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- PDB-4ejh: Human Cytochrome P450 2A13 in complex with 4-(methylnitrosamino)-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ejh
タイトルHuman Cytochrome P450 2A13 in complex with 4-(methylnitrosamino)-1-(3-pyridyl)-1-butanone (NNK)
要素Cytochrome P450 2A13
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYP2A13 / cytochrome P450 2A13 / P450 2A13 / heme protein / monooxygenase / drug metabolism / xenobiotic metabolism / endoplasmic reticulum / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


coumarin 7-hydroxylase activity / Fatty acids / coumarin metabolic process / CYP2E1 reactions / arachidonate epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / aflatoxin metabolic process / Aflatoxin activation and detoxification / Xenobiotics / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen ...coumarin 7-hydroxylase activity / Fatty acids / coumarin metabolic process / CYP2E1 reactions / arachidonate epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / aflatoxin metabolic process / Aflatoxin activation and detoxification / Xenobiotics / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / xenobiotic metabolic process / monooxygenase activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2A-like / : / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 ...Cytochrome P450, E-class, group I, CYP2A-like / : / Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0QA / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 2A13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者DeVore, N.M. / Scott, E.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Nicotine and 4-(methylnitrosamino)-1-(3-pyridyl)-1-butanone binding and access channel in human cytochrome P450 2A6 and 2A13 enzymes.
著者: DeVore, N.M. / Scott, E.E.
履歴
登録2012年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 2A13
B: Cytochrome P450 2A13
C: Cytochrome P450 2A13
D: Cytochrome P450 2A13
E: Cytochrome P450 2A13
F: Cytochrome P450 2A13
G: Cytochrome P450 2A13
H: Cytochrome P450 2A13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)444,79824
ポリマ－438,4388
非ポリマー6,35916
水4,702261
1
A: Cytochrome P450 2A13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6283
ポリマ－54,8051
非ポリマー8242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome P450 2A13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6283
ポリマ－54,8051
非ポリマー8242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Cytochrome P450 2A13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6283
ポリマ－54,8051
非ポリマー8242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Cytochrome P450 2A13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6283
ポリマ－54,8051
非ポリマー8242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Cytochrome P450 2A13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6283
ポリマ－54,8051
非ポリマー8242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Cytochrome P450 2A13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6283
ポリマ－54,8051
非ポリマー8242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Cytochrome P450 2A13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5133
ポリマ－54,8051
非ポリマー7092
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Cytochrome P450 2A13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5133
ポリマ－54,8051
非ポリマー7092
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.678, 119.269, 153.665
Angle α, β, γ (deg.)100.59, 101.86, 93.56
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Cytochrome P450 2A13 / CYPIIA13


分子量: 54804.758 Da / 分子数: 8 / 断片: unp residues 31-494 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP2A13 / プラスミド: pKK2A13dH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOPP3 / 参照: UniProt: Q16696, unspecific monooxygenase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-0QA / 4-[methyl(nitroso)amino]-1-(pyridin-3-yl)butan-1-one / NNK


分子量: 207.229 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 3350, 0.175 M Tris, and 0.2 M ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月26日 / 詳細: RH COAT FLAT MIRROR, TOROIDAL FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→83.58 Å / Num. all: 787673 / Num. obs: 198013 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 46.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASERMR位相決定
REFMAC6.1.13精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CYP2A6 WITH COUMARIN (PDB 1Z10) AND CYP2A13 WITH NICOTINE MOLECULE G (PDB 4EJG)

1z10

4ejg


解像度: 2.35→69.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 8.644 / SU ML: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.356 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 9958 5 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.217 187903 97.5 %-
all-187903 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2-0 Å2-0.01 Å2
2---0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→69.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30032 0 446 261 30739
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.694
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 691 -
Rwork0.259 13818 -
obs--96.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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