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- PDB-4e5r: Crystal Structure of Frog DGCR8 Dimerization Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e5r
タイトルCrystal Structure of Frog DGCR8 Dimerization Domain
要素MGC78846 protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Dimerization / WW motif / domain swapping
機能・相同性
機能・相同性情報


primary miRNA processing / microprocessor complex / heme binding / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Microprocessor complex subunit DGCR8 / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; - #10 / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues ...Microprocessor complex subunit DGCR8 / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; - #10 / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Guo, F. / Senturia, R. / Laganowsky, A. / Barr, I. / Scheidemantle, B.D.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Dimerization and heme binding are conserved in amphibian and starfish homologues of the microRNA processing protein DGCR8.
著者: Senturia, R. / Laganowsky, A. / Barr, I. / Scheidemantle, B.D. / Guo, F.
履歴
登録2012年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MGC78846 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,3791
ポリマ－6,3791
非ポリマー00
水48627
1
A: MGC78846 protein

A: MGC78846 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7592
ポリマ－12,7592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_645y+1,x-1,-z1
Buried area2860 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area6690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.891, 39.891, 82.125
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-417-

HOH

21A-427-

HOH

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要素

#1: タンパク質 MGC78846 protein


分子量: 6379.329 Da / 分子数: 1 / 断片: Dimerization Domain (UNP residues 300-355) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: dgcr8, MGC78846 / プラスミド: pET24a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6IRB5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.97 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% (w/v) PEG-1000, 0.1 M imidazole pH 8.0, 0.2 M calcium acetate, 100 mM tribasic sodium citrate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年11月1日
放射モノクロメーター: CONFOCAL MIRRORS Varimax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→80 Å / Num. all: 5691 / Num. obs: 5640 / % possible obs: 98.99 % / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 33.21 Å2 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 1.23
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.38 / Rsym value: 0.459

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→35.882 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.46 / FOM work R set: 0.8483 / SU ML: 0.24 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 560 10.01 %
Rwork0.2068 --
obs0.2088 5593 98.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.004 Å2 / ksol: 0.387 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 81.82 Å2 / Biso mean: 34.9949 Å2 / Biso min: 22.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.2576 Å20 Å2-0 Å2
2--6.2576 Å2-0 Å2
3----12.5151 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→35.882 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数450 0 0 27 477
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007469
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.109644
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06969
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00581
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.561173
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9002-2.09140.2651360.242712231359100
2.0914-2.3940.25021370.185212311368100
2.394-3.0160.23111410.204512591400100
3.016-35.88840.21691460.20751320146697

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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