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Yorodumi- PDB-4egd: 1.85 Angstrom crystal structure of native hypothetical protein SA... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4egd | ||||||
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Title | 1.85 Angstrom crystal structure of native hypothetical protein SAOUHSC_02783 from Staphylococcus aureus | ||||||
Components | Uncharacterized protein SAOUHSC_02783 | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A - #40 / Csa family / Csa superfamily / Csa1 family / outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A / Clam / Mainly Beta / plasma membrane / Uncharacterized protein SAOUHSC_02783 Function and homology information | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus subsp. aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Biancucci, M. / Minasov, G. / Halavaty, A. / Filippova, E.V. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. ...Biancucci, M. / Minasov, G. / Halavaty, A. / Filippova, E.V. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: 1.85 Angstrom crystal structure of native hypothetical protein SAOUHSC_02783 from Staphylococcus aureus Authors: Biancucci, M. / Minasov, G. / Halavaty, A. / Filippova, E.V. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center ...Authors: Biancucci, M. / Minasov, G. / Halavaty, A. / Filippova, E.V. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4egd.cif.gz | 211.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4egd.ent.gz | 171.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4egd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4egd_validation.pdf.gz | 445.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4egd_full_validation.pdf.gz | 452 KB | Display | |
Data in XML | 4egd_validation.xml.gz | 21.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4egd_validation.cif.gz | 31 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/4egd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/4egd | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4eg9S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30568.008 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 22-264 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus subsp. aureus (bacteria) Strain: NCTC 8325 / Gene: SAOUHSC_02783 / Plasmid: pET15b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 magic / References: UniProt: Q2FVD0 #2: Chemical | ChemComp-CA / | #3: Chemical | ChemComp-CL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.95 Å3/Da / Density % sol: 37.02 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 7.3 mg/mL protein in 0.5 M sodium chloride, 0.01 M Tris, pH 8.3, screen: PACT, A3, 0.1 M SPG buffer, pH 6.0, 25% w/v PEG1500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 0.99984 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 10, 2011 / Details: Mirrors |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99984 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→30 Å / Num. all: 41503 / Num. obs: 41503 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 22.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 24.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.88 Å / Redundancy: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.579 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 1842 / % possible all: 90.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4EG9 Resolution: 1.85→29.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 4.159 / SU ML: 0.057 Isotropic thermal model: THERMAL FACTORS INDIVIDUALLY REFINED Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.13 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.515 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→29.93 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.85→1.9 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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