PDB-4egd: 1.85 Angstrom crystal structure of native hypothetical protein SA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4egd

タイトル

1.85 Angstrom crystal structure of native hypothetical protein SAOUHSC_02783 from Staphylococcus aureus

要素

Uncharacterized protein SAOUHSC_02783

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A - #40 / Csa family / Csa superfamily / Csa1 family / outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A / Clam / Mainly Beta / plasma membrane / Uncharacterized protein SAOUHSC_02783

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Biancucci, M. / Minasov, G. / Halavaty, A. / Filippova, E.V. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. ...

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 1.85 Angstrom crystal structure of native hypothetical protein SAOUHSC_02783 from Staphylococcus aureus
著者: Biancucci, M. / Minasov, G. / Halavaty, A. / Filippova, E.V. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for ...

履歴

登録	2012年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4egd.cif.gz	211.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4egd.ent.gz	171.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4egd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4egd_validation.pdf.gz	445.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4egd_full_validation.pdf.gz	452 KB	表示
XML形式データ	4egd_validation.xml.gz	21.3 KB	表示
CIF形式データ	4egd_validation.cif.gz	31 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/4egd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/4egd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4eg9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2q8o-d 4a9m-1 6uhe-4 3b9i-d 3aqa-4 1zd1-1 6db0-1 4a9e-1 4nb2-d 4a9n-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein SAOUHSC_02783

B: Uncharacterized protein SAOUHSC_02783

ヘテロ分子

61.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein SAOUHSC_02783

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Uncharacterized protein SAOUHSC_02783

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.231, 88.782, 121.622
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Uncharacterized protein SAOUHSC_02783 分子量: 30568.008 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 22-264 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / 遺伝子: SAOUHSC_02783 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q2FVD0
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.02 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 7.3 mg/mL protein in 0.5 M sodium chloride, 0.01 M Tris, pH 8.3, screen: PACT, A3, 0.1 M SPG buffer, pH 6.0, 25% w/v PEG1500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.99984 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月10日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→30 Å / Num. all: 41503 / Num. obs: 41503 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 22.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 24.9
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.579 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 1842 / % possible all: 90.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4EG9

4eg9

解像度: 1.85→29.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 4.159 / SU ML: 0.057
Isotropic thermal model: THERMAL FACTORS INDIVIDUALLY REFINED
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21527	2084	5 %	RANDOM
R_work	0.1677	-	-	-
all	0.17017	39354	-	-
obs	0.17017	39354	99.61 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.515 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.63 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3656	0	2	291	3949

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.028	0.022	3846
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	2735
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.98	1.966	5186
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.966	3	6687
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.343	5	461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.079	25.392	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.647	15	732
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.904	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.135	0.2	528
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	4292
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	764
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.225	1.5	2273
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.857	1.5	910
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.331	2	3709
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.781	3	1573
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.002	4.5	1477
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.9 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.282	151	-
R_work	0.224	2737	-
obs	-	2737	94.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0174	0.1105	-0.0312	2.8324	0.7169	0.9803	0.0106	0.1135	0.134	-0.0684	-0.0477	0.3163	-0.0199	-0.061	0.0371	0.0765	0.0247	-0.0112	0.0296	0.0002	0.0627	22.4822	65.6325	14.6683
2	0.7526	0.0332	-0.4528	4.5052	-4.0934	7.3037	0.0324	0.0396	0.0689	-0.1475	0.0271	0.0529	0.2416	0.0609	-0.0595	0.0273	0.0078	0.007	0.0425	-0.0362	0.0566	33.7173	64.1035	26.0389
3	2.9082	0.9586	0.7287	2.1591	0.6096	1.6428	0.0647	0.12	-0.0744	-0.2471	0.0961	-0.2088	-0.1418	0.1901	-0.1608	0.0911	0.0117	0.0352	0.0415	-0.0186	0.0285	36.6621	63.9941	14.9956
4	3.4394	-0.8665	-0.6551	1.7	0.5729	0.728	-0.0067	0.0442	-0.0707	-0.1857	-0.0331	0.2027	-0.0478	-0.0176	0.0398	0.0747	0.0205	-0.0323	0.0215	-0.0301	0.0659	22.9235	51.8071	10.3918
5	3.6015	-3.6941	-0.5238	7.5835	0.8049	0.7288	-0.17	-0.1807	-0.2401	0.4925	0.1004	0.4713	0.1423	-0.0393	0.0696	0.1082	-0.0024	0.0009	0.0392	-0.0202	0.0704	24.9695	55.0518	18.776
6	1.3267	-0.4804	-0.0237	2.1702	0.4951	0.9027	0.0496	-0.0035	-0.102	0.0257	-0.0308	0.1473	0.0457	-0.1177	-0.0187	0.0045	-0.0058	-0.0036	0.0194	0.0041	0.0171	15.696	59.5722	46.528
7	1.9976	0.9233	-1.3092	3.3231	-1.5009	4.6302	0.0663	-0.0153	-0.0824	0.0931	0.0233	-0.1573	-0.1533	0.0773	-0.0895	0.0143	0.0171	-0.0195	0.0636	-0.0358	0.0665	31.513	58.1576	40.8586
8	1.1364	-0.6226	-0.2365	1.8258	0.2713	1.2534	-0.092	-0.1247	-0.0616	0.1413	0.0639	0.0479	-0.0388	0.0078	0.0281	0.0535	-0.0065	-0.0141	0.0407	-0.0064	0.0393	20.0886	67.4473	49.2148
9	3.708	0.0427	0.7412	2.9875	0.3435	1.6509	-0.1147	0.051	0.1685	0.0221	0.0178	-0.041	-0.0458	-0.0158	0.0969	0.0416	0.0141	0.0032	0.0304	-0.0092	0.0226	18.5642	73.5925	51.2741
10	2.1647	1.0476	0.109	6.3705	1.4124	1.2838	0.0458	0.0814	0.1896	-0.4356	-0.0266	-0.0628	-0.2106	-0.0592	-0.0192	0.0525	0.0231	0.0191	0.0431	0.0141	0.0279	19.45	71.3204	44.1466

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	31 - 105
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	106 - 136
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	137 - 170
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	171 - 238
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	239 - 257
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	30 - 105
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	106 - 142
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	143 - 187
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	188 - 230
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	231 - 256

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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