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- PDB-4eaq: Crystal structure of Thymidylate Kinase from Staphylococcus aureu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eaq
タイトルCrystal structure of Thymidylate Kinase from Staphylococcus aureus in complex with 3'-Azido-3'-Deoxythymidine-5'-Monophosphate
要素Thymidylate kinase
キーワードtransferase/transferase inhibitor / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / MTBI / THYMIDYLATE KINASE / TRANSFERASE / transferase-transferase inhibitor complex / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors
機能・相同性
機能・相同性情報


dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thymidylate kinase, conserved site / Thymidylate kinase signature. / Thymidylate kinase / Thymidylate kinase-like domain / Thymidylate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-AZIDO-3'-DEOXYTHYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Thymidylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Rubin, E. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. ...Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Rubin, E. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors (MTBI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Thymidylate Kinase from Staphylococcus aureus in complex with 3'-Azido-3'-Deoxythymidine-5'-Monophosphate
著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F.
履歴
登録2012年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月10日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate kinase
B: Thymidylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0914
ポリマ－52,3972
非ポリマー6942
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area18620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.207, 62.704, 73.806
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Thymidylate kinase / dTMP kinase


分子量: 26198.518 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / 遺伝子: tmk, SAV0482 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: P65248, dTMP kinase
#2: 化合物 ChemComp-ATM / 3'-AZIDO-3'-DEOXYTHYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / 3′-アジド-3′-デオキシ-5′-チミジル酸ジアニオン


タイプ: DNA linking / 分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris, 25% PEG3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月16日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. all: 37093 / Num. obs: 37093 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 42.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / Num. unique all: 1754 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4DWJ

4dwj


解像度: 1.85→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 7.06 / SU ML: 0.101 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22937 1848 5 %RANDOM
Rwork0.18066 ---
obs0.18304 35229 99.42 %-
all-35229 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.497 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.53 Å20 Å2-0.87 Å2
2--4.31 Å20 Å2
3----2.01 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3196 0 46 143 3385
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193308
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022256
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7721.9874469
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03635502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.8015397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.52424.451164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.83615602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2051525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2502
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023635
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02650
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.851→1.899 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 119 -
Rwork0.29 2389 -
obs--94.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.9628-0.0541-0.43361.042-0.70542.5910.01610.54150.2207-0.0218-0.07730.1773-0.0331-0.04380.06120.1329-0.0268-0.01630.0582-0.02170.2094-10.43170.028228.3219
22.7732-0.40381.3820.8803-0.34453.6872-0.2003-0.06880.08550.1003-0.00570.0747-0.24720.08020.2060.1803-0.00580.00750.0070.0010.2244-1.99522.047942.43
33.1273-0.38020.08851.12960.29661.9436-0.07360.39120.03820.01220.0127-0.03070.08220.27370.06080.1497-0.0086-0.00160.08620.01850.18435.6015-6.215131.8941
44.0723-0.7106-0.42831.6650.30141.4212-0.01170.718-0.2039-0.1449-0.08680.17790.1802-0.16360.09850.1796-0.0457-0.03210.1902-0.04140.1903-6.6961-9.118623.171
57.5493-1.3997-2.69093.20211.38079.8213-0.1241-0.67880.50330.36080.223-0.499-0.18381.5064-0.09890.16340.0318-0.08990.58150.0330.1219.5316-3.584874.5958
62.4304-0.13152.36561.1726-0.65546.9204-0.182-0.29590.12740.07340.0161-0.0769-0.04850.4450.16590.11890.00590.0060.18870.00450.080610.0712-4.527460.3884
72.9308-0.368-2.71065.01861.28725.79180.0725-0.12660.10220.1639-0.0290.11970.2909-0.8096-0.04350.1511-0.00740.01210.50.08370.0699-1.7924-5.397676.6018
83.5843-0.7278-0.56213.06070.9256.7547-0.0905-0.5694-0.09950.18210.1243-0.13180.85861.0199-0.03380.35510.2642-0.00630.51010.10060.06416.8728-12.317179.0347
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-4 - 27
2X-RAY DIFFRACTION2A28 - 83
3X-RAY DIFFRACTION3A84 - 168
4X-RAY DIFFRACTION4A169 - 204
5X-RAY DIFFRACTION5B2 - 33
6X-RAY DIFFRACTION6B34 - 131
7X-RAY DIFFRACTION7B132 - 173
8X-RAY DIFFRACTION8B174 - 204

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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