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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5mi0 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | A thermally stabilised version of Plasmodium falciparum RH5 | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / malaria immunogen design Rosetta PROSS | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationrhoptry lumen / rhoptry / symbiont entry into host / host cell membrane / bicellular tight junction / apical part of cell / heparin binding / cytoplasmic vesicle / host extracellular space / host cell surface receptor binding ...rhoptry lumen / rhoptry / symbiont entry into host / host cell membrane / bicellular tight junction / apical part of cell / heparin binding / cytoplasmic vesicle / host extracellular space / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / protein-containing complex / extracellular region / membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.35 Å | ||||||
Authors | Campeotto, I. / Goldenzweig, A. / Davey, J. / Barfod, L. / Marshall, J.M. / Silk, S.E. / Wright, K.E. / Draper, S.J. / Higgins, M.K. / Fleishman, S.J. | ||||||
| Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / Year: 2017Title: One-step design of a stable variant of the malaria invasion protein RH5 for use as a vaccine immunogen. Authors: Campeotto, I. / Goldenzweig, A. / Davey, J. / Barfod, L. / Marshall, J.M. / Silk, S.E. / Wright, K.E. / Draper, S.J. / Higgins, M.K. / Fleishman, S.J. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5mi0.cif.gz | 316.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5mi0.ent.gz | 255.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5mi0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5mi0_validation.pdf.gz | 447.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5mi0_full_validation.pdf.gz | 452.1 KB | Display | |
| Data in XML | 5mi0_validation.xml.gz | 28 KB | Display | |
| Data in CIF | 5mi0_validation.cif.gz | 40.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/5mi0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mi/5mi0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4u0rS S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 43842.387 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: Rh5 / Production host: ![]() References: UniProt: A0A159SJI5, UniProt: B2L3N7, UniProt: Q8IFM5*PLUS |
|---|---|
| #2: Antibody | Mass: 27641.205 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
| #3: Antibody | Mass: 26259.277 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
| #4: Water | ChemComp-HOH / |
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.65 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 18% glycerol 22% PEG 1500 and additive: 0.02M HEPES sodium pH 6.8 and benzidine nicotinamide, pyromellitic acid and sulfaguanidine, each at 0.25% w/v |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Dec 4, 2015 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.35→42.77 Å / Num. obs: 36539 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 49.1 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 13.9 |
| Reflection shell | Resolution: 2.35→2.43 Å / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.554 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / CC1/2: 0.832 / % possible all: 97.9 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4U0R Resolution: 2.35→32.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9498 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9201 / SU R Cruickshank DPI: 0.288 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.284 / SU Rfree Blow DPI: 0.209 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.212
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 50.44 Å2
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| Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.343 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.35→32.91 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 2.35→2.42 Å / Total num. of bins used: 18
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
United Kingdom, 1items
Citation










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