PDB-4e81: Crystal structure of the substrate binding domain of E.coli DnaK ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4.0E+81

タイトル

Crystal structure of the substrate binding domain of E.coli DnaK in complex with a short apidaecin peptide

要素

Chaperone protein DnaK
apidaecin peptide fragment

キーワード

CHAPERONE

機能・相同性

機能・相同性情報

stress response to copper ion / sigma factor antagonist activity / chaperone cofactor-dependent protein refolding / protein unfolding / cellular response to unfolded protein / protein folding chaperone / inclusion body / heat shock protein binding / ATP-dependent protein folding chaperone / ADP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Apis mellifera (セイヨウミツバチ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Zahn, M. / Straeter, N.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Api88 is a novel antibacterial designer Peptide to treat systemic infections with multidrug-resistant gram-negative pathogens.
著者: Czihal, P. / Knappe, D. / Fritsche, S. / Zahn, M. / Berthold, N. / Piantavigna, S. / Muller, U. / Van Dorpe, S. / Herth, N. / Binas, A. / Kohler, G. / De Spiegeleer, B. / Martin, L.L. / ...

履歴

登録	2012年3月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年8月1日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4e81.cif.gz	183.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4e81.ent.gz	148.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4e81.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4e81_validation.pdf.gz	456.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4e81_full_validation.pdf.gz	458.6 KB	表示
XML形式データ	4e81_validation.xml.gz	20.2 KB	表示
CIF形式データ	4e81_validation.cif.gz	28.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/4e81 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/4e81	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1dkx 1dky 1dkz 3dpo 3dpp 3dpq 3qnj
類似構造データ	4ezs-d 4jwc-2 4hyb-2 3dpo-3 4hy9-2 3qnj-1 4jwd-2 3dpq-1 3dpp-1 7jm8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (11)

登録構造単位

A: Chaperone protein DnaK

B: Chaperone protein DnaK

C: apidaecin peptide fragment

D: apidaecin peptide fragment

ヘテロ分子

50.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chaperone protein DnaK

C: apidaecin peptide fragment

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Chaperone protein DnaK

D: apidaecin peptide fragment

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.777, 60.202, 67.453
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Chaperone protein DnaK / HSP70 / Heat shock 70 kDa protein / Heat shock protein 70 分子量: 23820.777 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 389-607 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0014, dnaK, groP, grpF, JW0013, seg / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P0A6Y8
#2: タンパク質・ペプチド	apidaecin peptide fragment 分子量: 1210.427 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成詳細: The sequence is derived from the antimicrobial peptide apidaecin (honeybee) 由来: (合成) Apis mellifera (セイヨウミツバチ) / 参照: UniProt: Q06602*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.1 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 2.7 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→24.34 Å / Num. all: 47233 / Num. obs: 47233 / % possible obs: 99.8 %
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 6759 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.6.0116	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→24.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 7.005 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25942	2385	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20811	-	-	-
obs	0.21072	44719	99.56 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.513 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.93 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→24.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3425	0	15	224	3664

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	3498
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.116	1.983	4715
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.587	5	445
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.68	26.329	158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.48	15	664
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.097	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.144	0.2	557
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	2554
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.362	156	-
R_work	0.284	2968	-
obs	-	-	97.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7942	-0.6303	-1.958	0.123	0.51	2.6616	-0.0986	0.2315	-0.2664	0.0257	-0.0062	0.0594	0.1098	-0.0011	0.1048	0.1129	-0.032	0.0759	0.0483	0.0133	0.1518	7.6772	14.7642	13.8551
2	4.4034	-1.9928	0.3772	2.407	1.2276	1.4697	-0.248	-0.0675	0.032	0.1549	0.3249	0.0074	0.1079	0.2982	-0.0769	0.1673	0.0274	-0.001	0.1265	-0.0002	0.1057	20.6038	17.9179	16.7373
3	1.7634	-1.6968	-0.1659	1.7521	0.657	2.3363	-0.0359	0.2039	-0.0802	0.0496	-0.0822	0.1018	0.143	0.2368	0.1181	0.0941	-0.0616	0.0201	0.268	0.0153	0.0191	16.9782	16.091	4.8607
4	4.1743	-1.5038	1.0349	2.7517	-0.3983	1.4531	-0.113	0.0445	0.3425	0.0878	0.1903	0.0704	-0.0665	0.3274	-0.0773	0.0409	-0.023	-0.0015	0.1214	-0.02	0.0665	21.7587	23.4768	14.215
5	4.9023	-0.1716	0.9348	3.0171	1.0147	3.1103	-0.3934	0.0371	0.6745	-0.0541	0.2007	-0.1216	-0.3924	0.0566	0.1927	0.1344	-0.032	-0.0188	0.1534	0.0201	0.1412	18.1555	27.3249	12.2031
6	6.272	-5.1175	-1.9947	15.2058	4.129	1.4848	0.1311	0.6996	-0.5066	-0.107	-0.4406	0.9465	0.1249	-0.4119	0.3095	0.1021	-0.1112	-0.0075	0.2812	-0.0782	0.2055	-0.824	11.316	2.4692
7	21.1729	-0.4089	4.3802	2.0876	-0.28	1.2055	0.0802	-0.2393	-0.4265	0.043	-0.0641	0.2571	0.2521	-0.0077	-0.0161	0.2163	0.0017	0.0883	0.1322	-0.0309	0.0826	20.7068	1.0123	6.1735
8	10.6488	-6.0004	1.3499	6.6984	1.5484	4.0983	-0.0187	0.0744	1.3048	0.0963	-0.0529	-0.5617	-0.1042	0.615	0.0716	0.1928	0.0119	0.0559	0.3362	0.0598	0.2556	48.5697	4.6138	8.7759
9	18.7564	-0.8731	3.0069	1.415	0.466	0.7815	-0.1284	0.6825	0.2348	-0.0316	0.0907	-0.0879	0.0429	0.163	0.0377	0.2186	0.0605	0.0705	0.3253	-0.0193	0.0369	42.2715	-1.91	0.8892
10	5.8486	1.5938	1.3341	1.9249	-0.2298	2.4669	0.1923	-0.0511	-0.5744	0.0965	-0.0186	0.0256	0.0746	0.1796	-0.1737	0.2622	0.0557	0.0318	0.2354	-0.0374	0.101	38.9785	-5.0829	8.505
11	8.9577	7.4079	7.9356	6.6884	6.8461	7.2101	0.0116	0.0882	-0.0632	0.2378	-0.0174	-0.1351	0.0974	-0.0081	0.0058	0.1909	-0.0431	-0.0676	0.1709	-0.0248	0.2594	4.2831	-17.543	14.8449
12	2.107	1.1616	-0.7702	2.2224	0.6336	1.047	-0.0869	0.1762	0.2707	-0.1115	0.0497	0.3669	0.0402	-0.1227	0.0372	0.0944	-0.0116	-0.0802	0.0381	0.0104	0.1354	17.3795	-8.7704	18.597
13	3.7122	1.0377	1.8649	3.3437	0.1484	3.4933	-0.1559	-0.2119	-0.0323	-0.0802	0.0684	0.0527	-0.1641	0.0793	0.0874	0.0605	0.006	0.0042	0.0657	-0.0002	0.0141	33.2123	-5.0777	19.9238
14	3.3714	1.078	-0.5626	1.5018	-0.1821	0.8551	-0.0182	-0.185	0.2955	-0.1175	0.0348	0.2936	0.1136	0.0361	-0.0165	0.0615	0.012	-0.0626	0.029	-0.0245	0.1277	20.5201	-8.307	27.376
15	1.6994	1.3146	-0.7561	2.77	-0.3742	0.6392	-0.1247	0.0856	-0.1695	-0.3227	0.1068	-0.0115	0.093	0.0985	0.0178	0.15	0.0137	-0.0209	0.0685	-0.039	0.0442	29.4036	-12.4876	17.8465
16	7.0536	1.0138	-0.7486	1.7085	0.004	1.0839	-0.1784	-0.0413	0.0522	-0.0943	0.0851	0.2413	0.1998	-0.0307	0.0933	0.1085	0.0037	-0.0521	0.0104	-0.0023	0.0889	18.3005	-14.3088	24.2861
17	11.5932	8.5126	-2.6141	7.07	-1.6338	2.6996	-0.0059	0.3211	0.4812	-0.2118	0.28	0.8368	-0.1655	0.0143	-0.2741	0.0867	-0.0224	-0.0723	0.0798	-0.051	0.4683	16.8245	7.7474	25.1911
18	6.2332	4.0029	2.5469	5.1934	0.7518	3.2071	0.2234	0.2854	-0.6051	0.0577	-0.2393	-0.4941	0.242	0.325	0.0159	0.026	0.0109	0.0112	0.1253	-0.0378	0.1202	44.6006	15.53	23.9275
19	6.0985	0.1046	-0.2249	2.1332	-0.5597	2.3992	0.0833	0.2699	-0.333	-0.0236	-0.1241	0.0882	-0.0587	-0.0443	0.0408	0.0574	-0.0002	-0.0257	0.0441	-0.0373	0.0447	34.4978	18.5275	29.7081
20	14.6645	8.9472	-2.4344	6.019	2.053	23.2773	-0.2435	0.7488	0.2185	-0.2546	0.3011	0.1388	-1.0027	-0.1845	-0.0576	0.1326	-0.059	0.0267	0.5471	0.0237	0.1128	45.4416	22.8024	17.4058

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	389 - 417
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	418 - 431
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	432 - 456
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	457 - 488
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	489 - 507
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	508 - 518
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	519 - 543
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	544 - 558
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	559 - 577
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	578 - 602
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	389 - 397
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	398 - 421
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	422 - 436
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	437 - 459
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	460 - 488
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	489 - 518
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	519 - 538
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	539 - 560
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	561 - 597
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	598 - 603

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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