PDB-4e3o: Crystal structure of AmpC beta-lactamase in complex with a small ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4e3o

タイトル

Crystal structure of AmpC beta-lactamase in complex with a small chloromethyl sulfonamide boronic acid inhibitor

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / AMPC beta-lactamase / class C / cephalosporinase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Eidam, O. / Shoichet, B.K.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Fragment-guided design of subnanomolar beta-lactamase inhibitors active in vivo.
著者: Eidam, O. / Romagnoli, C. / Dalmasso, G. / Barelier, S. / Caselli, E. / Bonnet, R. / Shoichet, B.K. / Prati, F.

履歴

登録	2012年3月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月7日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4e3o.cif.gz	300.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4e3o.ent.gz	242.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4e3o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4e3o_validation.pdf.gz	459.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4e3o_full_validation.pdf.gz	462.9 KB	表示
XML形式データ	4e3o_validation.xml.gz	33.7 KB	表示
CIF形式データ	4e3o_validation.cif.gz	51.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/4e3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/4e3o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4e3iC 4e3jC 4e3kC 4e3lC 4e3mC 4e3nC 1ke4S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ke0-1 1l2s-2 4lv1-1 6dpx-1 1xgj-2 4xux-d 4e3j-2 2r9w-2 4jxw-2 3bls-2 4kza-2 1ke3-1 4lv2-1 4kz6-2 4lv0-2 3o88-2 4lv2-2 6ypd-d 4kg2-1 3o86-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

79.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.540, 76.740, 97.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.600, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Beta-lactamase / Cephalosporinase 分子量: 39587.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ampA, ampC, b4150, JW4111 / プラスミド: POGO295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00811, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-0NG / ({[(chloromethyl)sulfonyl]amino}methyl)boronic acid 分子量: 187.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₇BClNO₄S
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 691 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 1.7 M POTASSIUM PHOSPHATE, pH 8.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.11587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→29.563 Å / Num. obs: 102681 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 28.217 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 16.41

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.6-1.69		0.503	2.43	50010	15535	99.7
1.69-1.79		0.301	3.94	44962	13787	99.6
1.79-1.91		0.182	6.36	42618	12988	99.6
1.91-2.07		0.101	11.12	42471	12924	99.5
2.07-2.26		0.063	17.11	36092	10972	99.4
2.26-2.53		0.047	22.03	34419	10474	99.3
2.53-2.92		0.036	27.94	29652	9101	99.2
2.92-3.58		0.027	36.99	24885	7739	98.5
3.58-5.1		0.021	44.27	19827	6051	99
	5.1	0.019	44.85	10100	3110	93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KE4

1ke4

解像度: 1.6→29.563 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.31 / FOM work R set: 0.8851 / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1855	3799	3.7 %
R_work	0.1608	-	-
obs	0.1618	102678	99.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 52.528 Å² / k_sol: 0.388 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 78.65 Å² / B_iso mean: 25.0627 Å² / B_iso min: 9.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.4873 Å²	0 Å²	1.7875 Å²
2-	-	2.486 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.9988 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.563 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5509	0	40	691	6240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5760
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.305	7901
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.089	861
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1018
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.394	2060

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.6203	0.3141	150	0.2497	3618	3768	100
1.6203-1.6416	0.277	154	0.2477	3689	3843	100
1.6416-1.6641	0.2764	150	0.2411	3597	3747	100
1.6641-1.6878	0.2425	153	0.2219	3674	3827	100
1.6878-1.713	0.2587	141	0.2058	3644	3785	100
1.713-1.7398	0.1899	88	0.2015	3719	3807	100
1.7398-1.7683	0.2032	139	0.192	3672	3811	100
1.7683-1.7988	0.2195	154	0.1884	3649	3803	100
1.7988-1.8315	0.2171	150	0.1738	3652	3802	100
1.8315-1.8667	0.2187	126	0.18	3680	3806	100
1.8667-1.9048	0.2057	86	0.1748	3706	3792	100
1.9048-1.9462	0.2029	135	0.1662	3635	3770	99
1.9462-1.9915	0.2073	145	0.1633	3667	3812	100
1.9915-2.0413	0.2096	129	0.1545	3691	3820	100
2.0413-2.0965	0.1703	149	0.1522	3650	3799	100
2.0965-2.1581	0.2017	160	0.1557	3647	3807	100
2.1581-2.2278	0.1745	136	0.1553	3666	3802	99
2.2278-2.3074	0.1801	130	0.1496	3691	3821	99
2.3074-2.3997	0.2019	146	0.1545	3653	3799	99
2.3997-2.5089	0.1763	130	0.1566	3672	3802	99
2.5089-2.6411	0.2118	148	0.1633	3677	3825	99
2.6411-2.8064	0.1806	149	0.1629	3650	3799	99
2.8064-3.0229	0.1674	166	0.1613	3637	3803	99
3.0229-3.3267	0.1665	146	0.1581	3649	3795	99
3.3267-3.8073	0.1596	136	0.1382	3655	3791	99
3.8073-4.7934	0.1433	164	0.1298	3715	3879	100
4.7934-29.5684	0.1996	139	0.1712	3624	3763	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8143	0.5211	-0.0942	0.806	-0.0704	0.7119	0.0785	-0.1761	-0.005	0.1263	-0.0909	0.0963	0.1616	-0.1117	0.0088	0.1874	-0.0613	0.011	0.1412	-0.0159	0.1381	21.923	-9.6392	24.3951
2	0.8871	-0.0588	-0.3365	1.3782	-0.3614	0.8857	0.0179	0.1296	0.1076	-0.1879	-0.0259	-0.0912	-0.0104	0.0179	0.0024	0.1555	-0.0167	0.0051	0.1207	0.0113	0.1525	38.9523	9.5518	7.1515
3	1.4268	0.8408	0.1082	1.0915	0.0308	0.8084	0.0889	-0.18	0.0058	0.1615	-0.1147	-0.0334	0.0715	-0.0105	0.0235	0.1406	-0.0262	-0.005	0.1011	-0.0042	0.1193	31.0461	-2.1958	22.5246
4	0.5663	-0.1663	0.1396	0.7989	-0.0639	0.3917	-0.0368	0.0061	-0.1683	-0.0565	0.0679	-0.1679	0.3026	0.5454	-0.0284	0.2109	0.1157	-0.0003	0.4569	-0.0191	0.205	84.0808	-13.3036	21.7766
5	0.4742	0.0218	-0.1244	1.2221	0.2011	0.8678	-0.0046	-0.136	0.0436	0.1731	0.0881	0.0398	-0.0954	0.1489	-0.0784	0.1642	-0.0496	0.0056	0.1869	0.0009	0.1255	64.0736	10.9382	35.6988
6	0.719	-0.5175	-0.0385	1.0566	-0.0488	1.2774	0.0027	-0.022	-0.0155	-0.0425	0.0424	-0.0242	0.1039	0.2732	-0.0411	0.1049	-0.0281	-0.0113	0.196	-0.0042	0.12	71.6622	-3.4309	24.2506

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 4:80)	A	4 - 80
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 81:176)	A	81 - 176
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 177:361)	A	177 - 361
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 4:66)	B	4 - 66
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 67:172)	B	67 - 172
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 173:361)	B	173 - 361

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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