PDB-4ee9: Crystal structure of the RBcel1 endo-1,4-glucanase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ee9

タイトル

Crystal structure of the RBcel1 endo-1,4-glucanase

要素

Endoglucanase

セルラーゼ

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / GLYCOSYL HYDROLASE FAMILY 5 /

CELLULASE (セルラーゼ) /

TIM BARREL (TIMバレル) / BETA-1 / 4-ENDOGLUCANASE

機能・相同性

機能・相同性情報

: /

セルラーゼ /

cellulase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.381 Å

データ登録者

Delsaute, M. / Berlemont, R. / Van Elder, D. / Galleni, M. / Bauvois, C.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Three-dimensional structure of RBcel1, a metagenome-derived psychrotolerant family GH5 endoglucanase.
著者: Delsaute, M. / Berlemont, R. / Dehareng, D. / Van Elder, D. / Galleni, M. / Bauvois, C.

履歴

登録	2012年3月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月14日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ee9.cif.gz	163.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ee9.ent.gz	136.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ee9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/4ee9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/4ee9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4m24-d 5ljf-1 6id6-d 1q13-1 2p3x-d 3nco-2 4aeo-2 4d4b-1 1ece-2 4lx4-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Endoglucanase

ヘテロ分子

36.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.200, 63.090, 98.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Endoglucanase / セルラーゼ分子量: 36382.051 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 31-351 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: C1JI15, セルラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 557 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.05 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 17% PEG 600, 0.1M Tris-HCl pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9797 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.38→30.05 Å / Num. all: 67174 / Num. obs: 67782 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.5 % / B_iso Wilson estimate: 11.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 20.5
反射シェル	解像度: 1.38→1.46 Å / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 9218 / % possible all: 94.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER	(phenix.automr_1.6.4-486)	位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.381→30.05 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.12 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1765	5362	8 %	INHERITED
R_work	0.154	-	-	-
obs	0.156	67049	99.01 %	-
all	-	67062	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 62.101 Å² / k_sol: 0.376 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.112 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-7.666 Å²	-0 Å²
3-	-	-	8.778 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.381→30.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2547	0	24	557	3128

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2774
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.35	3791
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.105	1063
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.108	384
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	495

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.381-1.3968	0.3034	85	0.225	1730	X-RAY DIFFRACTION	82
1.3968-1.4132	0.2482	108	0.1947	2091	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4132-1.4304	0.2359	103	0.1861	2080	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4304-1.4485	0.2351	123	0.1775	2079	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4485-1.4676	0.2021	141	0.1666	2087	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4676-1.4877	0.2289	135	0.1625	2073	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4877-1.5089	0.2061	135	0.1428	2051	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5089-1.5315	0.1973	143	0.1322	2089	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5315-1.5554	0.2196	151	0.1363	2047	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5554-1.5809	0.1723	156	0.1412	2107	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5809-1.6081	0.1862	163	0.1437	2042	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6081-1.6374	0.1755	153	0.1366	2087	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6374-1.6689	0.1853	184	0.13	2056	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6689-1.7029	0.1871	159	0.1387	2068	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7029-1.74	0.1644	168	0.1357	2080	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.7804	0.1678	189	0.1437	2044	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7804-1.825	0.159	210	0.1441	2016	X-RAY DIFFRACTION	100
1.825-1.8743	0.1599	198	0.1432	2065	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8743-1.9294	0.1766	196	0.1465	2062	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9294-1.9917	0.1775	202	0.1468	2042	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9917-2.0629	0.185	211	0.1458	2034	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0629-2.1454	0.1481	221	0.1412	2037	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1454-2.2431	0.1607	244	0.1419	2017	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2431-2.3613	0.1705	182	0.1406	2089	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3613-2.5091	0.1678	223	0.1463	2055	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5091-2.7028	0.1875	216	0.1573	2050	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7028-2.9745	0.1809	229	0.1594	2074	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9745-3.4044	0.1692	220	0.1551	2095	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4044-4.2873	0.1528	247	0.1521	2090	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2873-30.061	0.1977	267	0.1863	2150	X-RAY DIFFRACTION	98

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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