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- PDB-4eg9: 1.9 Angstrom resolution crystal structure of Se-methionine hypoth... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4eg9 | ||||||
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Title | 1.9 Angstrom resolution crystal structure of Se-methionine hypothetical protein SAOUHSC_02783 from Staphylococcus aureus | ||||||
![]() | Uncharacterized protein SAOUHSC_02783 | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A - #40 / Csa family / Csa superfamily / Csa1 family / outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A / ![]() ![]() ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Biancucci, M. / Minasov, G. / Halavaty, A. / Filippova, E.V. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. ...Biancucci, M. / Minasov, G. / Halavaty, A. / Filippova, E.V. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() Title: 1.9 Angstrom resolution crystal structure of Se-methionine hypothetical protein SAOUHSC_02783 from Staphylococcus aureus Authors: Biancucci, M. / Minasov, G. / Halavaty, A. / Filippova, E.V. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center ...Authors: Biancucci, M. / Minasov, G. / Halavaty, A. / Filippova, E.V. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 112.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 93.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 30896.273 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 22-264 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Strain: NCTC 8325 / Gene: SAOUHSC_02783 / Plasmid: pET15b / Production host: ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-CA / |
#3: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2 Å3/Da / Density % sol: 38.65 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 7.0 mg/mL protein in 0.25 M sodium chloride, 0.01 M Tris, pH 8.3, screen: TRAP, H1, 0.1 M HEPES, pH 7.0, 30% v/v Jeffamine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
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Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 5, 2012 / Details: Beryllium lenses |
Radiation | Monochromator: Diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.9→30 Å / Num. all: 20233 / Num. obs: 19583 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 23.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 16.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.93 Å / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 1485 / % possible all: 80.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Isotropic thermal model: THERMAL FACTORS INDIVIDUALLY REFINED Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.178 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.798 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→28.89 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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