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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ekv | ||||||
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タイトル | Streptavidin 8-aa-loop H127C mutein with reversible biotin binding | ||||||
要素 | Streptavidin | ||||||
キーワード | biotin-binding protein / Beta-barrel / Binding protein / Biotin-binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces avidinii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Barrette-Ng, I.H. / Honetschlaeger, C. / Wong, S.L. / Ng, K.K.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2012 タイトル: Development of a tetrameric streptavidin mutein with reversible biotin binding capability: engineering a mobile loop as an exit door for biotin. 著者: O'Sullivan, V.J. / Barrette-Ng, I. / Hommema, E. / Hermanson, G.T. / Schofield, M. / Wu, S.C. / Honetschlaeger, C. / Ng, K.K. / Wong, S.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ekv.cif.gz | 39.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ekv.ent.gz | 25.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ekv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ekv_validation.pdf.gz | 426 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ekv_full_validation.pdf.gz | 426.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4ekv_validation.xml.gz | 7.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ekv_validation.cif.gz | 9.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/4ekv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/4ekv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1sweS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The homotetramer is generated from the single protomer in the asymmetric unit using the four-fold crystallographic symmetry operators. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16286.493 Da / 分子数: 1 / 変異: H151C / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Synthetic gene 由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) プラスミド: pSSAV / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 株 (発現宿主): WB800 / 参照: UniProt: P22629 |
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#2: 化合物 | ChemComp-BTN / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | the 8-residue loop region was modified from TTEANAWK to DSSNGSDG |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.88 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 50% Tacsimate, 10% glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年12月7日 / 詳細: Osmic multilayer |
放射 | モノクロメーター: Osmic multilayer / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→20 Å / Num. all: 8958 / Num. obs: 8607 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 35.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 28.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 776 / Rsym value: 0.0496 / % possible all: 88 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1SWE 解像度: 2→19.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / WRfactor Rfree: 0.2252 / WRfactor Rwork: 0.1882 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.8437 / SU B: 4.098 / SU ML: 0.114 / SU R Cruickshank DPI: 0.1995 / SU Rfree: 0.1652 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY. THE SF DATA DO NOT HAVE FREE SET MARKER.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 83.47 Å2 / Biso mean: 37.5624 Å2 / Biso min: 21.08 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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