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- PDB-4en3: Crystal structure of a human Valpha24(-) NKT TCR in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4en3
タイトルCrystal structure of a human Valpha24(-) NKT TCR in complex with CD1d/alpha-galactosylceramide
要素
  • (HUMAN NKT TCR ...) x 2
  • Antigen-presenting glycoprotein CD1d
  • Beta-2-microglobulin
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin-like / MHC class I-like / Antigen presentation-recognition / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / T cell selection / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / positive regulation of innate immune response / heterotypic cell-cell adhesion / beta-2-microglobulin binding ...lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / T cell selection / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / positive regulation of innate immune response / heterotypic cell-cell adhesion / beta-2-microglobulin binding / immune system process / detection of bacterium / positive regulation of T cell proliferation / cell adhesion molecule binding / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / basolateral plasma membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / lysosome / endosome membrane / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / MHC-I family domain / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / : ...: / : / MHC-I family domain / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AGH / alpha-L-fucopyranose / Human nkt tcr alpha chain / Human nkt tcr beta chain / Antigen-presenting glycoprotein CD1d / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.568 Å
データ登録者Lopez-Sagaseta, J. / Adams, E.J.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2012
タイトル: The Molecular Basis for Recognition of CD1d/alpha-Galactosylceramide by a Human Non-Valpha24 T Cell Receptor Struct. Title
著者: Lopez-Sagaseta, J. / Kung, J.E. / Savage, P.B. / Gumperz, J. / Adams, E.J.
履歴
登録2012年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _software.name
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62023年12月27日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn / struct_conn_type
改定 1.72024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Antigen-presenting glycoprotein CD1d
A: HUMAN NKT TCR ALPHA CHAIN
B: HUMAN NKT TCR BETA CHAIN
D: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,36113
ポリマ－98,0484
非ポリマー2,3139
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12450 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area36090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.112, 72.573, 113.747
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 CD

#1: タンパク質 Antigen-presenting glycoprotein CD1d / R3G1


分子量: 32366.418 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-295 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD1D / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P15813
#4: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11845.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P61769

-
HUMAN NKT TCR ... , 2種, 2分子 AB

#2: タンパク質 HUMAN NKT TCR ALPHA CHAIN


分子量: 24517.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: K7N5M3*PLUS
#3: タンパク質 HUMAN NKT TCR BETA CHAIN / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 29319.465 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: K7N5M4*PLUS

-
糖 , 3種, 7分子

#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-AGH / N-{(1S,2R,3S)-1-[(ALPHA-D-GALACTOPYRANOSYLOXY)METHYL]-2,3-DIHYDROXYHEPTADECYL}HEXACOSANAMIDE / KRN-7000


タイプ: D-saccharide / 分子量: 858.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C50H99NO9
#7: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 103分子

#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 17 % PEG 4000, 0.1 M ammnonium acetate, 0.1 M sodium acetate pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月29日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→50 Å / Num. obs: 33787 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 20.77
反射 シェル解像度: 2.42→2.46 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.62 / Rsym value: 0.655

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1ZT4 and 2EYS

1zt4

2eys


解像度: 2.568→44.008 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2664 1470 5.09 %
Rwork0.2083 --
obs0.2113 28877 99.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.4995 Å20 Å2-2.5355 Å2
2--19.523 Å20 Å2
3----16.0235 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.568→44.008 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6128 0 152 101 6381
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026444
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.578751
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3022295
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039973
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021104
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5675-2.65040.31381130.26972299X-RAY DIFFRACTION92
2.6504-2.74510.34391320.25722470X-RAY DIFFRACTION100
2.7451-2.8550.32491380.24622493X-RAY DIFFRACTION100
2.855-2.98490.36871460.2332494X-RAY DIFFRACTION100
2.9849-3.14220.2811240.23222505X-RAY DIFFRACTION100
3.1422-3.3390.28191420.21022492X-RAY DIFFRACTION100
3.339-3.59670.27231350.20422495X-RAY DIFFRACTION100
3.5967-3.95850.241340.20292517X-RAY DIFFRACTION100
3.9585-4.53080.26911110.18192545X-RAY DIFFRACTION100
4.5308-5.70630.24871330.18752538X-RAY DIFFRACTION100
5.7063-44.01480.23431620.21522559X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.47960.29050.83022.59522.6257.85570.0605-0.3768-0.33790.2625-0.1107-0.09240.404-0.28760.09690.381-0.06490.02280.39370.04630.3923-0.30110.2954-0.6373
22.9008-0.42050.17482.29781.72962.22970.02210.00410.2503-0.2987-0.2052-0.0913-0.4590.2498-0.97980.4524-0.0795-0.02020.33070.03750.36493.804913.4881-2.1992
31.05970.3222-0.4188-0.19820.65231.2738-0.00680.68410.2473-0.1666-0.0608-0.1435-0.4124-0.2901-0.00080.50580.0116-0.00760.55570.02370.3465-21.22980.8447-29.1957
40.8444-0.91880.07411.72480.37171.2146-0.02650.0051-0.1066-0.2210.0181-0.12450.19830.1011-00.339-0.05960.01040.40430.04710.40224.69091.392823.2683
50.28580.0664-0.68560.80680.25090.7356-0.1759-0.5421-0.0899-0.30.2393-0.01380.6220.74050.00290.430.13340.02880.62590.10580.586436.4214-10.714351.8231
60.0038-0.01510.00570.0748-0.01740.00310.0732-0.1466-0.10180.0880.7091-0.18960.14520.71170.00040.90090.1233-0.13811.1172-0.02821.016441.3009-20.011949.8382
70.9130.0872-0.03260.2177-0.39970.8756-0.0513-0.9820.1373-0.0867-0.4781-0.5386-0.6791-0.0604-0.05450.71820.099-0.02490.40750.04210.462811.52859.324543.2645
80.5942-0.23530.45220.2029-0.34630.55840.0012-0.0842-0.19480.14590.17810.1146-0.266-0.40010.00010.4784-0.03240.08270.45670.05630.36235.6127.327432.5723
90.1345-0.0730.10550.2155-0.2340.2112-0.1278-0.23510.09651.3062-0.07290.7151-0.4827-0.3992-0.00220.5130.14910.01560.5101-0.01250.520.73912.815333.8734
10-0.0077-0.0822-0.01140.0984-0.12690.0482-0.38330.43620.1074-0.59230.53740.08970.5842-0.69310.00020.4408-0.04460.03010.60180.05520.32354.22580.875439.1766
110.8364-0.9393-0.15170.71960.34810.33930.2048-0.23640.125-0.0796-0.09710.1538-0.04150.25860.0030.3086-0.1448-0.07420.27590.08760.288811.62496.85634.7461
120.3114-0.4233-0.52750.43810.77411.20760.0945-0.8450.48470.33180.3361-0.3317-0.06780.24820.03010.3583-0.0912-0.14230.5134-0.03320.691830.9826-1.16757.2044
131.26020.60680.67810.36040.3490.729-0.07340.7429-1.18640.35580.56140.0306-0.65410.46320.04760.55030.09770.02010.24030.03050.816417.232-11.490551.0998
140.2507-0.2725-0.35940.43850.42730.60290.0579-0.46390.15680.1310.4178-0.3952-0.2994-0.23890.21390.3397-0.0382-0.01870.6201-0.10340.707926.54272.935259.3616
150.47521.5418-0.48794.6174-1.38850.58940.6305-0.70120.7966-0.33350.50641.47510.06140.26850.27710.4772-0.00910.11410.5489-0.13140.13314.85791.189763.5711
160.2299-0.36770.5020.602-0.79880.99440.4951-0.58060.28830.1486-0.17180.40980.35520.05220.23990.3131-0.03470.06550.4651-0.29470.6165-23.52674.4229-7.3325
170.0239-0.02510.010.06730.03010.0146-0.20280.4359-0.3412-0.492-0.3679-0.1795-0.1786-0.5790.00020.61430.0245-0.03220.431-0.14370.5692-26.126-13.6686-23.9858
180.1790.0018-0.03410.0050.05370.0220.2654-0.6546-0.02810.3117-0.0635-0.05050.0413-0.42680.00020.425-0.0767-0.08910.4586-0.03920.3508-21.7877-6.0919-13.6894
191.57020.55930.34061.04760.12880.05360.025-0.6751-0.64260.766-0.33280.06790.4002-0.1666-0.00370.3443-0.22390.15560.9979-0.18130.3021-22.1395-2.6821-1.2624
200.0243-0.00380.04070.0412-0.04130.0607-0.3162-0.0165-0.39210.2580.48810.51490.36550.3389-0.00010.6165-0.10240.08960.8136-0.14190.6591-26.1604-14.9683-5.8157
210.04120.15430.0070.0984-0.04030.07280.2211-0.27060.5014-0.2288-0.36410.41460.0205-0.3069-0.00020.3409-0.00020.00850.21190.00920.3302-11.01965.4015-6.6446
220.0581-0.0646-0.17370.270.010.3120.124-0.6818-0.1935-0.3644-0.30360.2203-0.2694-0.25960.00010.5388-0.0968-0.06230.39670.00580.4792-24.12-10.2643-12.832
230.2293-0.21010.40250.3822-0.25630.91170.4055-0.85250.40310.5786-0.28280.49990.323-0.25590.06090.5192-0.29150.17230.7952-0.43520.576-28.7643-1.5444-1.8486
240.4533-0.34410.70290.8956-0.5951.13940.3678-0.3145-1.0583-0.5310.17541.8876-0.0564-0.51910.08370.39550.01270.00771.1626-0.01650.648-32.8767-4.9949-14.7546
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 8 through 103 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 104 through 176 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 177 through 277 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 8 through 111 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 112 through 187 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 188 through 201 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 2 through 14 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 15 through 59 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 60 through 75 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 76 through 94 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 95 through 121 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 122 through 174 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 175 through 191 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 192 through 226 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 227 through 242 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 1 through 11 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 12 through 19 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 20 through 30 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 31 through 41 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 42 through 51 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 52 through 61 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 62 through 77 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 78 through 90 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 91 through 99 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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