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万見
- PDB-4en4: Crystal Structure of the Ternary Human PL Kinase-Ginkgotoxin-MgAT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4en4
タイトルCrystal Structure of the Ternary Human PL Kinase-Ginkgotoxin-MgATP Complex
要素Pyridoxal kinase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxal metabolic process / pyridoxamine metabolic process / Vitamin B6 activation to pyridoxal phosphate / lithium ion binding / pyridoxal kinase activity / pyridoxal 5'-phosphate salvage / pyridoxal kinase / sodium ion binding / potassium ion binding / specific granule lumen ...pyridoxal metabolic process / pyridoxamine metabolic process / Vitamin B6 activation to pyridoxal phosphate / lithium ion binding / pyridoxal kinase activity / pyridoxal 5'-phosphate salvage / pyridoxal kinase / sodium ion binding / potassium ion binding / specific granule lumen / pyridoxal phosphate binding / secretory granule lumen / phosphorylation / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyridoxine kinase / Pyridoxamine kinase/Phosphomethylpyrimidine kinase / Phosphomethylpyrimidine kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-GT0 / Chem-GT1 / Pyridoxal kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Safo, M.K. / Musayev, F.N. / Gandhi, A.K.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal structures of human pyridoxal kinase in complex with the neurotoxins, ginkgotoxin and theophylline: insights into pyridoxal kinase inhibition.
著者: Gandhi, A.K. / Desai, J.V. / Ghatge, M.S. / di Salvo, M.L. / Di Biase, S. / Danso-Danquah, R. / Musayev, F.N. / Contestabile, R. / Schirch, V. / Safo, M.K.
履歴
登録2012年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月22日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridoxal kinase
B: Pyridoxal kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,62226
ポリマ－70,2872
非ポリマー3,33624
水4,828268
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9860 Å2
ΔGint-220 kcal/mol
Surface area24120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.749, 115.221, 169.554
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-501-

HOH

21B-502-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Pyridoxal kinase / Pyridoxine kinase


分子量: 35143.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDXK, C21orf124, C21orf97, PKH, PNK, PRED79 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: O00764, pyridoxal kinase

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非ポリマー , 8種, 292分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-GT0 / 5-(hydroxymethyl)-4-(methoxymethyl)-2-methylpyridin-3-ol / ginkgotoxin / 4-O-メチルピリドキシン


分子量: 183.204 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13NO3 / コメント: 神経毒*YM
#6: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-GT1 / [5-hydroxy-4-(methoxymethyl)-6-methylpyridin-3-yl]methyl dihydrogen phosphate / ginkgotoxin, phosphorylated / 2-メチル-4-(メトキシメチル)-5-(ホスホノオキシメチル)ピリジン-3-オ-ル


分子量: 263.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14NO6P / コメント: 神経毒*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: ginkgotoxin, MgATP, 48-50% MPD, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.15→28.82 Å / Num. obs: 49008 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.33 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 0.89 / Net I/σ(I): 11.9 / Scaling rejects: 23598
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
2.15-2.234.650.3354.12330449070.83100
2.23-2.324.620.2894.62327448980.83100
2.32-2.424.610.2395.42346349140.85100
2.42-2.554.60.2026.22368349380.8799.9
2.55-2.714.540.1547.52363749180.8899.8
2.71-2.924.520.1219.32376449360.9299.8
2.92-3.214.440.0911.72406949810.999.7
3.21-3.674.220.06117.22371049010.9399.1
3.67-4.633.690.04125.52346948250.9495.8
4.63-28.823.40.0337.7235994790192.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.2SSIデータ削減
CNS1精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FHX

3fhx


解像度: 2.15→28.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / Data cutoff high absF: 3465978 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 2312 5 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs-45953 92.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.7778 Å2 / ksol: 0.3372 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 99.97 Å2 / Biso mean: 42.4854 Å2 / Biso min: 7.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.81 Å20 Å20 Å2
2---5.41 Å20 Å2
3----8.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.75 Å0.57 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→28.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4890 0 206 268 5364
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.23
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.391.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.722
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.492
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.92.5
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 243 5.4 %
Rwork0.425 4283 -
all-4526 -
obs--92.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_1
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_2
X-RAY DIFFRACTION3ion.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_3
X-RAY DIFFRACTION4atp.par&_1_TOPOLOGY_INFILE_4
X-RAY DIFFRACTION5mpd.par&_1_TOPOLOGY_INFILE_5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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