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- PDB-4en0: Crystal structure of light -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4en0
タイトルCrystal structure of light
要素Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14
キーワードCYTOKINE / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-BIOLOGY / NEW YORK STRUCTURAL GENOMICS RESEARCH CONSORTIUM / NYSGRC / IMMUNITY / TNF SUPERFAMILY / HVEM / DCR3 / N-GLYCOSYLATION / MEMBRANE / SECRETED PROTEIN / ATOMS-TO-ANIMALS: THE IMMUNE FUNCTION NETWORK / IFN / Jelly-roll Fold / Bind TNF receptor HVEM and LTbR / LTbR
機能・相同性
機能・相同性情報


TNFs bind their physiological receptors / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / positive regulation of T cell chemotaxis / T cell chemotaxis / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of myoblast fusion / T cell homeostasis / positive regulation of myoblast differentiation ...TNFs bind their physiological receptors / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / positive regulation of T cell chemotaxis / T cell chemotaxis / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of myoblast fusion / T cell homeostasis / positive regulation of myoblast differentiation / T cell proliferation / T cell costimulation / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / T cell activation / cytokine activity / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / immune response / signaling receptor binding / apoptotic process / signal transduction / extracellular space / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Zhan, C. / Liu, W. / Patskovsky, Y. / Ramagopal, U.A. / Bonanno, J.B. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network (IFN)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Mechanistic basis for functional promiscuity in the TNF and TNF receptor superfamilies: structure of the LIGHT:DcR3 assembly.
著者: Liu, W. / Zhan, C. / Cheng, H. / Kumar, P.R. / Bonanno, J.B. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C.
履歴
登録2012年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年5月9日ID: 3UGN
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月31日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14
B: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14
C: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7076
ポリマ－55,2983
非ポリマー4083
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7220 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area16590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.699, 99.981, 124.382
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14 / Herpes virus entry mediator ligand / HVEM-L / Herpesvirus entry mediator ligand / Tumor necrosis ...Herpes virus entry mediator ligand / HVEM-L / Herpesvirus entry mediator ligand / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14 / membrane form / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14 / soluble form


分子量: 18432.820 Da / 分子数: 3 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HVEML, LIGHT, TNFSF14, UNQ391/PRO726 / プラスミド: PMT/BIP/V5-HIS / 発現宿主: DROSOPHILA (ハエ) / 参照: UniProt: O43557
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE DIFFERENCE BETWEEN SEQUENCE AND UNP REFERENCE REFLECTS NATURAL VARIATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.79 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 1.26M NAH2PO4, 0.14M K2HPO4 AND 0.2M NDSB-211, PH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→50 Å / Num. obs: 18664 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 51.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QE3

2qe3


解像度: 2.59→46.122 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2861 956 5.13 %RANDOM
Rwork0.2337 ---
obs0.2363 18647 99.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.859 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.6607 Å20 Å20 Å2
2--4.668 Å20 Å2
3---11.9927 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→46.122 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3292 0 25 12 3329
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033404
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7884622
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1831195
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048514
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003586
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5902-2.72680.40961400.35032427X-RAY DIFFRACTION97
2.7268-2.89760.35841180.31552518X-RAY DIFFRACTION100
2.8976-3.12130.32081490.27422496X-RAY DIFFRACTION100
3.1213-3.43530.30761560.24612490X-RAY DIFFRACTION100
3.4353-3.93210.24591190.21832538X-RAY DIFFRACTION100
3.9321-4.95320.23261300.18022558X-RAY DIFFRACTION100
4.9532-46.12910.29041440.23492664X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.34690.36450.4161.81340.02622.6269-0.29880.3920.356-0.70860.46620.5145-0.04840.37760.00980.3478-0.262-0.17890.61190.25060.3783-14.912828.013313.7225
21.62781.9108-0.5353.07790.31923.8-0.168-0.3164-0.27290.49050.45080.2940.13090.3807-0.19980.38980.09280.02950.54350.22670.3186-16.339714.672831.0576
32.2274-0.5761-0.54791.6089-0.01472.4257-0.2710.33830.2492-0.42510.11591.04460.207-0.1658-0.07040.2566-0.1972-0.23680.45540.31070.8162-31.660314.120115.8158
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 93:240)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resseq 92:240)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resseq 92:240)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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