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万見
- PDB-4e83: Crystal structure of human alpha-defensin 5, HD5 (Leu29NLe mutant) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4.0E+83
タイトルCrystal structure of human alpha-defensin 5, HD5 (Leu29NLe mutant)
要素Defensin-5
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / beta-sheet structure / antimicrobial peptide / Leu29Nle mutant / Paneth cells
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of membrane permeability / disruption of plasma membrane integrity in another organism / Defensins / killing by host of symbiont cells / Alpha-defensins / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / defense response to fungus / transport vesicle / secretory granule / innate immune response in mucosa ...positive regulation of membrane permeability / disruption of plasma membrane integrity in another organism / Defensins / killing by host of symbiont cells / Alpha-defensins / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / defense response to fungus / transport vesicle / secretory granule / innate immune response in mucosa / positive regulation of interleukin-8 production / Golgi lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / cellular response to lipopolysaccharide / midbody / secretory granule lumen / defense response to Gram-negative bacterium / protein homotetramerization / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / intracellular membrane-bounded organelle / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Mammalian defensins signature. / Alpha-defensin, C-terminal / Mammalian defensin / Alpha-defensin propeptide / Alpha-defensin / Defensin propeptide / Defensin propeptide / Beta/alpha-defensin, C-terminal / Defensin/corticostatin family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Pazgier, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Functional determinants of human enteric {alpha}-defensin HD5: crucial role for hydrophobicity at dimer interface.
著者: Rajabi, M. / Ericksen, B. / Wu, X. / de Leeuw, E. / Zhao, L. / Pazgier, M. / Lu, W.
履歴
登録2012年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Defensin-5
B: Defensin-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2243
ポリマ－7,1882
非ポリマー351
水43224
1
A: Defensin-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,5941
ポリマ－3,5941
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Defensin-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6302
ポリマ－3,5941
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area850 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area4580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.229, 60.772, 20.392
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-101-

CL

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 32 / Label seq-ID: 1 - 32

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Defensin-5 / alpha-defensin 5 / HD5 / Defensin / alpha 5


分子量: 3594.228 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 63-94 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q01523
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.0 M HEPES sodium, pH 7.5, 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 30% 2-propanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→50 Å / Num. all: 8069 / Num. obs: 4623 / % possible obs: 57 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 1.81→1.84 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Rsym value: 0.362 / % possible all: 66.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZMP

1zmp


解像度: 1.9→32.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.897 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2429 193 4.6 %RANDOM
Rwork0.1988 ---
obs0.201 4153 99.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 96.34 Å2 / Biso mean: 51.818 Å2 / Biso min: 24.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.63 Å20 Å20 Å2
2--3.32 Å20 Å2
3----0.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数490 0 1 24 515
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.019498
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9971.993666
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.149562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg12.1291620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.9641586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2781512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02364
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRms dev position (Å)Weight position
11A33X-RAY DIFFRACTION0.180.05
12B33X-RAY DIFFRACTION0.180.05
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.442 8 -
Rwork0.293 241 -
all-249 -
obs--94.68 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.634 Å / Origin y: 11.456 Å / Origin z: -0.214 Å
111213212223313233
T0.1793 Å20.0052 Å2-0.0035 Å2-0.0516 Å20.0137 Å2--0.1419 Å2
L2.6367 °21.3728 °20.7366 °2-1.9981 °20.9561 °2--1.4065 °2
S-0.0111 Å °0.0275 Å °0.1473 Å °-0.0134 Å °-0.0398 Å °0.1362 Å °0.0379 Å °0.0943 Å °0.0509 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 32
2X-RAY DIFFRACTION1A101 - 109
3X-RAY DIFFRACTION1B1 - 32
4X-RAY DIFFRACTION1B101
5X-RAY DIFFRACTION1B201 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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