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万見
- PDB-4e4c: Crystal structure of Notexin at 1.8 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e4c
タイトルCrystal structure of Notexin at 1.8 A resolution
要素Phospholipase A2
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A2 / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Basic phospholipase A2 notexin
類似検索 - 構成要素
生物種Notechis scutatus scutatus (コブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ullah, A. / Spencer, P. / Murakami, M.T. / Arni, R.K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: High resolution structure of Notexin
著者: Ullah, A. / Spencer, P. / Murakami, M.T. / Arni, R.K.
履歴
登録2012年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0004
ポリマ－13,6121
非ポリマー3873
水1,54986
1
A: Phospholipase A2
ヘテロ分子

A: Phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0008
ポリマ－27,2252
非ポリマー7756
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area1830 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area13780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.100, 74.100, 48.738
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-310-

HOH

詳細THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN AS PER AUTHORS

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要素

#1: タンパク質 Phospholipase A2 / Notexin / Phosphatidylcholine 2-acylhydrolase


分子量: 13612.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Notechis scutatus scutatus (コブラ) / 参照: UniProt: P00608, phospholipase A2
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.65 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM MES, 2.5 ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.46 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月10日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.46 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 16425 / Num. obs: 13984 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.074
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.377 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
NatXraysoftwareデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1AE7

1ae7


解像度: 1.8→26.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / SU B: 4.505 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32247 683 5 %RANDOM
Rwork0.26275 ---
obs0.26569 13045 93.77 %-
all-13045 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.623 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20.11 Å20 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→26.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数936 0 22 86 1044
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.022989
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.61.9541338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7255117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.86123.87849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.90815155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.898155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2124
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021766
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0361.5584
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8612928
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8643405
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.424.5410
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.451 55 -
Rwork0.358 975 -
obs--96.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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