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Yorodumi- PDB-4eg7: Trypanosoma brucei methionyl-tRNA synthetase in complex with inhi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4eg7 | ||||||
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Title | Trypanosoma brucei methionyl-tRNA synthetase in complex with inhibitor Chem 1331 | ||||||
Components | Methionyl-tRNA synthetase, putative | ||||||
Keywords | LIGASE/LIGASE INHIBITOR / aminoacyl-tRNA synthetase / aaRS / MetRS / parasite / ligase / protein-inhibitor complex / Rossmann-fold / translation / nucleotide binding / Rossmann Fold / tRNA binding ATP binding / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / ciliary plasm / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Trypanosoma brucei brucei (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.747 Å | ||||||
Authors | Koh, C.Y. / Kim, J.E. / Shibata, S. / Fan, E. / Verlinde, C.L.M.J. / Hol, W.G.J. | ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2012 Title: Distinct States of Methionyl-tRNA Synthetase Indicate Inhibitor Binding by Conformational Selection. Authors: Koh, C.Y. / Kim, J.E. / Shibata, S. / Ranade, R.M. / Yu, M. / Liu, J. / Gillespie, J.R. / Buckner, F.S. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Hol, W.G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4eg7.cif.gz | 444.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4eg7.ent.gz | 362.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4eg7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4eg7_validation.pdf.gz | 783.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4eg7_full_validation.pdf.gz | 794.9 KB | Display | |
Data in XML | 4eg7_validation.xml.gz | 42.2 KB | Display | |
Data in CIF | 4eg7_validation.cif.gz | 59.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/4eg7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/4eg7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4eg1C 4eg3C 4eg4C 4eg5C 4eg6C 4eg8C 4egaC 3u1z C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 61538.684 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: RESIDUES 235-773 / Mutation: K456A, K457R, E458A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trypanosoma brucei brucei (eukaryote) / Strain: 927/4 GUTat10.1 / Gene: Tb10.70.6470 / Plasmid: AVA0421 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q38C91, methionine-tRNA ligase |
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-Non-polymers , 5 types, 336 molecules
#2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-DMS / #4: Chemical | ChemComp-MET / | #5: Chemical | ChemComp-0P4 / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.94 Å3/Da / Density % sol: 68.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 2.0 to 2.3M ammonium sulfate, 0.2M sodium chloride and 0.1M sodium cacodylate pH 6.0 to 6.6, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K PH range: 6.0 to 6.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL11-1 / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 17, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.747→50 Å / Num. obs: 49810 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 6.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 30.99 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3U1Z 3u1z Resolution: 2.747→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 20.807 / SU ML: 0.212 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.469 / ESU R Free: 0.286 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.612 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.747→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.747→2.818 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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