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- PDB-4elx: Structure of apo E.coli. 1,4-dihydroxy-2- naphthoyl CoA synthases... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4elx
タイトルStructure of apo E.coli. 1,4-dihydroxy-2- naphthoyl CoA synthases with Cl
要素1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
キーワードLYASE / Dihydroxynaphthoic acid synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase / 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase activity / bicarbonate binding / menaquinone biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase, MenB / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 ...1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase, MenB / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.191 Å
データ登録者Sun, Y.R. / Song, H.G. / Li, J. / Jiang, M. / Li, Y. / Zhou, J.H. / Guo, Z.H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Active site binding and catalytic role of bicarbonate in 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl coenzyme A synthases from vitamin K biosynthetic pathways
著者: Sun, Y.R. / Song, H.G. / Li, J. / Jiang, M. / Li, Y. / Zhou, J.H. / Guo, Z.H.
履歴
登録2012年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
B: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
C: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
D: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
E: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
F: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,42125
ポリマ－190,0276
非ポリマー1,39519
水11,494638
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area36230 Å2
ΔGint-201 kcal/mol
Surface area46990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.470, 133.878, 153.929
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase / DHNA-CoA synthase


分子量: 31671.105 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: menB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0ABU0, 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

-
非ポリマー , 6種, 657分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 638 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 300mM NaCl, 20% PEG 3350, 100mM Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→37.4 Å / Num. obs: 81295 / Biso Wilson estimate: 30.97 Å2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.191→37.389 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.8304 / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2268 4051 5.01 %
Rwork0.1673 76807 -
obs0.1703 80858 98.81 %
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.254 Å2 / ksol: 0.318 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 119.12 Å2 / Biso mean: 36.8158 Å2 / Biso min: 8.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8776 Å2-0 Å20 Å2
2---4.2721 Å2-0 Å2
3---2.3945 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.191→37.389 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11869 0 82 638 12589
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00712202
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03216483
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071785
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042186
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9274452
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1913-2.21710.30231050.22412114221981
2.2171-2.24410.27061370.182926522789100
2.2441-2.27250.26881340.183626552789100
2.2725-2.30240.31151510.192614276599
2.3024-2.33390.25741360.17892633276999
2.3339-2.36730.27051360.18022637277399
2.3673-2.40260.28541440.17732629277399
2.4026-2.44010.27111350.17882632276799
2.4401-2.48010.25761550.177226512806100
2.4801-2.52290.2391500.18382611276199
2.5229-2.56880.29851280.1832655278399
2.5688-2.61820.24781410.175626282769100
2.6182-2.67160.27451200.17432661278199
2.6716-2.72970.26091570.17542635279299
2.7297-2.79310.23161240.17912655277999
2.7931-2.8630.2771420.19612648279099
2.863-2.94030.30681310.185826592790100
2.9403-3.02680.26841660.19232624279099
3.0268-3.12450.21981330.17392659279299
3.1245-3.23610.27851510.18712645279699
3.2361-3.36560.251400.171426752815100
3.3656-3.51870.2181470.17292670281799
3.5187-3.7040.1791540.161526642818100
3.704-3.93580.22561260.145727022828100
3.9358-4.23930.16191210.13242713283499
4.2393-4.66520.17161530.12327012854100
4.6652-5.33860.16691460.136127292875100
5.3386-6.71980.22711300.184927862916100
6.7198-37.39410.19641580.18062870302899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1761-0.00660.07750.1282-0.00450.3788-0.04460.07350.286-0.12020.0356-0.0627-0.3643-0.0489-0.03210.23970.00550.02970.15690.01850.242849.7596165.955914.5073
20.1999-0.00360.08070.18-0.02190.03030.0745-0.10550.0890.0874-0.02690.04-0.1008-0.09710.00010.2253-0.00020.00930.1934-0.00710.224948.322154.6812.865
30.1094-0.00340.05060.28950.07850.03030.0121-0.0217-0.0542-0.0787-0.0213-0.0678-0.0330.0307-00.10790.01710.01770.1654-0.00820.128550.7216147.303715.2544
40.05150.00450.01810.01160.0120.01890.15260.1329-0.13480.0002-0.07780.0644-0.03930.0145-0.00710.57590.041-0.15140.25110.0040.231824.4062144.2694-12.8335
50.0661-0.0203-0.00070.11-0.16090.2171-0.0698-0.0529-0.10160.10320.07060.0622-0.0372-0.010100.24280.01910.02160.20340.02530.213918.7094117.489444.3845
60.0671-0.0355-0.06130.1522-0.06950.07160.0007-0.1117-0.00840.0914-0.00930.0983-0.0879-0.0274-00.15360.02010.01980.1753-0.00140.13911.872132.724.309
70.0249-0.018-0.01370.0271-0.03990.1895-0.0802-0.0362-0.1429-0.1431-0.01080.03610.1019-0.0518-0.00020.16760.00510.0160.182-0.00950.224926.1782115.026528.1615
80.17490.15430.00760.1555-0.0280.13550.05140.0097-0.140.1964-0.0398-0.10250.05280.03540.05820.7230.28770.00660.21780.01190.536552.5729101.889221.1016
90.0291-0.02790.020.0286-0.00980.0179-0.0266-0.0478-0.05310.02540.056-0.0203-0.00880.02310.01340.21240.20610.04720.3299-0.14990.596667.589109.31026.4959
100.0650.02590.01010.02970.03590.0521-0.04430.1755-0.1213-0.18430.0008-0.18850.01640.1388-0.03320.37060.05780.1070.2586-0.04480.267357.5178119.1564-7.0084
110.0162-0.00570.00330.00680.00690.0116-0.02770.0024-0.269-0.03240.04990.0788-0.02850.069700.25530.0439-0.00420.3165-0.11750.308847.8597117.537-4.7771
120.2407-0.07430.00780.0874-0.07770.1640.06190.1596-0.1972-0.1260.02560.0332-0.0521-0.0310.07970.25140.10190.09430.1417-0.05160.194857.8992120.1377-0.1765
130.08240.00820.02430.04570.02390.0184-0.08380.17180.2398-0.3088-0.11030.0613-0.1426-0.0047-0.0010.30690.0703-0.01970.2603-0.03780.2844.1464126.6905-1.8384
140.03410.0067-0.03280.0260.02660.09060.03020.05020.0353-0.09350.0459-0.0533-0.04120.14230.00640.18560.07050.04980.2073-0.01740.245157.3381129.79093.5921
150.0225-0.0255-0.03750.04980.00960.0475-0.0727-0.0398-0.1841-0.07140.0741-0.06-0.048-0.0328-0.00150.14340.04270.01880.1844-0.02110.214355.6498137.86079.0488
160.00660.0073-0.02550.0104-0.02660.0901-0.0361-0.046-0.09180.00850.0136-0.06320.02580.1119-0.0610.11110.14850.13090.24570.0520.314265.915117.12199.0473
170.0179-0.01160.02620.06070.01090.0841-0.0499-0.0853-0.0373-0.1107-0.0065-0.0094-0.02350.0247-0.01710.09110.08650.03340.13230.02110.18647.4985117.682516.1548
180.01330.0080.00430.01240.01740.02910.1116-0.0295-0.0841-0.06980.10010.05530.25070.013500.26510.0339-0.05790.1425-0.01220.277637.0081113.384515.9527
190.17-0.0344-0.04960.18420.0990.1301-0.0158-0.3423-0.13260.4439-0.0462-0.11520.1610.0769-0.01590.29840.0279-0.08160.30510.06810.197153.4505125.352648.9225
200.21930.09390.0760.37250.04530.5193-0.01-0.1396-0.0620.13290.0021-0.0680.01480.05540.02720.14970.0335-0.02920.18230.01930.145347.6604132.326635.3867
210.08010.0520.00110.05090.02890.03430.01550.2398-0.1272-0.3734-0.04530.16750.1188-0.1541-00.353-0.0145-0.05750.3052-0.0770.285519.6474114.8695-9.0087
220.009-0.00280.01020.0053-0.00390.00880.07790.2488-0.0235-0.0192-0.0633-0.06180.05420.0499-00.2797-0.01070.0120.2834-0.10080.248831.6171115.1637-5.7409
230.1245-0.0150.02360.1236-0.020.07080.08160.2037-0.0695-0.1175-0.0897-0.04380.1290.04160.00050.3179-0.0097-0.05130.2345-0.08750.249420.5119116.7671-3.5727
240.0410.0261-0.00820.03780.02130.0578-0.0343-0.0618-0.0575-0.02960.08830.03570.2212-0.05810.00120.24920.0066-0.02850.1872-0.06620.200526.1884117.27744.2583
250.0743-0.0219-0.08550.00660.02790.09750.00940.1329-0.07070.0398-0.0853-0.05530.075-0.1878-0.00880.1717-0.0703-0.03870.2069-0.01030.221416.2843116.30778.8849
260.02340.03680.03250.0410.02230.0794-0.00270.1261-0.13590.027-0.0928-0.03370.07480.0633-0.00040.18520.0205-0.02790.2604-0.03370.198718.4964119.455116.1104
270.1021-0.0068-0.11590.07070.0150.0967-0.0038-0.0774-0.0421-0.1606-0.03140.0138-0.1198-0.11790.00020.22420.0097-0.0550.1817-0.02960.178119.6728130.0654-2.1286
280.0005-0.00880.00110.0074-0.00410.0080.08190.141-0.0792-0.1505-0.06880.01740.0076-0.010400.29260.0561-0.01760.2064-0.02430.180438.281140.542-1.624
290.07610.1197-0.01830.2499-0.14910.23170.03010.09580.1039-0.12710.1131-0.0516-0.04710.07020.18190.7549-0.06210.28020.3860.07070.445448.064150.5727-9.2943
300.36690.0581-0.03590.05010.00470.28730.02010.00530.42930.04360.04170.2914-0.3625-0.09510.05790.23510.3302-0.0896-0.17350.070.275914.4694160.497717.0184
310.05680.04210.05050.0984-0.00430.0665-0.06450.13180.0597-0.11060.0279-0.0152-0.1524-0.0239-0.00130.20980.0604-0.04250.2432-00.243819.7011148.733410.2757
320.2379-0.1239-0.2320.5675-0.06310.23560.0166-0.0538-0.01530.14750.00750.067-0.0401-0.04350.04290.17370.0639-0.00940.1835-0.02820.151522.9015144.986725.2941
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 4:65 )A4 - 65
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 122:122 )A122
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 169:258 )A169 - 258
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 259:285 )A259 - 285
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 5:86 )B5 - 86
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 198:198 )B198
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 207:259 )B207 - 259
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 260:285 )B260 - 285
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN C AND RESID 4:17 )C4 - 17
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN C AND RESID 18:49 )C18 - 49
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN C AND RESID 50:65 )C50 - 65
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN C AND RESID 66:86 )C66 - 86
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 87:117 )C87 - 117
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 118:159 )C118 - 159
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 160:206 )C160 - 206
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 207:222 )C207 - 222
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN C AND RESID 223:241 )C223 - 241
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN C AND RESID 242:260 )C242 - 260
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN D AND RESID 4:65 )D4 - 65
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN D AND RESID 66:285 )D66 - 285
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN E AND RESID 5:49 )E5 - 49
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN E AND RESID 50:65 )E50 - 65
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN E AND RESID 66:86 )E66 - 86
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN E AND RESID 87:140 )E87 - 140
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN E AND RESID 141:158 )E141 - 158
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN E AND RESID 159:206 )E159 - 206
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN E AND RESID 207:241 )E207 - 241
28X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN E AND RESID 253:253 )E253
29X-RAY DIFFRACTION29( CHAIN E AND RESID 260:285 )E260 - 285
30X-RAY DIFFRACTION30( CHAIN F AND RESID 4:86 )F4 - 86
31X-RAY DIFFRACTION31( CHAIN F AND RESID 87:168 )F87 - 168
32X-RAY DIFFRACTION32( CHAIN F AND RESID 169:285 )F169 - 285

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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