PDB-4efa: Crystal Structure of the Heterotrimeric EGChead Peripheral Stalk ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4efa

タイトル

Crystal Structure of the Heterotrimeric EGChead Peripheral Stalk Complex of the Yeast Vacuolar ATPase - second conformation

要素

V-type proton ATPase subunit C
V-type proton ATPase subunit E
V-type proton ATPase subunit G

キーワード

HYDROLASE / heterotrimer / peripheral stalk / vacuolar ATPase

機能・相同性

機能・相同性情報

Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / endosomal lumen acidification / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar acidification ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8163 Å

データ登録者

Oot, R.A. / Huang, L.S. / Berry, E.A. / Wilkens, S.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of the Yeast Vacuolar ATPase Heterotrimeric EGC(head) Peripheral Stalk Complex.
著者: Oot, R.A. / Huang, L.S. / Berry, E.A. / Wilkens, S.

履歴

登録	2012年3月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月28日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4efa.cif.gz	189 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4efa.ent.gz	151.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4efa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/4efa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/4efa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dl0SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4dl0-2 4dl0-1 4pbx-d 4m4r-2 5h7u-d 5lfu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (16) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (4)

登録構造単位

C: V-type proton ATPase subunit C

G: V-type proton ATPase subunit G

E: V-type proton ATPase subunit E

ヘテロ分子

54.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.537, 93.648, 116.891
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	V-type proton ATPase subunit C / V-ATPase subunit C / V-ATPase 42 kDa subunit / Vacuolar proton pump subunit C 分子量: 14586.475 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 158-277 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: VAT3, VATC, VMA5, YKL080W, YKL410 / プラスミド: pMALc2e / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: P31412, H+-transporting two-sector ATPase
#2: タンパク質	V-type proton ATPase subunit G / V-ATPase subunit G / V-ATPase 13 kDa subunit / Vacuolar proton pump subunit G 分子量: 13218.298 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: VMA10, YHR039BC, YHR039C-A, YHR039C-B / プラスミド: pMALc2e / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: P48836, H+-transporting two-sector ATPase
#3: タンパク質	V-type proton ATPase subunit E / V-ATPase subunit E / V-ATPase 27 kDa subunit / Vacuolar proton pump subunit E 分子量: 26508.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: O6241, VAT5, VMA4, YOR332W / プラスミド: pMALc2e / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: P22203, H+-transporting two-sector ATPase
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.63 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M lithium sulfate, 0.1 M MES, 20% PEG mme 2000, 0.15 M glycine , pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月22日
回折測定	詳細: 1.00 degrees, 15.0 sec, detector distance 380.00 mm / 手法: omega scans
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
Reflection	Av R equivalents: 0.143 / 数: 198487
反射	解像度: 2.8→40 Å / Num. all: 14238 / Num. obs: 14187 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.9 % / R_merge(I) obs: 0.132 / R_sym value: 0.132 / Net I/σ(I): 35.089
反射シェル	解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 14.1 % / R_merge(I) obs: 0 / Mean I/σ(I) obs: 2.306 / R_sym value: 0 / % possible all: 100
Cell measurement	Reflection used: 198487

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.82 Å	38.66 Å
Translation	2.82 Å	38.66 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.5.0	位相決定
PHENIX	dev_1012	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4DL0

4dl0

解像度: 2.8163→38.655 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2767	1418	10 %	random using lattice symmetry
R_work	0.2295	-	-	-
obs	0.2345	14187	99.3 %	-
all	-	14238	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 58.287 Å² / k_sol: 0.327 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 222.28 Å² / B_iso mean: 93.5261 Å² / B_iso min: 22.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.3956 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.4884 Å²	-0 Å²
3-	-	-	4.9071 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8163→38.655 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3385	0	20	24	3429

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3433
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.499	4606
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	535
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	588
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.851	1353

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.8163-2.9169	0.3715	135	0.3358	1209	1344	97
2.9169-3.0337	0.3434	142	0.2997	1280	1422	100
3.0337-3.1717	0.3592	138	0.2942	1240	1378	100
3.1717-3.3388	0.3397	141	0.2755	1276	1417	100
3.3388-3.5479	0.2964	140	0.2665	1257	1397	100
3.5479-3.8216	0.2799	139	0.2341	1255	1394	99
3.8216-4.2057	0.2897	140	0.2223	1273	1413	99
4.2057-4.8133	0.2367	144	0.1829	1293	1437	100
4.8133-6.0605	0.2527	146	0.2168	1312	1458	100
6.0605-38.6587	0.2473	153	0.206	1374	1527	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6385	-0.0814	0.1737	6.273	2.9575	2.2264	0.0731	0.0776	0.8719	-0.5809	0.4371	-0.3993	-0.5403	0.7007	-0.5151	0.3554	-0.1373	0.0647	0.8351	-0.2151	0.5409	-107.073	112.0629	156.929
2	4.1943	-1.3203	-2.1885	5.6774	0.7618	2.3424	0.4795	0.2443	-0.1795	-0.4895	-0.2378	-0.3886	0.0522	0.4799	-0.2159	0.4371	0.0171	0.0006	0.6996	-0.1608	0.3726	-94.3856	93.1442	158.5256
3	3.5113	-0.6646	-2.3911	3.7836	2.2417	9.5146	0.3839	-0.1022	0.0981	0.2713	0.5024	-0.1802	-0.1287	0.3088	0.6211	0.48	-0.1973	0.0825	0.2648	-0.0602	0.2761	-97.0799	103.9559	161.5372
4	7.7832	-1.1011	-2.2876	9.1847	2.3443	7.3755	0.0717	-0.1257	-0.56	0.2541	0.2879	-0.5989	0.34	0.4446	-0.2439	0.2122	-0.0206	-0.0717	0.4095	-0.0433	0.2632	-97.3643	88.4772	162.8563
5	7.5533	0.4285	-1.7282	7.4716	-2.3388	2.0001	0.1042	1.5409	-0.4933	-0.9538	0.1075	0.8413	0.9183	-0.428	-0.6601	0.5827	-0.1489	-0.4127	1.15	-0.0937	0.8406	-103.4058	90.2892	151.7954
6	1.0615	0.022	0.2709	5.2892	6.603	8.24	0.1349	-0.1573	-0.1098	-0.8182	0.2542	-0.7028	-0.3325	0.5039	-0.234	0.4539	-0.0241	0.0369	0.7731	-0.2115	0.5782	-84.1601	58.69	131.2477
7	0.1105	0.0637	-0.0657	0.5885	-1.067	1.9453	-0.0095	0.217	0.0675	0.5201	0.8007	-0.6018	0.8498	1.5896	-0.8549	0.7908	0.3043	-0.3607	0.998	-0.2211	1.0301	-83.2142	-17.0127	100.5418
8	0.5045	0.0336	-0.0457	4.6746	3.6814	2.8341	0.1862	0.1253	-0.2027	1.5945	0.2772	-0.3842	1.2303	0.2963	-0.4395	0.9287	0.1679	-0.2771	0.8053	-0.1941	0.5954	-87.1315	36.4746	125.9122
9	2.1327	1.3832	-0.0134	1.2121	-0.8981	3.462	0.0404	0.7469	-0.3634	-0.2145	0.5276	-0.5372	0.7745	0.4626	-0.5575	0.94	0.3108	-0.1676	0.7459	-0.2184	0.7934	-96.1882	-28.5888	75.1828

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 158:172 )	C
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 173:222 )	C
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 223:230 )	C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 231:258 )	C
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 259:263 )	C
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'G' and (resid 2:60 )	G
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'G' and (resid 61:105 )	G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'E' and (resid 2:111 )	E
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'E' and (resid 112:226 )	E

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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