PDB-4e3n: Crystal structure of AmpC beta-lactamase in complex with a 2-trif...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4e3n

タイトル

Crystal structure of AmpC beta-lactamase in complex with a 2-trifluoromethyl-4-tetrazolyl benzene sulfonamide boronic acid inhibitor

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / AMPC beta-lactamase / class C / cephalosporinase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.49 Å

データ登録者

Eidam, O. / Shoichet, B.K.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Fragment-guided design of subnanomolar beta-lactamase inhibitors active in vivo.
著者: Eidam, O. / Romagnoli, C. / Dalmasso, G. / Barelier, S. / Caselli, E. / Bonnet, R. / Shoichet, B.K. / Prati, F.

履歴

登録	2012年3月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月7日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4e3n.cif.gz	299.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4e3n.ent.gz	243.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4e3n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4e3n_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4e3n_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4e3n_validation.xml.gz	32.7 KB	表示
CIF形式データ	4e3n_validation.cif.gz	48.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/4e3n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/4e3n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4e3iC 4e3jC 4e3kC 4e3lC 4e3mC 4e3oC 1ke4S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1my8-1 1l0d-2 4lv0-2 1ga9-1 2r9x-2 4e3k-2 4jxw-1 1xgj-2 6yeo-2 4jxg-1 1xgj-1 1ke0-1 6dpx-2 1l0e-1 1kds-2 1ke4-2 4okp-2 6dpx-1 5wac-3 4kz4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

80.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.160, 76.730, 97.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.580, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Beta-lactamase / Cephalosporinase 分子量: 39587.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ampA, ampC, b4150, JW4111 / プラスミド: POGO295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00811, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-0NE / [({[4-(1H-tetrazol-5-yl)-2-(trifluoromethyl)phenyl]sulfonyl}amino)methyl]boronic acid 分子量: 351.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₉BF₃N₅O₄S
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 549 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 1.7 M POTASSIUM PHOSPHATE, pH 8.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.11587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.49→29.574 Å / Num. obs: 127111 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 25.374 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 18.13

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.49-1.53		0.666	2.05	36251	9372	99.7
1.53-1.57		0.516	2.69	35715	9158	99.8
1.57-1.62		0.409	3.41	34953	8912	99.8
1.62-1.67		0.318	4.35	34093	8627	99.9
1.67-1.72		0.253	5.56	33265	8355	99.8
1.72-1.78		0.194	7.13	32522	8108	99.8
1.78-1.85		0.144	9.31	31585	7868	99.9
1.85-1.92		0.112	11.69	30199	7497	99.9
1.92-2.01		0.081	15.52	29160	7254	99.8
2.01-2.11		0.063	19.69	27712	6921	99.9
2.11-2.22		0.05	23.82	26347	6571	99.7
2.22-2.36		0.043	27.44	24962	6225	99.8
2.36-2.52		0.037	30.52	23571	5872	99.8
2.52-2.72		0.033	34.04	21913	5440	99.7
2.72-2.98		0.03	38.72	20003	5025	99.7
2.98-3.33		0.025	43.74	17496	4533	99.2
3.33-3.85		0.02	50.86	16318	4027	99.6
3.85-4.71		0.018	53.11	13748	3402	99.4
4.71-6.66		0.018	52.87	10562	2640	99.2
	6.66	0.018	52.61	4935	1304	85.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KE4

1ke4

解像度: 1.49→29.574 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8936 / SU ML: 0.37 / σ(F): 2 / 位相誤差: 18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1879	4760	3.74 %
R_work	0.1544	-	-
obs	0.1557	127104	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 47.871 Å² / k_sol: 0.41 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 70 Å² / B_iso mean: 21.9603 Å² / B_iso min: 9.39 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.4978 Å²	0 Å²	4.707 Å²
2-	-	-1.9209 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.4231 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.49→29.574 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5513	0	61	549	6123

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	5862
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.363	8061
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	873
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1038
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.545	2137

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.49-1.5069	0.2713	169	0.2314	4040	4209	100
1.5069-1.5246	0.2582	168	0.2104	4027	4195	100
1.5246-1.5432	0.2401	170	0.2013	4090	4260	100
1.5432-1.5627	0.2418	170	0.1825	4086	4256	100
1.5627-1.5833	0.2241	167	0.171	4010	4177	100
1.5833-1.605	0.2221	170	0.1717	4071	4241	100
1.605-1.6279	0.2273	169	0.1659	4054	4223	100
1.6279-1.6522	0.2287	168	0.1534	4043	4211	100
1.6522-1.678	0.2155	171	0.1524	4090	4261	100
1.678-1.7055	0.215	169	0.1454	4057	4226	100
1.7055-1.735	0.1989	82	0.1371	4107	4189	100
1.735-1.7665	0.1573	159	0.1322	4099	4258	100
1.7665-1.8005	0.1895	165	0.1308	4075	4240	100
1.8005-1.8372	0.1916	163	0.1272	4054	4217	100
1.8372-1.8772	0.1759	140	0.1318	4099	4239	100
1.8772-1.9208	0.1684	109	0.1267	4149	4258	100
1.9208-1.9688	0.1737	153	0.1282	4082	4235	100
1.9688-2.0221	0.2013	150	0.139	4107	4257	100
2.0221-2.0815	0.1929	166	0.1443	4057	4223	100
2.0815-2.1487	0.1917	170	0.1452	4064	4234	100
2.1487-2.2255	0.1839	154	0.1442	4082	4236	100
2.2255-2.3146	0.1589	148	0.1393	4118	4266	100
2.3146-2.4199	0.1933	159	0.1454	4113	4272	100
2.4199-2.5474	0.1801	169	0.15	4070	4239	100
2.5474-2.7069	0.1752	147	0.1609	4117	4264	100
2.7069-2.9157	0.1738	174	0.1708	4055	4229	100
2.9157-3.2088	0.201	182	0.174	4090	4272	100
3.2088-3.6724	0.1882	144	0.158	4104	4248	99
3.6724-4.624	0.1595	186	0.14	4101	4287	100
4.624-29.5803	0.1954	149	0.1764	4033	4182	95

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