4235	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0602-4.4687	0.1903	221	0.1635	4300	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4687-5.1149	0.1941	237	0.1682	4287	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1149-6.4429	0.2251	232	0.2264	4293	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4429-56.9863	0.2638	246	0.2191	4263	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8733	-0.0665	0.0468	0.208	0.0684	0.1988	0.0129	-0.0116	-0.0076	0.0463	-0.011	-0.0052	0.036	-0.0148	-0.0056	0.1036	-0.0076	-0.0067	0.0926	0.0099	0.0912	35.1209	13.1655	5.7964
2	1.0938	0.3082	-0.6299	0.1585	0.0212	1.13	0.0135	-0.5168	-0.4487	0.3594	-0.0769	0.0471	0.1854	0.0719	0.0277	0.6561	-0.0683	0.1237	0.767	0.0889	0.687	25.6751	1.1699	30.3084
3	0.2801	-0.076	-0.0238	0.3405	0.2698	1.2601	-0.0114	-0.001	0.0433	0.0747	-0.0435	-0.0283	0.022	0.0006	0.0484	0.1665	-0.0059	0.0199	0.1423	0.0116	0.1894	-6.3887	18.6404	39.6856
4	1.1955	0.243	-0.7711	0.3316	-0.156	0.7615	0.0731	0.1124	0.3139	-0.1324	0.2137	-0.3321	-0.3589	0.1713	-0.1944	0.5734	-0.0147	0.2402	0.7191	0.0706	0.8	20.302	29.0243	34.7189

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 9:417)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 418:575)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 9:418)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 419:573)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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