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- PDB-4egq: Crystal structure of D-alanine-D-alanine ligase B from Burkholder... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4egq
タイトルCrystal structure of D-alanine-D-alanine ligase B from Burkholderia pseudomallei
要素D-alanine--D-alanine ligase
キーワードLIGASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / flexible protein / ATP-dependent / magnesium dependent / cell wall biogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


D-alanine-D-alanine ligase / D-alanine-D-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
D-alanine--D-alanine ligase/VANA/B/C, conserved site / D-alanine--D-alanine ligase / D-alanine--D-alanine ligase, N-terminal domain / D-ala D-ala ligase N-terminus / D-alanine--D-alanine ligase signature 1. / D-alanine--D-alanine ligase signature 2. / D-alanine--D-alanine ligase, C-terminal / D-ala D-ala ligase C-terminus / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain ...D-alanine--D-alanine ligase/VANA/B/C, conserved site / D-alanine--D-alanine ligase / D-alanine--D-alanine ligase, N-terminal domain / D-ala D-ala ligase N-terminus / D-alanine--D-alanine ligase signature 1. / D-alanine--D-alanine ligase signature 2. / D-alanine--D-alanine ligase, C-terminal / D-ala D-ala ligase C-terminus / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-alanine--D-alanine ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of D-alanine-D-alanine ligase B from Burkholderia pseudomallei
著者: Edwards, T.E. / Fairman, J.W. / Abendroth, J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2012年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-alanine--D-alanine ligase
B: D-alanine--D-alanine ligase
C: D-alanine--D-alanine ligase
D: D-alanine--D-alanine ligase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,7094
ポリマ－134,7094
非ポリマー00
水3,477193
1
A: D-alanine--D-alanine ligase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6771
ポリマ－33,6771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: D-alanine--D-alanine ligase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6771
ポリマ－33,6771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: D-alanine--D-alanine ligase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6771
ポリマ－33,6771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: D-alanine--D-alanine ligase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6771
ポリマ－33,6771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: D-alanine--D-alanine ligase

B: D-alanine--D-alanine ligase

C: D-alanine--D-alanine ligase
D: D-alanine--D-alanine ligase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,7094
ポリマ－134,7094
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_654x+1,y,z-11
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7310 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area46920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.389, 66.092, 98.558
Angle α, β, γ (deg.)84.470, 80.500, 83.590
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
D-alanine--D-alanine ligase / D-Ala-D-Ala ligase / D-alanylalanine synthetase


分子量: 33677.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: BURPS1710b_3542, ddl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3JNE1, D-alanine-D-alanine ligase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.64 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: BupsA.00119.a.A1 PW25270 at 30.8 mg/mL against Wizard Full screen condition D2, 1 M NaK Tartrate, 0.1 M CHES pH 9.5, 0.2 M Li2SO4, crystal tracking ID 203378d2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97946 Å
検出器日付: 2008年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 54908 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Χ2: 1.001 / Net I/σ(I): 9.437
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.2-2.243.10.54627030.986196.6
2.24-2.283.20.51327441.094196.8
2.28-2.323.30.47426851.026197.2
2.32-2.373.40.43927480.951197.5
2.37-2.423.50.40427610.953197.7
2.42-2.483.60.37327310.923197.7
2.48-2.543.70.35127820.976197.9
2.54-2.613.80.31927430.965198
2.61-2.693.90.29827600.993198
2.69-2.773.90.23927171.004198
2.77-2.873.90.20927921.016198.3
2.87-2.993.90.18327561.048198.5
2.99-3.123.90.15627670.988198.5
3.12-3.293.90.13227910.977198.7
3.29-3.493.90.11627741.059198.7
3.49-3.763.90.10427830.988198.9
3.76-4.143.90.08927611.02199
4.14-4.743.80.07927440.984198.2
4.74-5.973.90.07527651.043198.2
5.97-503.80.08426011.025192.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å35.27 Å
Translation3 Å35.27 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4EG0

4eg0


解像度: 2.2→35.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / WRfactor Rfree: 0.262 / WRfactor Rwork: 0.2191 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.836 / SU B: 12.69 / SU ML: 0.157 / SU R Cruickshank DPI: 0.3313 / SU Rfree: 0.2304 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.331 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS NCS RESTRAINTS STATISTICS NCS TYPE: LOCAL NUMBER OF DIFFERENT NCS PAIRS: 6 GROUP CHAIN1 RANGE CHAIN2 RANGE COUNT RMS ...詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS NCS RESTRAINTS STATISTICS NCS TYPE: LOCAL NUMBER OF DIFFERENT NCS PAIRS: 6 GROUP CHAIN1 RANGE CHAIN2 RANGE COUNT RMS WEIGHT 1 A 5 311 B 5 311 8225 0.09 0.05 2 A 4 311 C 4 311 7892 0.13 0.05 3 A 4 311 D 4 311 7741 0.11 0.05 4 B 5 310 C 5 310 8154 0.13 0.05 5 B 5 311 D 5 311 8071 0.12 0.05 6 C 4 311 D 4 311 7824 0.12 0.05
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2503 2772 5.1 %RANDOM
Rwork0.2097 ---
obs0.2118 54818 97.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 99.76 Å2 / Biso mean: 38.9073 Å2 / Biso min: 17.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å2-0.04 Å21.48 Å2
2---0.69 Å20.59 Å2
3---0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→35.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8399 0 0 193 8592
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0198574
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.025518
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4721.97611706
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.411313436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.39551169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.62222.895304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.126151141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4911553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21360
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0219901
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021792
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.261 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 171 -
Rwork0.246 3520 -
all-3691 -
obs--88.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.66520.1367-0.02211.3006-0.05261.1073-0.05080.16420.098-0.26090.0551-0.0830.12490.1394-0.00430.0903-0.0430.01540.13350.0180.0234-1.71795.700375.2454
20.3763-0.033-0.04081.24970.20460.41390.0320.05340.0315-0.2223-0.0615-0.051-0.0114-0.04820.02960.05680.006-0.00910.02820.01420.0487-11.8287-27.631428.2687
30.65490.08120.35660.63480.09010.5921-0.03860.0113-0.04330.00920.0320.00660.13480.03930.00660.0844-0.0156-0.00240.0811-0.01810.062916.9188-9.21143.0765
40.49590.2078-0.0080.7595-0.07440.88410.0313-0.0767-0.01180.0448-0.01960.10160.10410.0648-0.01170.0497-0.02960.00030.0621-0.00320.027822.4922-47.789247.5769
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 311
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 312
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 311
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 311

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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