PDB-4edm: Crystal structure of beta-parvin CH2 domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4edm

タイトル

Crystal structure of beta-parvin CH2 domain

要素

Beta-parvin

キーワード

SIGNALING PROTEIN / calponin homology domain / protein-protein interaction / LD motif / integrin signaling / focal adhesion / Adaptor protein / Paxillin / Integrin linked kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

establishment or maintenance of cell polarity regulating cell shape / Regulation of cytoskeletal remodeling and cell spreading by IPP complex components / Cell-extracellular matrix interactions / cell projection assembly / lamellipodium assembly / establishment or maintenance of cell polarity / substrate adhesion-dependent cell spreading / Z disc / actin cytoskeleton / lamellipodium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Stiegler, A.L. / Draheim, K.M. / Li, X. / Chayen, N.E. / Calderwood, D.A. / Boggon, T.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for paxillin binding and focal adhesion targeting of beta-parvin.
著者: Stiegler, A.L. / Draheim, K.M. / Li, X. / Chayen, N.E. / Calderwood, D.A. / Boggon, T.J.

履歴

登録	2012年3月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年9月26日	Group: Database references
改定 1.2	2013年6月19日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4edm.cif.gz	120.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4edm.ent.gz	97.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4edm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4edm_validation.pdf.gz	448.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4edm_full_validation.pdf.gz	450.1 KB	表示
XML形式データ	4edm_validation.xml.gz	13.3 KB	表示
CIF形式データ	4edm_validation.cif.gz	17.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/4edm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/4edm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4edlC 4ednC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6xcg-2 6xcg-3 6syc-2 6pir-3 3gm5-d 1ijx-3 3f0q-d 6tuh-2 6yyk-2 6j56-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-parvin

B: Beta-parvin

ヘテロ分子

31.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-parvin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-parvin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.360, 67.438, 105.712
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-parvin / Affixin 分子量: 15371.638 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal calponin homology domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARVB, CGI-56 / プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HBI1
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.02 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 詳細: 12% PEG 550 MME, 0.1M Tris, pH 7.5, Microbatch, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1.0781 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月2日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0781 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 23924 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.8 % / B_iso Wilson estimate: 40.1 Å² / R_sym value: 0.082 / Net I/σ(I): 25.891
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.905 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
Blu-Ice	/ DCS	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 11.627 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2534	1228	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2122	-	-	-
all	0.2142	23924	-	-
obs	0.2142	23924	97.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 129.56 Å² / B_iso mean: 58.1985 Å² / B_iso min: 25.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.44 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2112	0	28	116	2256

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.02	2189
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.439	1.986	2949
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.262	5	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.321	24.712	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.535	15	394
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.293	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	335
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	1618

LS精密化シェル

解像度: 2→2.054 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.311	71	-
R_work	0.344	1420	-
all	-	1491	-
obs	-	1491	89.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2801	-4.5769	-7.4936	18.2791	10.1403	27.4985	0.1084	-0.5645	0.5393	-0.042	1.1328	-1.5705	-0.5638	1.8325	-1.2412	0.347	-0.1971	-0.0963	0.5609	-0.0822	0.4985	28.75	37.758	3.959
2	1.7093	-0.3753	0.836	7.0994	0.8162	4.1332	-0.0802	0.1203	-0.0156	0.2983	0.0901	-0.2173	0.0126	0.2197	-0.0099	0.02	-0.0092	0.0185	0.1837	-0.0473	0.1483	26.045	22.63	20.073
3	6.974	-4.8746	1.8461	5.0715	-4.6289	10.3709	-0.309	-0.0683	-1.3474	0.7395	0.1448	1.4246	-0.2617	-1.0546	0.1642	0.5076	-0.2125	0.5741	0.4769	-0.364	1.1176	12.383	21.909	26.433
4	3.1653	-0.2457	2.6931	4.3283	1.4452	12.5464	-0.2965	-0.2024	0.263	0.5874	0.0347	0.5285	-0.8933	-0.2004	0.2619	0.1825	0.0259	0.0398	0.1544	-0.0798	0.2397	19.613	28.582	23.237
5	13.717	-3.8337	-5.1946	4.788	1.5028	15.0274	-0.2095	-0.4026	0.0419	0.5164	0.124	0.6012	-0.6029	-1.2796	0.0856	0.6533	0.072	-0.0806	0.4548	-0.097	0.4759	8.79	39.008	20.744
6	2.8862	0.0442	3.1803	6.6045	3.4532	6.0247	-0.2625	-0.089	0.0643	-0.2908	-0.0916	0.5391	-0.8439	-0.1114	0.3541	0.2878	-0.0456	-0.1098	0.2116	-0.0199	0.2761	11.887	29.357	-6.655
7	4.0406	1.7325	2.145	8.4044	2.5209	9.6735	-0.1024	0.2455	-0.398	-0.5735	0.1469	-0.3704	-0.0626	0.7771	-0.0445	0.0793	-0.0077	0.0193	0.4042	-0.0605	0.3013	21.974	20.625	-13.325
8	4.1444	0.2523	0.7523	2.8515	2.4709	7.8497	-0.0928	-0.0144	0.0825	-0.3031	-0.0667	-0.0488	-0.7718	0.6078	0.1594	0.189	-0.1041	-0.0999	0.28	-0.001	0.1778	20.475	30.883	-4.304

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	238 - 250
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	251 - 326
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	327 - 337
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	338 - 364
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	235 - 252
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	253 - 295
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	296 - 339
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	340 - 364

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関連情報:EMDBヘッダ

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