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万見
- PDB-4e68: Unphosphorylated STAT3B core protein binding to dsDNA -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 4.0E+68
タイトルUnphosphorylated STAT3B core protein binding to dsDNA
要素
  • DNA (5'-D(*TP*GP*CP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*T)-3')
  • Signal transducer and activator of transcription 3
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / SH2 Domain / Protein DNA Complex / Signal Transducer / Activator of Transcription / Duplex DNA / Nucleus / Cytosol / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / MET activates STAT3 / Interleukin-37 signaling / Interleukin-10 signaling / PTK6 Activates STAT3 / Signaling by ALK / Interleukin-21 signaling / RNA sequestering activity / Interleukin-9 signaling / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling ...STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / MET activates STAT3 / Interleukin-37 signaling / Interleukin-10 signaling / PTK6 Activates STAT3 / Signaling by ALK / Interleukin-21 signaling / RNA sequestering activity / Interleukin-9 signaling / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Interleukin-15 signaling / Interleukin-20 family signaling / Interleukin-23 signaling / Interleukin-27 signaling / Interleukin-6 signaling / radial glial cell differentiation / retinal rod cell differentiation / Downstream signal transduction / Interleukin-35 Signalling / negative regulation of primary miRNA processing / Interleukin-7 signaling / Signaling by SCF-KIT / leptin-mediated signaling pathway / T-helper 17 type immune response / negative regulation of neuron migration / PKR-mediated signaling / response to leptin / negative regulation of inflammatory response to wounding / interleukin-10-mediated signaling pathway / primary miRNA binding / interleukin-11-mediated signaling pathway / cellular response to interleukin-17 / T-helper 17 cell lineage commitment / sexual reproduction / regulation of feeding behavior / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-2-mediated signaling pathway / interleukin-23-mediated signaling pathway / acetylation-dependent protein binding / cellular response to leptin stimulus / interleukin-15-mediated signaling pathway / astrocyte differentiation / negative regulation of stem cell differentiation / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / negative regulation of glycolytic process / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / phosphorylation / temperature homeostasis / interleukin-6-mediated signaling pathway / eating behavior / lncRNA binding / positive regulation of Notch signaling pathway / cellular response to cytokine stimulus / : / positive regulation of interleukin-10 production / somatic stem cell population maintenance / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / regulation of multicellular organism growth / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / energy homeostasis / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / signaling adaptor activity / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of autophagy / protein sequestering activity / positive regulation of erythrocyte differentiation / positive regulation of interleukin-1 beta production / acute-phase response / positive regulation of interleukin-8 production / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / mRNA transcription by RNA polymerase II / cytokine-mediated signaling pathway / chromatin DNA binding / positive regulation of miRNA transcription / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / protein import into nucleus / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of tumor necrosis factor production / glucose homeostasis / response to estradiol / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / protein phosphatase binding / gene expression / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell population proliferation / transcription cis-regulatory region binding / regulation of cell cycle / protein dimerization activity / positive regulation of cell migration / inflammatory response / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding
類似検索 - 分子機能
STAT3, SH2 domain / STAT transcription factor, DNA-binding domain / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : / STAT transcription factor, coiled-coil domain / STAT protein, DNA binding domain ...STAT3, SH2 domain / STAT transcription factor, DNA-binding domain / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : / STAT transcription factor, coiled-coil domain / STAT protein, DNA binding domain / STAT protein, protein interaction domain / Signal transducer and activator of transcription, linker domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT transcription factor, N-terminal domain superfamily / Transcription factor STAT / STAT transcription factor, coiled coil / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / p53-like transcription factor, DNA-binding / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / EF-hand / Recoverin; domain 1 / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Signal transducer and activator of transcription 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Synthetic (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.585 Å
データ登録者Collie, G.W. / Parkinson, G.N. / Shah, R.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2013
タイトル: Observation of unphosphorylated STAT3 core protein binding to target dsDNA by PEMSA and X-ray crystallography.
著者: Nkansah, E. / Shah, R. / Collie, G.W. / Parkinson, G.N. / Palmer, J. / Rahman, K.M. / Bui, T.T. / Drake, A.F. / Husby, J. / Neidle, S. / Zinzalla, G. / Thurston, D.E. / Wilderspin, A.F.
履歴
登録2012年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月13日Group: Database references
改定 1.22013年4月10日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*T)-3')
A: Signal transducer and activator of transcription 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5772
ポリマ－73,5772
非ポリマー00
水2,504139
1
B: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*T)-3')
A: Signal transducer and activator of transcription 3

B: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*T)-3')
A: Signal transducer and activator of transcription 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,1534
ポリマ－147,1534
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_665-x+1,-y+1,z1
Buried area6670 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area59930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.140, 174.140, 79.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*CP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*T)-3')


分子量: 5441.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesised DNA sequence / 由来: (合成) Synthetic (人工物)
#2: タンパク質 Signal transducer and activator of transcription 3 / Acute-phase response factor


分子量: 68135.125 Da / 分子数: 1 / Fragment: STAT3 Core Fragment, residues (127-722) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Aprf, Stat3, STAT3B / プラスミド: pET-32a (+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Rosetta / 参照: UniProt: P42227
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS SEQUENCE CORRESPONDS TO ISOFORM STAT3B

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.005M MgSO4, 0.1M ammonium acetate, 10% glycerol, 0.05M MES pH 5.6, 0.25M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月16日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→72.16 Å / Num. all: 36458 / Num. obs: 36458 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 75.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.58→2.65 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.527 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2721 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
xia2データ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BG1

1bg1


解像度: 2.585→14.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 9.223 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.352 / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27332 1810 5 %RANDOM
Rwork0.22532 ---
obs0.22778 34413 97.08 %-
all-34413 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 68.881 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.585→14.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4499 360 0 139 4998
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0194987
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7321.9116810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.2035556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.65224.928209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.97415869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.6731525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2750
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213569
LS精密化 シェル解像度: 2.585→2.65 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 137 -
Rwork0.361 2420 -
obs-2420 99.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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