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- PDB-4eoz: Crystal structure of the SPOP BTB domain complexed with the Cul3 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eoz
タイトルCrystal structure of the SPOP BTB domain complexed with the Cul3 N-terminal domain
要素
  • Cullin-3
  • Speckle-type POZ protein
キーワードPROTEIN BINDING / E3 Ubiquitin Ligase / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mitotic cell cycle phase transition / trophectodermal cellular morphogenesis / liver morphogenesis / POZ domain binding / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / polar microtubule / COPII vesicle coating / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / regulation protein catabolic process at postsynapse / RHOBTB3 ATPase cycle ...positive regulation of mitotic cell cycle phase transition / trophectodermal cellular morphogenesis / liver morphogenesis / POZ domain binding / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / polar microtubule / COPII vesicle coating / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / regulation protein catabolic process at postsynapse / RHOBTB3 ATPase cycle / cell projection organization / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / embryonic cleavage / stem cell division / Notch binding / fibroblast apoptotic process / RHOBTB1 GTPase cycle / negative regulation of type I interferon production / molecular function inhibitor activity / mitotic metaphase chromosome alignment / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of Rho protein signal transduction / stress fiber assembly / positive regulation of cytokinesis / regulation of proteolysis / sperm flagellum / protein monoubiquitination / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / protein K48-linked ubiquitination / RHOBTB2 GTPase cycle / protein autoubiquitination / gastrulation / regulation of cellular response to insulin stimulus / positive regulation of TORC1 signaling / intrinsic apoptotic signaling pathway / cyclin binding / positive regulation of protein ubiquitination / kidney development / integrin-mediated signaling pathway / cellular response to amino acid stimulus / Degradation of DVL / Hedgehog 'on' state / protein destabilization / Wnt signaling pathway / G1/S transition of mitotic cell cycle / protein polyubiquitination / Regulation of RAS by GAPs / spindle pole / mitotic spindle / KEAP1-NFE2L2 pathway / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cell migration / Neddylation / cellular response to oxidative stress / ubiquitin-dependent protein catabolic process / gene expression / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Potential therapeutics for SARS / postsynapse / nuclear speck / protein ubiquitination / inflammatory response / positive regulation of cell population proliferation / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / glutamatergic synapse / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #240 / Cullin Repeats / SPOP, C-terminal BACK domain / : / BPM/SPOP, BACK domain / 5 helical Cullin repeat like / MATH domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #240 / Cullin Repeats / SPOP, C-terminal BACK domain / : / BPM/SPOP, BACK domain / 5 helical Cullin repeat like / MATH domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Cullin protein neddylation domain / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Helix non-globular / Special / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Speckle-type POZ protein / Cullin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Prive, G.G. / Errington, W.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Adaptor protein self-assembly drives the control of a cullin-RING ubiquitin ligase.
著者: Errington, W.J. / Khan, M.Q. / Bueler, S.A. / Rubinstein, J.L. / Chakrabartty, A. / Prive, G.G.
履歴
登録2012年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月9日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Speckle-type POZ protein
C: Speckle-type POZ protein
B: Cullin-3
D: Cullin-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,2584
ポリマ－119,2584
非ポリマー00
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5950 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area40740 Å2
手法PISA
2
A: Speckle-type POZ protein
B: Cullin-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6292
ポリマ－59,6292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area21660 Å2
手法PISA
3
C: Speckle-type POZ protein
D: Cullin-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6292
ポリマ－59,6292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1660 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area21730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)213.166, 76.944, 85.834
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Speckle-type POZ protein / HIB homolog 1 / Roadkill homolog 1


分子量: 16167.548 Da / 分子数: 2 / 断片: BTB domain from SPOP, unp residues 177-319 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPOP / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O43791
#2: タンパク質 Cullin-3 / CUL-3


分子量: 43461.695 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain from Cul3, unp residue 20-381 / Mutation: I342R, L346D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CUL3, KIAA0617 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q13618
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.13 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.025M Hepes pH 6.5, 0.1M MgCl2, 13% PEG 2000, 11% 2,4-Methyl-2-Pentanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double-crystal monochromator Si-111
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→19.61 Å / Num. all: 51676 / Num. obs: 49937 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 1.34 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.4856 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.495 / % possible all: 74

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→19.61 Å / SU ML: 0.73 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2627 2513 5.09 %Random
Rwork0.211 ---
obs0.2137 49397 95.59 %-
all-51676 --
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.202 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.225 Å20 Å2-0.7866 Å2
2--0.356 Å2-0 Å2
3---0.8691 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6739 0 0 46 6785
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0136839
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4499186
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7312636
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.11014
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051193
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.44610.4281010.32571860X-RAY DIFFRACTION69
2.4461-2.49590.34331270.3092193X-RAY DIFFRACTION81
2.4959-2.55010.34641360.31462498X-RAY DIFFRACTION92
2.5501-2.60930.38311410.30082669X-RAY DIFFRACTION98
2.6093-2.67440.33061470.27742702X-RAY DIFFRACTION100
2.6744-2.74650.31241330.28392729X-RAY DIFFRACTION100
2.7465-2.82710.39771400.27472711X-RAY DIFFRACTION100
2.8271-2.9180.34831270.26252684X-RAY DIFFRACTION100
2.918-3.0220.32861180.2472759X-RAY DIFFRACTION100
3.022-3.14250.3081570.25282692X-RAY DIFFRACTION100
3.1425-3.28490.27641400.23172704X-RAY DIFFRACTION99
3.2849-3.45720.25641400.22072707X-RAY DIFFRACTION99
3.4572-3.67250.27591600.20882688X-RAY DIFFRACTION99
3.6725-3.95390.25271460.18742681X-RAY DIFFRACTION99
3.9539-4.34790.22671640.16832663X-RAY DIFFRACTION98
4.3479-4.96810.20171570.16572682X-RAY DIFFRACTION98
4.9681-6.22580.27151520.20042728X-RAY DIFFRACTION99
6.2258-19.61060.2471270.21662534X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.8533-1.86412.93223.5855-1.9052.870.09331.4474-0.15451.9121-0.38541.5989-0.37710.4144-0.14871.3741-0.49180.29891.0608-0.08321.667355.960324.856817.2368
23.15730.9621-0.84016.0905-4.19833.77060.19820.679-0.689-0.12580.49061.82752.166-0.582-0.56220.7078-0.151-0.02330.57230.06230.670868.778226.48715.1072
35.3893-5.5762-5.9235.9416.41437.02280.57031.75820.2605-0.7463-1.04050.09910.0199-1.49330.34470.7782-0.11470.03350.8376-0.03980.505579.239529.3095-2.354
48.3993-0.815-4.6327.2986-4.50396.55560.08680.0349-0.13820.7134-0.1559-0.05080.4646-0.24930.06290.433-0.11560.01610.4251-0.02090.489784.649830.491810.0558
54.211-3.0214.08062.2749-2.94943.9390.5191-0.36270.5591-1.86750.3751-0.2924-1.033-0.3882-0.9320.8502-0.18820.1660.72350.10320.767492.944336.78632.9094
64.231-1.2123-2.08574.3455-2.42875.0545-1.38631.3965-0.2034-2.16151.0591-0.8175-0.54540.35130.01810.8625-0.34040.02570.6773-0.03180.630488.721624.3991-1.6699
79.0837-7.7948-4.84757.64565.54366.5260.27870.7287-1.329-1.32380.18750.68530.5276-0.6953-0.32350.9331-0.1806-0.03810.4529-0.03020.647377.976520.05074.222
86.6738-6.22520.48346.12150.77254.34310.5706-0.5074-1.6746-1.9428-0.02481.24650.3124-0.0837-0.72770.9108-0.2898-0.02630.5440.03141.066574.905911.46456.2145
92.61340.9189-1.80629.2962-0.34984.3181-0.0669-0.528-0.53460.2877-0.10480.27760.13680.34430.07560.7899-0.07460.10380.47020.10260.673383.746913.871911.9932
102.57421.2921-0.28872.1896-1.53221.2256-0.0586-0.2236-0.87171.5699-0.0021-0.92741.1704-0.74740.2250.9761-0.2306-0.07120.73990.16890.619475.322727.198519.5413
118.4088-7.2455-6.32536.67576.11515.6092-0.4124-0.39960.7731-0.75110.6446-0.5149-0.35650.4979-0.05890.5951-0.1097-0.05630.53670.06370.528173.858945.618313.7741
128.2684-3.1250.1493.768-3.84996.47350.05040.87520.6575-1.0721-0.6117-0.1874-0.2280.39540.1720.7374-0.1101-0.07680.57340.05890.444366.039142.78543.4039
138.2777-3.1771-6.30876.26171.25457.15741.7605-0.35841.7859-0.7930.20320.2806-1.94410.3082-1.51581.2345-0.2091-0.0850.68180.10731.038264.46450.81912.706
148.3746-1.3843-0.50146.1764-0.11856.1871-0.196-0.9043-0.16110.9302-0.00290.8860.1455-0.34040.24260.684-0.10520.08540.7049-0.00720.622158.894237.360720.8014
157.2295-1.287-0.06476.42481.19997.57540.00720.5722-0.4131-0.8011-0.0088-0.17930.50480.59980.06860.6633-0.0160.0970.53490.01740.4003104.026223.84236.1081
164.80683.42981.04979.07153.7465.2499-0.24060.18980.0327-0.2310.31820.14380.1440.3157-0.11070.40810.07090.01130.52650.03720.3553107.480834.118819.8665
175.1185-1.29660.58733.24644.37576.9152-0.38310.3508-0.0945-0.13170.09110.1974-0.05460.07230.20070.459-0.08480.00990.49540.00690.5261108.763348.593334.3185
185.85953.79663.36032.63231.7672.8028-0.432-0.26950.5523-0.66940.1644-0.4752-1.11030.3237-0.41420.7380.001-0.05290.58350.040.7278112.635255.969350.8182
193.6152-1.18211.34235.13872.98559.835-0.4031-0.08050.45290.2973-0.13130.4723-0.4808-0.39820.66860.43020.0404-0.01460.3898-0.02890.6081102.276754.966850.2254
206.3028-0.3734-0.66796.8161-0.10856.9818-0.3061-0.93131.14991.1572-0.04990.9049-0.9953-0.39880.24560.75110.1283-0.04540.6079-0.11980.7555101.852459.649667.7208
212.2464-0.1980.85191.4968-1.65484.65350.4631-1.29260.23891.0645-2.35442.4356-1.0568-1.13080.94851.3963-0.20390.61291.2585-0.08411.0812100.960355.372778.4239
225.8764-5.5009-5.7455.03215.30045.5550.2648-0.34571.1408-0.66280.47790.5257-0.7237-0.1865-0.61770.98430.012-0.13290.6958-0.14821.059447.356956.54191.8775
232.6951-0.1165-0.61953.09081.72727.4179-0.30090.25040.3284-0.32130.06770.1077-0.89330.05870.14930.6637-0.0375-0.19450.64070.00870.777949.587245.0803-8.7175
245.8724-1.4507-2.38415.96824.71546.1276-0.50180.6175-0.0385-0.8040.3044-0.4074-0.5330.6930.00660.879-0.244-0.0841.08220.0880.614652.702233.7424-31.6449
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262.1613-0.8703-3.65324.61021.14458.1505-0.26031.0527-0.0397-0.2050.1255-0.2444-0.5211.22020.41830.51440.03140.04731.477-0.110.815954.78816.6401-37.8097
273.1844-1.072-2.83475.34971.11773.2308-0.27721.04020.01610.19050.2071-0.41431.29090.3144-0.04990.73720.16360.0421.3378-0.05310.880853.56192.5967-48.4118
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 179:185)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 186:196)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 197:214)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 215:230)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 231:238)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 239:247)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 248:260)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 261:269)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resseq 270:292)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resseq 180:196)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resseq 197:214)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resseq 215:238)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resseq 239:247)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resseq 248:295)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resseq 24:69)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resseq 70:154)
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resseq 155:205)
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resseq 206:227)
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resseq 228:268)
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resseq 269:308)
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resseq 309:325)
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resseq 24:45)
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resseq 46:154)
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resseq 155:194)
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resseq 195:226)
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resseq 227:268)
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resseq 269:308)
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resseq 309:324)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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