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万見
- PDB-4eo1: crystal structure of the TolA binding domain from the filamentous... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eo1
タイトルcrystal structure of the TolA binding domain from the filamentous phage IKe
要素Attachment protein G3P
キーワードVIRAL PROTEIN / TolA binding protein / infection / G3P / filamentous phage / attachment protein / TolA binding / coat protein / TolA / phage coat / phage envelope of the filamentous phage IKe
機能・相同性
機能・相同性情報


: / viral extrusion / virion attachment to host cell pilus / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell membrane / viral capsid / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane
類似検索 - 分子機能
G3P, pilus binding domain / Phage FD Coat Protein, Membrane penetration domain / Phage FD Coat Protein,Membrane penetration domain / Attachment protein G3P, N-terminal / Attachment protein G3P, N-terminal domain superfamily / Phage Coat Protein A / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Attachment protein G3P
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage Ike (ファージ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Jakob, R.P. / Geitner, A.J. / Weininger, U. / Balbach, J. / Dobbek, H. / Schmid, F.X.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2012
タイトル: Structural and energetic basis of infection by the filamentous bacteriophage IKe.
著者: Jakob, R.P. / Geitner, A.J. / Weininger, U. / Balbach, J. / Dobbek, H. / Schmid, F.X.
履歴
登録2012年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月9日Group: Database references
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Attachment protein G3P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5122
ポリマ－7,4881
非ポリマー241
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.550, 33.810, 65.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Author states that the protein is a Monomer with all methods tested including Gel Filtration, DLS, DSC, protein folding/Stability experiments

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要素

#1: タンパク質 Attachment protein G3P / Gene 3 protein / G3P / Minor coat protein


分子量: 7488.051 Da / 分子数: 1 / 断片: TolA binding domain, UNP residues 130-199 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage Ike (ファージ)
遺伝子: III / プラスミド: pEt11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P03663
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.81 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris 8.5, 5% PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→18.2 Å / Num. obs: 11481 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 15.93 Å2
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
AMoRE位相決定
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2x9b

2x9b


解像度: 1.8→18.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9267 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9012 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2188 606 9.73 %RANDOM
Rwork0.1866 ---
all0.188 6232 --
obs0.1896 6230 --
原子変位パラメータBiso mean: 19.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5136 Å20 Å20 Å2
2--0.8397 Å20 Å2
3----2.3533 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.196 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→18.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数507 0 1 78 586
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.009509HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.34696HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d162SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes16HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes75HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it509HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.47
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.73
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion65SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact637SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.8→2.01 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2229 160 9.26 %
Rwork0.1726 1567 -
all0.1771 1727 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6177-2.58520.55711.06760.06821.3195-0.0013-0.04060.09570.31950.1603-0.22980.05710.2136-0.1590.03010.0063-0.0484-0.0492-0.0297-0.04476.5305-6.520421.8655
20.7586-0.88720.62431.9515-0.6963.17360.0780.0093-0.1965-0.2110.00790.01940.1055-0.1128-0.086-0.04390.0054-0.0085-0.02390.006-0.0686-0.7886-11.14837.1183
30-0.4362-1.20793.4579-0.24465.47710.08410.0838-0.0477-0.1414-0.01410.1071-0.1837-0.1891-0.07-0.0480.0021-0.02410.0478-0.00650.0059-0.0766-12.20037.835
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|1 - 10}A1 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2{A|11 - 45}A11 - 45
3X-RAY DIFFRACTION3{A|46 - 66}A46 - 66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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