PDB-4eji: Human Cytochrome P450 2A13 in complex with two molecules of 4-(me...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eji

タイトル

Human Cytochrome P450 2A13 in complex with two molecules of 4-(methylnitrosamino)-1-(3-puridyl)-1-butanone

要素

Cytochrome P450 2A13

キーワード

OXIDOREDUCTASE / CYP2A13 / cytochrome P450 2A13 / P450 2A13 / heme protein / monooxygenase / drug metabolism / xenobiotic metabolism / endoplasmic reticulum / membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

coumarin 7-hydroxylase activity / Fatty acids / coumarin metabolic process / CYP2E1 reactions / arachidonate epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / aflatoxin metabolic process / Aflatoxin activation and detoxification / Xenobiotics / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

DeVore, N.M. / Scott, E.E.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Nicotine and 4-(methylnitrosamino)-1-(3-pyridyl)-1-butanone binding and access channel in human cytochrome P450 2A6 and 2A13 enzymes.
著者: DeVore, N.M. / Scott, E.E.

履歴

登録	2012年4月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月2日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4eji.cif.gz	110.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4eji.ent.gz	84.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4eji.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/4eji ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/4eji	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ejgC 4ejhC 4ejjC 2p85S 3t3s S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2p85-1 1z10-4 1z11-4 2fdu-3 2fdw-3 4ejg-3 3t3s-3 2fdv-3 2p85-5 1z10-3 2fdy-1 3t3r-2 4ejh-4 3t3s-1 2fdv-2 1z11-3 4coh-2 3t3q-3 1z11-2 3lc4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome P450 2A13

ヘテロ分子

55.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.807, 122.807, 194.213
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

#1: タンパク質	Cytochrome P450 2A13 / CYPIIA13 分子量: 54804.758 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 31-494 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP2A13 / プラスミド: pKK2A13dH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP3 / 参照: UniProt: Q16696, unspecific monooxygenase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-0QA / 4-[methyl(nitroso)amino]-1-(pyridin-3-yl)butan-1-one / NNK 分子量: 207.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.18 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 7.8 詳細: 4.0 M sodium formate, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.98
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月27日 / 詳細: RH COAT FLAT MIRROR, TOROIDAL FOCUSING MIRROR
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→97.11 Å / Num. obs: 43580 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.7 % / B_iso Wilson estimate: 41.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.101 / R_sym value: 0.104 / Net I/σ(I): 18.3
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 14.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER	MR	位相決定
REFMAC	6.1.13	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2P85

2p85

解像度: 2.1→51.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 4.629 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.155
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.236	2191	5 %	RANDOM
R_work	0.201	-	-	-
obs	0.203	41386	100 %	-
all	-	41386	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→51.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3763	0	73	69	3905

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.329	166	-
R_work	0.284	3008	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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