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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4eid | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of cytochrome c6 Q57V mutant from Synechococcus sp. PCC 7002 | |||||||||
要素 | Cytochrome c6 | |||||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / cytochrome c6 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plasma membrane-derived thylakoid lumen / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Synechococcus sp. (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.13 Å | |||||||||
データ登録者 | Krzywda, S. / Bialek, W. / Zatwarnicki, P. / Jaskolski, M. / Szczepaniak, A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Cytochrome c6 and c6C from Synechococcus sp. PCC 7002 - structure and function. 著者: Bialek, W. / Krzywda, S. / Zatwarnicki, P. / Jaskolski, M. / Szczepaniak, A. #1: ジャーナル: Febs J. / 年: 2009 タイトル: Atomic-resolution structure of reduced cyanobacterial cytochrome c6 with an unusual sequence insertion. 著者: Bialek, W. / Krzywda, S. / Jaskolski, M. / Szczepaniak, A. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008 タイトル: Deeply branching c6-like cytochromes of cyanobacteria. 著者: Bialek, W. / Nelson, M. / Tamiola, K. / Kallas, T. / Szczepaniak, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4eid.cif.gz | 57.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4eid.ent.gz | 40.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4eid.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/4eid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/4eid | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9417.434 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 25-117 / 変異: Q57V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechococcus sp. (バクテリア) / 株: ATCC 27264 / PCC 7002 / PR-6 / 解説: co-expression with pEC86 / 遺伝子: petJ, petJ1, SYNPCC7002_A0167 / プラスミド: pUCJ1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a / 参照: UniProt: O30881 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEC / |
#3: 化合物 | ChemComp-MES / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.03 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2.2M Ammonium sulphate, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8166 Å |
検出器 | タイプ: MAR555 FLAT PANEL / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年7月13日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Ge / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8166 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.13→50 Å / Num. all: 28144 / Num. obs: 28144 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 13.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.13→1.2 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4430 / % possible all: 96.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3DR0 解像度: 1.13→43.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.177 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 7.156 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.13→43.26 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.13→1.16 Å / Total num. of bins used: 20
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