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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4eag | ||||||
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Title | Co-crystal structure of an chimeric AMPK core with ATP | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSFERASE / AMPK | ||||||
Function / homology | ![]() regulation of digestive system process / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Carnitine metabolism / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / TP53 Regulates Metabolic Genes / G-protein-coupled receptor kinase / behavioral response to starvation / Macroautophagy / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK ...regulation of digestive system process / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Carnitine metabolism / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / TP53 Regulates Metabolic Genes / G-protein-coupled receptor kinase / behavioral response to starvation / Macroautophagy / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / basolateral part of cell / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Macroautophagy / TP53 Regulates Metabolic Genes / nail development / G protein-coupled receptor kinase activity / Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Protein-serine/threonine kinases / sequestering of triglyceride / import into nucleus / nucleotide-activated protein kinase complex / negative regulation of cell size / protein kinase regulator activity / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / positive regulation of axon guidance / dendrite morphogenesis / positive regulation of lipophagy / AMP-activated protein kinase activity / AMP binding / cellular response to nutrient levels / negative regulation of TORC1 signaling / cellular response to starvation / regulation of cell growth / lipid metabolic process / ADP binding / fatty acid biosynthetic process / positive regulation of cold-induced thermogenesis / mitotic cell cycle / protein kinase activity / intracellular signal transduction / endosome / protein phosphorylation / protein serine/threonine kinase activity / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / signal transduction / protein-containing complex / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, L. / Wang, J. / Zhang, Y.-Y. / Yan, S.F. / Neumann, D. / Schlattner, U. / Wang, Z.-X. / Wu, J.-W. | ||||||
![]() | ![]() Title: AMP-activated protein kinase undergoes nucleotide-dependent conformational changes Authors: Chen, L. / Wang, J. / Zhang, Y.-Y. / Yan, S.F. / Neumann, D. / Schlattner, U. / Wang, Z.-X. / Wu, J.-W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 148.7 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 22.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 30.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4eaiC ![]() 4eajC ![]() 4eakC ![]() 4ealC ![]() 2v8qS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 14897.316 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 458-582 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: O18645, Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Protein-serine/threonine kinases, G-protein-coupled receptor kinase |
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-5'-AMP-activated protein kinase subunit ... , 2 types, 2 molecules BC
#2: Protein | Mass: 9794.592 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 187-270 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#3: Protein | Mass: 37434.094 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-Non-polymers , 3 types, 84 molecules ![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/TAM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/TAM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-TAM / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.62 Å3/Da / Density % sol: 65.99 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.02 Details: MES, 12% Methanol, 2% 1,4-butanodiol, pH 6.02 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Sep 14, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99583 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→30 Å / Num. all: 25106 / Num. obs: 19457 / % possible obs: 77.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 33.36 Å2 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.75 Å / % possible all: 15.1 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2V8Q Resolution: 2.701→29.861 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7914 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.29 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.859 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 165.73 Å2 / Biso mean: 44.3536 Å2 / Biso min: 0 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.701→29.861 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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