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万見
- PDB-4ein: Crystal structure of mouse thymidylate synthase in binary complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ein
タイトルCrystal structure of mouse thymidylate synthase in binary complex with a substrate analogue and strong inhibitor, N(4)-hydroxy-2'-deoxycytidine-5'-monophosphate
要素Thymidylate synthase
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / methyltransferase / Binding site / Catalysis / Dimerization / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / uracil metabolic process / response to organophosphorus / intestinal epithelial cell maturation / response to folic acid / thymidylate synthase / response to vitamin A / sequence-specific mRNA binding / cartilage development / tetrahydrofolate interconversion ...Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / uracil metabolic process / response to organophosphorus / intestinal epithelial cell maturation / response to folic acid / thymidylate synthase / response to vitamin A / sequence-specific mRNA binding / cartilage development / tetrahydrofolate interconversion / thymidylate synthase activity / folic acid binding / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / heterocyclic compound binding / developmental growth / response to glucocorticoid / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / response to cytokine / response to progesterone / liver regeneration / response to toxic substance / circadian rhythm / regulation of translation / methylation / response to ethanol / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / mRNA binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NOH / Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 3IHI structure was refined relative to collected diffraction data / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Dowiercial, A. / Jarmula, A. / Rypniewski, W.R. / Wilk, P. / Kierdaszuk, B. / Rode, W.
引用ジャーナル: PTERIDINES / 年: 2013
タイトル: Crystal structures of complexes of mouse thymidylate synthase crystallized with N4-OH-dCMP alone or in the presence of N5,10-methylenetetrahydrofolate
著者: Dowiercial, A. / Jarmula, A. / Rypniewski, W.R. / Wilk, P. / Kierdaszuk, B. / Rode, W.
履歴
登録2012年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate synthase
B: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7415
ポリマ－70,0022
非ポリマー7383
水13,349741
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area22400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.023, 87.956, 68.668
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.44, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-930-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Thymidylate synthase / TS / TSase


分子量: 35001.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tyms / プラスミド: pPIGDM4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TX61- / 参照: UniProt: P07607, thymidylate synthase
#2: 化合物 ChemComp-NOH / 2'-deoxy-N-hydroxycytidine 5'-(dihydrogen phosphate) / 3,4-ジヒドロ-4-デアミノ-4-(ヒドロキシイミノ)-2′-デオキシシチジン5′-りん酸


分子量: 323.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O8P
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 741 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.14 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: MES, PEG 8K, MgAcetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→20.06 Å / Num. obs: 90892 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.75-1.782.10.352197.6
1.78-1.812.10.318197.3
1.81-1.852.10.289197.7
1.85-1.892.10.275197.5
1.89-1.932.20.206197.4
1.93-1.972.20.194197.2
1.97-2.022.20.166197.8
2.02-2.072.20.148197.3
2.07-2.142.20.137197
2.14-2.22.20.12197.1
2.2-2.282.20.106196.9
2.28-2.372.20.101196.8
2.37-2.482.20.093196.2
2.48-2.612.20.087196.9
2.61-2.782.20.081196.1
2.78-2.992.30.076195.5
2.99-3.292.20.07195
3.29-3.762.30.059194.7
3.76-4.732.30.049194.5
4.73-202.30.036192.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 3IHI structure was refined relative to collected diffraction data
開始モデル: PDB entry 3IHI

3ihi


解像度: 1.75→20.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 2.451 / SU ML: 0.079 / SU R Cruickshank DPI: 0.1086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25524 4570 5 %RANDOM
Rwork0.20594 ---
obs0.20846 86322 95.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.361 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20.01 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→20.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4600 0 48 741 5389
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0224847
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023394
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9731.9696561
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00438224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4035582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.13323.502237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.53615842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8721537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2684
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0215383
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021030
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2971.52872
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4011.51170
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.14524639
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.94631975
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3794.51922
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.793 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 290 -
Rwork0.306 5344 -
obs--80.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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